フルメタル・パニック!The Second Raid

超国家的秘密組織ミスリルは、難民救助のため内戦中のバリク共和国に、宗介たちの部隊を派遣。世界でも最新鋭の装備を誇るミスリルだが、現地ではミスリルの介入を見越していたかのように、対抗できるだけの装備を持った政府軍の部隊が待ち構えていた。宗介の搭乗したアーバレストは、退路を断たれ窮地に追い込まれる。

千鳥かなめが、何者かに狙われている!? 風間信二から、ホームページのサイトに、無断で、かなめの写真が掲載されていることを知らされる宗介。早速、犯人を拘束すべく、学校内を調査することに。一方、そんな宗介たちの日常とは裏腹に、謎の中国少女他、敵組織らしき人物の存在が明らかになる。

南北に分断された中国の南京で、和平会談に出席していた北中国の代表団を武装グループが拉致。中国が再び内戦状態になるのを防ぐため宗介たち、ミスリルの部隊が代表団救出に派遣される。しかし、代表団を拉致したのはゲイツ率いるアマルガムの部隊であり、拉致事件は宗介たちをおびき寄せるための罠だった。

裏切り者、ブルーノの仕業により、ゲイツ率いるアマルガムの部隊にミスリル部隊の作戦行動が筒抜けとなってしまう。次々と敵に先回りされることをいぶかるテッサは、自分たちの作戦情報が漏れていることを確信する。追い込まれていくミスリルの部隊。万事休すと思われたその時、テッサの取った行動とは?

メリダ島基地会議室。ミスリルの高官たちに取り囲まれているテッサ。今回のブルーノの件でミスリル作戦部、情報部双方から責めを負う。一方、その当人ブルーノは、ミスリルの手から逃れるため、イタリアはシチリアの知人宅に身を隠す。そこで彼は、ある東洋人の美女と出会う。その美女の正体は!?

テストが始まっている中、なかなか姿を現さない宗介。このままでは、留年よ、と心配顔のかなめ。一方、オーストラリアのシドニーにあるミスリル作戦本部では、南京の事件でテッサたちを、撹乱させた裏切り者、ブルーノの尋問が行われていた。ブルーノの真意を聞き出そうとするのだが…。

ミスリルへの帰還命令の出た宗介は、かなめのもう一人の護衛者、情報部のレイスとやり合う。重なる任務に、護衛の不備を突付かれ歯噛みする宗介。その翌日、宗介と二人の時間を過ごすことができたかなめは、ご機嫌! 登校途中、恭子との会話に興じる。まもなく、いつもの授業が始まる。しかし、宗介の席は空席だった…。

メリダ島。ミスリル西太平洋基地。着陸するC-17輸送機。輸送機を降りてきたのは、ベルファンガン・クルーゾー中尉。宗介たちの新しい上官である。その近くを早足で通り過ぎていく宗介。彼が向かったのは、戦隊長、テッサのオフィスだった。対面する二人。重苦しい雰囲気の中、テッサは厳しい姿勢で宗介に応待する。

宗介がいなくなり、急に恐怖心が湧き上がってきたかなめ。朝まで寝付けず、憔悴しきった顔で登校すると、待っていたのは、神楽坂先生のアナウンスだった。職員室に呼ばれたかなめに、手紙を手渡す神楽坂。その手紙の中身は、宗介からの、｢退学届け｣だった!

香港で所属不明のASによる大規模な破壊行為が発生した。北中国軍と南中国軍がにらみ合う香港が、火の海になることを防ぐべく、出撃するミスリル部隊。香港到着までの間、宗介は、格納庫のアーバレストに乗り込み、AIの｢アル｣と会話を始める。

ASを積んで香港に向かうゲイツの部隊。その頃、宗介は当てもなく、玉芳によって破壊された香港の街中を彷徨っていた。香港を火の海にすることは避けたいミスリル。コダールの潜伏先を洗っていたヤンとウーは、上環にある建設中のマンションで死体を発見する。その死体にはあるメッセージが仕込まれていた!

例のメッセージをいぶかる宗介。北中国軍と南中国軍との軍事的緊張感が高まる中、九龍半島に上陸するM9部隊。両軍の開戦までタイムリミットは後わずか…。メッセージに従い、ツィムシャツォイにあるアラブ人街を訪れる宗介。そこで宗介は、更なる行き場所を指示される。そこは、九龍公園だった…。

コダールの攻撃で燃える香港市街。｢もはや限界だ…｣と諦めのボーダー提督。それでも宗介を信じるテッサ。九龍城跡の市街、燃え盛る建物のそばで、蹲る宗介。そこに現れるヤンとウーの二人。かなめが死んだと吹き込まれ呆然とへたりこむ宗介に、ヤンは、銃を向ける!