ネバダ州グレーム・レイク空軍基地、通称「エリア51」に銭形警部と警官隊、新米女性捜査官エミリー・オブライエンが警備に来ていた。ルパンの予告状が来たのだ。ルパンの獲物は、ロズウェル事件で墜落したUFOのカケラ「オリジナルメタル」。ルパン・次元・五ェ門の3人は、まんまとオリジナルメタルを盗み、アメリカ軍が建造したUFOに乗って脱出に成功する。 ルパンの目的は、オリジナルメタルで不二子に指輪を作る事だったが、オリジナルメタルは斬鉄剣でも斬る事が出来ず刃こぼれしてしまい、五ェ門は修行の旅に出てしまう。さらに愛想をつかした次元までルパンの下を去り、不二子はオリジナルメタルを盗んで去ってしまう。レディ・ジョーと取引きする不二子だったが、ソレは偽物で不二子はジョーから逃げる。ジョーは、本物は他の三人の誰かが持ってると仲間に知らせる。ルパンの前には保険調査員を装ったポイズン・ソフィーが現れ、ルパンに自白毒を飲ませる。ルパンは次元が持っていると白状する。次元の前にはボンバー・リンダが現れ、次元からオリジナルメタルを奪おうとするが、次元は持っていない。ルパンは毒を飲んだフリをしただけだった。残るは五ェ門ただ1人。五ェ門の前に辻斬りカオルが現れ、名刀「妖刀紅桜」で勝負を挑むが、刃こぼれした斬鉄剣では勝負出来ないと判断した五ェ門は退却する。 ルパンは、祖父であるアルセーヌ・ルパンの知人、珍幻斎のもとにオリジナルメタルを持ち込み、珍幻斎の研究でオリジナルメタルは宇宙金属ではないという事が判明する。 ルパン・次元・五ェ門はアジトに集結し、次元の調べで彼女らは反米女性テロ組織「ブラッディエンジェルス」の一味だということをつかむ。彼女らは対立国へ売るためにオリジナルメタルを狙っていたのだ。一方、銭形も国務総省からオリジナルメタルを取り返すために特殊部隊の指揮をとるよう命令を受け、エミリーを連れて指揮に向かう。しかし、ルパン達も銭形も気付いていなかった。ブラッディエンジェルスのボス「スパイダー」が、すでに自分達の身近にいるという事に……。