物語の舞台は、豊かな自然に溢れ、人とポケモンがともに暮らすパルデア地方。「新入生や転入生に向けて、アカデミーのすばらしさを伝える動画を作っていただきたい」ある日、アカデミーの校長・クラベルから声をかけられたのは3人の生徒たち。フルートが上手だが演奏会のプレッシャーから逃げ出したい、ひかえめなオハラ。ポケモンバトルが大好きで打倒ネモに燃える、いじっぱりなアリキス。特ダネスクープにこだわるあまり、みんなに迷惑をかけてしまう、むじゃきなホーマ。自分のことで精一杯な彼らは、どこかかみ合わない。だが、ポケモンと向き合い成長しながら、少しずつ3人の息が合っていく…。