第1話 (24分2秒)

STONE WORLD

全人類が石化し、文明が消え去った世界。幼なじみの杠(ゆずりは)に告白するという想いを胸に、真面目な高校生・大樹はひとり、石化から復活する。

第1話 (54分52秒)

Dr.STONE 龍水

石化光線の謎を突き止めるべく、発生源である地球の裏側を目指して船造りを始める千空たち。記者だった南の情報をもとに、千空たちはかつて帆船を乗り回していたという七海龍水を目覚めさせる。

第1話 (24分1秒)

RYUSUI VS. SENKU

宇宙船の材料を集めるため、大海原へと飛び出した千空たち。だが目的地であるアメリカまでの航路をめぐって、千空と龍水が対立。どちらの意見を採用するか決めるため、ポーカー対決が始まる。

第2話 (24分2秒)

KING OF THE STONE WORLD

石化を解く復活液を完成させた、科学マニアの少年・千空と大樹。さっそく杠を復活させようとするが、ライオンの群れに襲われ、ピンチに陥ってしまう。

第2話 (24分1秒)

HOT LINE

音爆弾で監視役のほむらをおびき出し、捕まえようと試みる千空だが、その目論見は失敗に。逆に、ケータイを運ぶクロムたちの動きを察知されてしまう。

第2話 (24分1秒)

NEW WORLD MAP

龍水を仲間に迎え、気球でお宝探索に乗り出した千空たち。まずは船の燃料となる石油を探しつつ、空からの情報で科学王国周辺の地図を作っていく。そんな中、千空は村人の食糧問題に直面する。

第2話 (24分1秒)

SCIENCE JOURNEY

ポーカー対決の結果、最短ルートでアメリカを目指すことになった一行。龍水の提案で船上にカジノが誕生し、フランソワのバーも開店。そんな中、松風の脳裏に忌まわしい記憶がよみがえる。

第3話 (24分1秒)

科学の武器

人類浄化のため、石化した大人たちを破壊し始める獅子王司。その思想に反発する千空は、杠を復活させた後、すぐにこの場を離れようと行動を起こす。

第3話 (24分1秒)

死者からの電話

ついに司帝国の大樹・杠たちと科学王国をつなぐホットラインが開通。羽京に見つかったクロムたちは、ゲンだけでも逃がそうと思い切った手段に出る。

第3話 (24分1秒)

欲しい=正義

千空が焼き上げたパンは、硬くて黒焦げ状態。絶望した龍水は、かつて自分に仕えていた執事兼シェフのフランソワを目覚めさせることに。千空はフランソワに、保存食にもなるパンをオーダーする。

第3話 (24分1秒)

暗闇の誘蛾灯

ペルセウス号はついにアメリカ大陸に到達。千空たちはサクラメント川を上りながら、復活液の材料であるコーンを探す。夜になり誘蛾灯(ゆうがとう)を頼りに探索を進めるなか、司が殺気に気づく。

第4話 (24分1秒)

狼煙をあげろ

司との取り引き材料になる火薬を手に入れようと、箱根に赴く千空たち。必要な素材を集めている最中、一行は遠くでのろしが上がっているのを発見する。

第4話 (24分2秒)

全軍出撃

仲間になったニッキーから、羽京が作戦の障害になることを聞かされる千空たち。その頃、相手の目的を察したクロムは白旗を上げ、わざと羽京に捕まる。

第4話 (24分2秒)

ファーストコンタクト

気球から撮影した航空写真を使い、油田探しを続ける千空たち。そんな中、季節は実りの秋を迎えていた。フランソワは料理の食材を集めるため、スイカとともにイノシシやトリュフを探すことに。

第4話 (24分1秒)

Dr. X

司の超反応と龍水の機転により、なんとか襲撃をかわした一行は、アメリカにも高い科学力を持つ復活者がいることを知る。翌朝、再び現れた復活者は、さらなる驚きの科学武器で千空たちに迫る。

第5話 (24分1秒)

STONE WORLD THE BEGINNING

科学を捨てろという要求を受け入れることができず、司に殺されてしまう千空。残された大樹と杠は千空との約束を胸に、ともに力を合わせて司に挑む。

第5話 (24分1秒)

STEAM GORILLA

強力な蒸気機関を完成させた千空たち。さらに改良を施し、自動車・スチームゴリラ号を作り上げた一同は、クロム救出のため司帝国に向けて出発する。

第5話 (24分2秒)

DOCTOR VS. DOCTOR

スパイとして敵の本拠地に乗り込んだゲンは、リーダーである科学者、Dr.ゼノと対面。無線を使って千空たちにコンタクトを取ってきたゼノは大樹との対話を要求し、緊迫の交渉がスタートする。

第6話 (24分1秒)

石の世界の二つの国

ひとりで石化から目覚め、考え抜いた結果、親友の大樹を復活させた千空。大樹と杠も彼との約束を信じて、司に殺された千空を生き返らせようと試みる。

第6話 (24分2秒)

PRISON BREAK

千空たちの襲撃を読んでいた司は、元警察官の陽に周囲の守りを固めるよう指示を出す。一方その頃、クロムは自力で脱獄するべく、材料集めを始める。

第6話 (24分1秒)

科学船ペルセウス

大型機帆船造りは技術的に難航し、計画変更を余儀なくされる千空。そんな中、誰よりも機帆船に思い入れのある龍水は、あることを提案する。大海原へ乗り出すための船造りはクライマックスへ!

第6話 (24分1秒)

SCIENCE IS ELEGANT

千空たちは船の改造を進めつつ、ゼノの身柄を拘束するための特殊部隊を結成。司たちが敵陣に向かう。一方、ゼノから大樹の暗殺を任された総司令官スタンリーは、スパイとしてルーナを送り込む。

第7話 (24分1秒)

200万年の在処

謎の少女・コハクの村を訪れ、そこで暮らす住人の姿に驚く千空。そんな彼の前に門番の金狼と銀狼、さらに騒ぎを聞きつけた妖術使いのクロムが現れる。

第7話 (24分2秒)

極秘のミッション

自力で脱獄に成功したクロムは、千空たちと合流。リリアンの声真似で着々と仲間を増やし続ける千空たちだが、耳のいい羽京はその声が偽物だと気づく。

第7話 (24分2秒)

二人の科学者

ゼノが科学の師匠にあたる男だと気づく千空。小学生の千空は、科学を愛するゼノの言葉に力をもらっていた。それから数年後、ゼノは科学の武力で独裁者になるという願望を語るようになっていく。

第8話 (24分1秒)

STONE ROAD

コハクの姉・ルリが病に侵されていると知った千空。村人たちに科学の力を知らしめるべく、抗生物質の作成を思い立つも、そこには意外な壁が...。

第8話 (24分2秒)

絶望と希望の光

プラチナが眠るとされる宝島に着いた千空たちは、島の出身者であるソユーズと探索を開始。一方、島の周辺や海底を調査した羽京は、かつての無人島に大量の石像があることに疑問を抱く。

第8話 (24分2秒)

LOCK ON

石化から目覚めた後、科学を発展させたゼノは科学武器を製造するための城を築き、世界を導く独裁者になろうともくろむ。そんなゼノの指令を受け、今スタンリーは科学王国のリーダーの命を狙う。

第9話 (24分2秒)

この手に科学の灯を

製鉄に必要なマンパワーを集めるため、村人にラーメンを振る舞う千空。そんな中、石化からよみがえったという怪しげな男・あさぎりゲンが村を訪れる。

第9話 (24分2秒)

壊すもの救うもの

司と氷月の登場によって一気に形勢逆転。コハクたちが2人を食い止めている間に、洞窟で採取できる硝酸から逆転の切り札を作ろうとする千空だが...。

第9話 (24分1秒)

切り札は科学の船に

新たに仲間になった島の美少女アマリリスは、島の頭首に仕えるモズとキリサメが石化武器を使うのを見て以来、ひそかに奪う機会を狙っていたという。それを聞き、ある作戦を立てる千空だが...。

第9話 (24分2秒)

科学の灯

とっさの防御で一命は取り留めたものの、ひん死の重傷を負った千空。大樹は医学生だったルーナに千空の治療を頼み込む。一方、ゼノ城を視察中のクロムたちは、ゼノ捕獲作戦へと動き出していた。

第10話 (24分1秒)

薄っぺらの同盟

サルファ剤を作るため、ついには電気を手に入れた千空たち。そんな中、司のスパイとして潜り込んでいたゲンが、何者かに襲われるという事件が起きる。

第10話 (24分1秒)

人類最強のタッグ

復活液によって命を吹き返した妹・未来と再会を果たす司。千空たちが帰り支度を進める中、クロムはダイナマイトが1本盗み出されていることに気づく。

第10話 (24分2秒)

美しい科学

コハクからのメッセージを受け取ったスイカと銀狼は、ラボカーを千空たちに届けようと、船からの脱出を試みる。さらに千空は石化武器の秘密を探るため、島の後宮への潜入作戦を続けることに。

第10話 (24分2秒)

土まみれの道を

敵城内までの地下トンネルを掘り始めたクロムたち。千空に代わりクロムが自ら土を掘るためのドリルを考案する。一方、千空の治療にあたっていたルーナは、千空への特別な感情に気づいてしまう。