第1話 (23分1秒)

暗殺の時間

椚ヶ丘(くぬぎがおか)中学校、3年E組。担任教師として赴任してきたのは、謎の超生物。生徒たちは、政府からその怪物の暗殺を依頼されるが...。

第1話 (23分1秒)

夏祭りの時間

夏休み、南の島で過ごす時間もあとわずか。殺せんせーは、3年E組のみんなで肝試しを開催することに。そこには、生徒同士のカップルを成立させようという思惑があった。

第1話 (4分19秒)

1話: 竹林の時間-1

夏休みも終わり、2学期がスタート。ところが、竹林が3年E組を抜けてA組に入ることが始業式で発表され、E組の生徒たちは驚きのあまり言葉を失ってしまう。

第2話 (23分2秒)

カエデの時間

巨大プリンを爆発させ、殺せんせーを暗殺するプランを考えたカエデ。E組の生徒たちは、カエデの指揮のもと全員の手でプリンを仕上げていく。

第2話 (5分28秒)

2話: 竹林の時間-2

竹林と面談をした烏間は、彼のこれまでの歩みと成長を振り返る。E組の生徒たちは、A組への移籍を考え直すよう竹林の説得を試みる。

第3話 (23分2秒)

カルマの時間

停学中だった赤羽業(カルマ)が3年E組に復帰。ある経緯から教師という存在そのものを憎むようになった彼は、早速殺せんせーを殺しにかかる。

第3話 (23分2秒)

堀部糸成の時間

イトナが再び殺せんせーに襲いかかるも、殺せんせーはそれをたやすくかわす。攻撃不能になったイトナはシロに見限られ、暴走状態に陥ってしまう。

第3話 (4分50秒)

3話: 支配者の時間・2時間目-1

A組での新しい日常に適応しようとする竹林。そんな彼の脳裏に、殺せんせーや寺坂との楽しくも心温まるさまざまな思い出が浮かんでゆく。

第4話 (23分1秒)

大人の時間

外国語を受け持つ臨時講師、イリーナ・イェラビッチが学校に赴任してくる。彼女は3年E組の生徒たちの前で、プロの殺し屋であることを明かす。

第4話 (7分4秒)

4話: 支配者の時間・2時間目-2

竹林は浅野理事長から呼び出され、E組での経験や生徒たちを全否定するようなスピーチをするよう持ち掛けられる。

第5話 (23分2秒)

集会の時間

内気な生徒、奥田愛美は殺せんせーを毒殺しようとするが、あえなく失敗。なぜか一緒に毒薬を研究することに。そんな中、本校舎で全校集会が行われる。

第5話 (23分2秒)

リーダーの時間

3年E組のクラス委員長・磯貝は、アルバイトをしているところを学秀に見つかってしまう。学秀は、E組が体育祭の棒倒しでA組に勝利すれば見逃してくれるという。

第5話 (5分21秒)

5話: それぞれの時間-1

卒業後の進路について、さまざまな思いを語り合うE組の生徒たち。第一志望の高校を受験した渚と竹林は、それぞれ結果を受け取るのだが...。

第6話 (23分1秒)

テストの時間

学校の中間テストが迫ってきた。浅野理事長の教育方針に賛同できない殺せんせーは、3年E組の生徒たち全員に好成績を取らせようと尽力する。

第6話 (23分1秒)

ビフォーアフターの時間

学外でフリーランニングをしていた3年E組の生徒たちが、保育施設の園長にケガをさせてしまう。その罰として、殺せんせーは彼らに中間テストの勉強を禁じ、保育施設で特別授業を受けさせる。

第6話 (5分56秒)

6話: それぞれの時間-2

落ち込む竹林を元気づけるため、殺せんせーはE組の生徒たちに楽しい話をさせることに。だが、受験の失敗を連想させるような言葉を使った者には、厳しいお仕置きが待っている。

第7話 (23分1秒)

修学旅行の時間・1時間目

まもなく京都へ修学旅行。国が手配した狙撃のプロの手を借りて暗殺を試みることに。だが暗殺場所の下見の最中、高校生にからまれてしまい...。

第7話 (23分1秒)

死神の時間 前編

烏間とイリーナをくっつけたいE組の生徒たちは、イリーナの誕生日プレゼントに烏間が花束を贈るよう仕向ける。だが烏間の発言に気を悪くしたイリーナは、学校に姿を見せなくなってしまう。

第7話 (4分19秒)

7話: それぞれの時間-3

放課後に前原を誘って一緒に下校する岡野。ところが、お邪魔虫の殺せんせーが現れたことで、ふたりの思いはすれ違ってしまう。

第8話 (23分1秒)

修学旅行の時間・2時間目

生徒たちと一緒に京都を観光する殺せんせーを、指定場所から狙うスナイパー。楽勝だと思っていた暗殺ミッションだが、相手は予想以上に手ごわかった。

第8話 (23分1秒)

死神の時間 後編

E組の生徒たちの救出を試みる殺せんせーと烏間。だが殺せんせーは死神に捕らえられてしまい、烏間とイリーナはそれぞれ選択を迫られる。

第8話 (5分1秒)

8話: それぞれの時間-4

あの手この手で、岡野からバレンタインデーのチョコをもらおうとする前原。ところが、そんな彼に対する岡野の怒りは一向に収まらない。

第9話 (23分2秒)

2周目の時間

進路相談の時期が訪れ、自分は殺し屋の道に進むべきなのかと揺れる渚。そんな中、渚の母親は渚をE組から抜けさせようとしていた。

第10話 (23分1秒)

LRの時間

突然現れた師匠に、イリーナは自分に殺せんせーを暗殺する腕があることを証明しようとする。カルマと渚は、殺せんせーにハワイへ連れて行ってもらう。

第10話 (23分2秒)

学園祭の時間

各クラスの売上を競う、椚ヶ丘の学園祭。3年E組は山の食材を使った模擬店を出すことに。一方、A組はまったく手を緩めることなく学園祭に臨んでいた。