アクエリオンのかつての激戦から1万2千年後――
次元ゲートを超えた「異次元」からのアブダクターが人間を拉致し、その襲来に人々はおびえて暮らしていた。これに対抗できるのは「アクエリア」と呼ばれる合体兵器のみ。構成する3機のベクターマシンに乗り込むのは、学園「ネオ・ディーバ」に集められた若きエレメント候補生たちである。だが学園の男女間は恋愛できないよう障壁で隔てられ、男女間の合体もかたく禁止されていた。
ある日、エレメント能力を隠して孤独に生きてきた少年アマタは、少女ミコノと運命の出逢いをはたす。危機を目前にして彼女を抱いたままベクターマシンに乗りこんだアマタは、無意識に叫んだ!
――永らく禁じられた、その言葉を・・・。その真の姿が明らかになったとき、敵味方のすべてが変わり始める。恋愛禁止、男女合体禁止の状況で、《終わりを抱いた神話》が、いまここに起動する!