第2話 (23分22秒)

第弐話 見知らぬ、天井

エヴァンゲリオン初号機での初陣を果たしたシンジは病院で目覚めるが、記憶が混乱しているという。気の毒に思ったミサトは、彼と同居することに。

第3話 (23分22秒)

第参話 鳴らない、電話

シンジがエヴァのパイロットであることが発覚し、クラスメートのトウジは苦々しく思う。そんな中使徒が現れ、シンジは再びエヴァ初号機で戦いに臨む。

第4話 (23分23秒)

第四話 雨、逃げ出した後

戦いを終え、苦悩のあまり家出をするシンジ。偶然会ったケンスケと一緒に過ごすが、ネルフの職員に連れ戻され、ミサトから厳しい判断を迫られる。

第5話 (23分23秒)

第伍話 レイ、心のむこうに

エヴァ零号機パイロット・綾波(あやなみ)レイがようやく回復。彼女のこれまでの経歴は白紙で現在親しい友人もなく、シンジにも一切の興味を示さない。

第8話 (23分22秒)

第八話 アスカ、来日

シンジはミサトに連れられ友人らと海に向かい、エヴァ弐号機とパイロットのアスカと対面。ミサトの知人・加持リョウジも現れるが、彼にはある目的が。

第9話 (23分22秒)

第九話 瞬間、心、重ねて

新たな使徒が襲来し、アスカとシンジが立ち向かうも劣勢に立たされる。撃砕するには、2人が完璧に同調した動きを6日間でマスターしなければならない。

第10話 (23分23秒)

第拾話 マグマダイバー

ネルフが火口内にサナギのような状態の使徒がいるのを確認。溶岩にも耐えられる特殊装備をエヴァ弐号機に施し、アスカが捕獲作業に向かう。