戦争終結から長い年月の経った惑星Zi。
平和になった街では、巨大機械生命体ゾイドを操っての戦闘競技「ゾイドバトル」が繰り広げられていた。
ゾイドパーツの収集を生業とするジャンク屋の少年ビット・クラウドは、ひょんなことから相棒となる戦力未知数のゾイド「ライガーゼロ」、そしてバトル界では二流である「チーム・ブリッツ」の面々と出会い、ともにゾイドバトルに参戦することに。
だがそこには強力なゾイドを伴った百戦錬磨のウォリアーたちや、ルール無用の闇バトルを仕掛けてくる悪の組織などが次々と出現してくる。
ゾイドバトルの頂点を目指し、ビットと仲間たちのあくなき挑戦が始まる……。