戦え！超ロボット生命体トランスフォーマー2010

地球暦2010年、5年前のユニクロン戦争でサイバトロンがデストロンを破り、銀河系に平和が訪れる。アセニア星では、サイバトロンのニューリーダー、 ロディマス・コンボイを組織委員長に、第一回銀河オリンピックが開催される。しかし、競技の途中、スタジアムは黒煙に包まれ、見えない敵との銃撃戦となる。ロディマスの参謀役、ウルトラマグナスとチャー、スパイクの3人の姿が消える。

惑星ジャールで、デストロン達の攻撃に倒れたロディマスとグリムロックはスプラングとアーシーに救われた。しかし重体のロディマスは一度意識を失い、その魂はマトリクスの中を旅し、代々のサイバトロンリーダーの記憶に断片的に触れた後、息を吹き返す。その記憶の中からクインテッサ人の存在を知ったロディマスは、スプラングらと共にクインテッサ星に急行する、、、。

クインテッサ星の大爆発で宇宙船を破壊されたロディマス達は宇宙を漂流し、宇宙のゴミ捨場ゴーに漂着した。そこはネバネバした泥土におおわれ、巨大なゴミ処理車がスクラップを吸い集めていた。その頃、ガルバトロンは太陽系にワープし、地球防衛軍の宇宙ステーションを破壊、通りかかったブラー達のシャトルをも破壊していく。

トランスフォーム・コグを運搬中のブラーと ウィーリーは、木星の衛星イオで火山怪獣に襲われる。救出に向かった地球防衛軍のメリッサ大尉共々、宇宙船を破壊され脱出不可能となる。ゴミ惑星ゴーでデストロンの襲撃を受けたロディマス達は、レックガーによって危うい所を救出される。クインテッサ星人の正体をつかもうとロディマスは再びマトリクスの中を旅し、ある秘密を突き止めるが、、、。

セイバートロン星ではガルバトロン率いる強襲部隊がロディマス達を圧倒し、地球ではダイナザウラーが旧サイバトロン火山基地を破壊、スクランブルシティに迫っていた。一方、クインテッサはサイバトロン・デストロン双方を同時に滅ぼすため、シャークトロンを密かにセイバートロン星の内部深くに進入させて凍結装置のスイッチを入れさせる。サイバトロン、デストロンを凍らせようとするのだ。

メトロフレックスに敗れた、ダイナザウラーは生きていた。秘かにオクトーンと2人、アフリカの独裁国家カーボンビアで、ファカデイ元首のもと、石油からスーパーエネルゴンを製造し、着々とパワーを貯めこんでいた。やがて、ファカデイを喜ばすため、アメリカのフォトノックスの金、インドのタジマハール、フランスのエッフェル塔等を、 ダイナザウラーは次々と盗んで行くのだが。

ガルバトロンを裏切ったオクトーンはサイバトロンのもとに身を寄せ、彼らを手伝う。裏切者を許せぬガルバトロンはオクトーン暗殺の刺客として、スカックスゾイドを送ったが失敗、続いてサイクロナスとスウィープスを送りこむ。オクトーンを追って霊廟に入りこんだ彼らが出会ったのは、何と、スタースクリームの幽霊だった!

ガルバトロン達の奇襲に会い、宇宙空間を漂う巨大な物体に不時着したロディマスや スパイク一行。その物体とは2005年の大戦争で戦死したコンボイ始め、サイバトロン戦士の墓標だった。そこへ後を追って来たガルバトロン達が侵入、危うい所を救ってくれたのは何と、死んだ筈のコンボイであった!

セイバートロン星近くの小惑星帯から不思議なエネルギー波が出ていた。調査に出かけたパーセプター達はクインテッサの作ったタイム・ウインドー(過去と現在もしくは未来とをつなぐ装置)が作動しているのを発見。クインテッサは1100万年前のセイバートロン星(ロボット達がまだ奴隷だった時代)に戻り、反乱のリーダー、A-3(後のアルファートリン)を倒し、歴史を変えようとしていたのだ。

クインテッサの科学者インキラータは、サイバトロン、デストロン、ジャンキオンそして人類それぞれの弱点を研究するため、各種族代表として、ウルトラマグナス、サイクロナス、レックガー、メリッサ大尉を誘拐して自分の宇宙船内に檻禁、実験を進めようとする。しかし巨大な電子嵐に巻きこまれ、一同は脱出に成功しかけたがその時、ブラックホールが宇宙船もろとも彼らを飲みこんだのだ、、、。

保安隊長のチャーに率いられたサイバトロン達は、惑星ドレッドへと降り立った。その惑星にはモンスター、ケイオスが住んでいる。その体からはがれ落ちるウロコ、デス・クリスタルは宇宙一固い物質として、強力な武器となるのだ。ガルバトロン率いるデストロン軍団はそのデス・クリスタルを採集し、巨大なクリスタル砲で、セイバートロン星を破壊しようと企む。

異次元空間に迷いこんだダニエルとグリムロック。着いた所は“赤の魔法使い”マラ・アルタの支配する国メラニアだった。もとはゴールデン・ワンと呼ばれる黄金の竜が統治していたが、マラ・アルタがゴールデン・ワンを騙し洞窟に封じこめ、以後悪政の限りを尽くしていた。マラ・アルタを倒そうとする反乱軍、グリムロックの怪力に眼をつけたマラ・アルタは彼を騙して反乱軍と戦わせるのだが。

地球大使スパイクとサイバトロン達が銀河系平和会議の為の準備を進める一方、スパイクの息子ダニエルは、ウルトラマグナスへの感謝を表すため、彼の誕生パーティーを思いつく。ウルトラマグナスの誕生日を調べるため、ウイーリーと2人、 人工の小惑星(そこにはサイバトロンの全記録がストックされていた)に向うダニエル。しかし2人ともサイクロナスに捕らえられてしまう、、、。

漂流する不振なすい星へ早速偵察に出かけるマグナス達。そのすい星ではガルバトロン達が巨大な推進機を取り付け、セイバートロン星に体当たりさせようとしていたのだ。サイバトロン対デストロンの戦いの最中、不思議な音楽が小さな惑星から発せられ、すい星は爆発、ロボット達は惑星に墜落するのだが、、、。

サイクロナスはある日、セイバートロン星そっくりの星を発見する。その星パラドロンは、大昔、セイバートロン星での戦火を逃れ、平和を願ったサイバトロン達が開発した理想郷とも言える星であった。戦うことを知らぬパラドロンの住民達は、デストロン軍団の前に無抵抗で屈服、彼らの奴隷となって兵器の生産に従事させられるのだが。

スタースクリームの幽霊が現れ、スカージに取憑いた。 ガルバトロンを射ち、お尋ね者となったスカージは、泣く泣くスタースクリームに協力する。そのスタースクリームの望みは言うまでもなく生身の肉体を取り戻すこと。そのためにユニクロンを甦らせるが、ユニクロンはスタースクリームの望みを叶えてやるかわり、自分にも3つの頼みがあると条件を出す。

ガルバトロンの巨暴性に手をやいていたサイクロナスは、 治療を行うべく惑星トーキュロンにガルバトロンを連れてくる。トーキュロン人が治療にあたるが、その凶暴な性質には手を焼き、いかなる治療法も効果が無かった。トーキュロン人は最後の手段として、惑星その中枢コンピュータにガルバトロンをつなぎ、その凶暴な心を消し去ろうと試みるのだが、、、。

クインテッサはセイバートロン星奪還を考え、昔、機械と動物をかけ合わせて作ったトランス・オーガニックという失敗作を用いることを思いつく。セイバートロン星地下深く眠るその怪物を、クインテッサは目覚めさせる。エネルギーを吸って大きくなるトランス・オーガニック。怪物にエネルギーを吸われたトランスフォーマーたちは吸血鬼のようになっていき、セイバートロン星は滅亡寸前に陥る。

エタクシス、ラナーク両星人間の戦争を調停する為、平和会議が持たれた。両星人の反目は納まらず、双方ともが最終兵器の使用を密かに決意するに至る。その頃、宇宙空間を漂う不思議なカプセルが発見され、デストロン、サイバトロン双方の偵察隊が出動する。カプセルはクインテッサの商取引記憶カプセルで、彼らの汚い取引の全てが詳細に記録されていたのだ。

ガルバトロンの陽動作戦でスクランブルシティからトランスフォーム・コグが盗まれた。メトロフレックスにトランスフォーム出来ないシティを叩き潰せと、デストロン軍団はダイナザウラーを先頭に立て、襲いかかって来る。 しかし、エアーボット達の活躍で辛うじて撃退するものだが、まだ危機は去らない。

ジャンキオン星のスクラップに紛れこんだ記憶カプセルを回収するため、クインテッサはある計画にでる。ジャンキオン達が大のテレビ好きなのを利用し、テレビ電波に催眠電波を混ぜて流し、ゴミの山を片づけさせ、カプセルを見つけようと言うのだ。増幅されたテレビ電波が銀河中をかけ回ってしまい。なんと大半の星の間で激しい戦闘が始まってしまう。

国際的犯罪組織のボス、ドラスは、邪魔な、サイバトロンを始末しようと、テロリストのスネークを雇う。計画の第1段階はロディマス、ウルトラマグナス、 スプラングそれにアーシーの四人を精神分離装置にかけ、魂を人間の体に移すこと。第2段階として、ぬけ殻となった4体のロボットに爆薬を積み、スクランブルシティに送りこんで、 シティもろともサイバトロンを全滅させようと言うのだ。

SOSを出し、地球に逃げこんで来た貿易船レイジースー号。宇宙の自由商人ダークが乗っていた。サイバトロンのテックボットと共にダークを取り調べたメリッサ大尉は、彼の口から土星の月にクインテッサの秘密基地があるという重大情報を聞く。それはクインテッサに頼まれたダークの罠であることも知らず、テックボットは土星の月に行ってしまう。

ガルバトロンの悪夢にうなされるダニエル、そんな彼にロディマスは、夢の中で自分を呼べと言って勇気づける。しかしクインテッサはダニエルを誘拐しイメージマシーンにつないで、夢の世界を彼らの意思通りに動かし、その夢の世界に引きずりこんだサイバトロンやデストロンを共に滅ぼそうと計ったのだ。 ダニエルの夢の中、サイバトロン、デストロン、夢の悪魔の戦いが始まる。

セイバートロン星の新型発電機に、ガルバトロンはアンチ・エレクトロンと言う妨害物質を仕掛ける。グリムロックの活躍で妨害波は止まったが、その時の電気ショックでグリムロックは大天才に変身。ガルバトロンが再びアンチ・エレクトロンを手に入れ、ロディマス達を危機に落としいれるが、その時、グリムロックの作った新型サイバトロン、テックボットがガルバトロン達を追い散らす。

ロボット生命体の生みの親プリマクロンはエネルギーを吸収して育つ、エネルギーの蜘蛛、トルネドロンを創り出し宇宙へ解き放った。トルネドロンはセイバートロン星、月、地球と次々とエネルギーを吸収し、サイバトロン、デストロン両軍団も全滅、銀河は死滅するかと思えたのだが。

クインテッサが特定の空間を閉ざしている銀色のフタ、クァドラント・ロックがある。高度なテレパス文明を発展させたザモジン人が住んでいた。彼らの宇宙進出を恐れたクインテッサが5000年の昔、空間を閉ざし、進歩を阻んでいたのだ。しかし、そこへ舞い降りたサイバトロン達と、ザモジン人のサムライの活躍で空間ロックは解け、 ザモジン人のテレパス能力は甦った。

日本を舞台にデストロン軍団と戦闘を演じたことで日本の首相から叱責を受け大いに腐るロディマス…… リーダーとしての責務の重さから逃れようと一人ドライブ中をデストロンに襲われ、気絶している間にマトリクスを奪われる。そのマトリクスを体内に入れたスカージが毒気に当って大変身、自らデストロンのリーダーを唱えて軍団を引きつれ、 日本へと攻めて来る。

ジェシカとグレゴリーは太陽近くでコンボイ司令官の眠る漂流船を発見。コンボイを地球に連れ戻す。その時、恐ろしいウィルスも持ち帰ってしまう。そのウィルスは生命体に憎しみや狂暴性を植えつける伝染病、宇宙ペストのもとだった。ロボットへの憎しみを抱くグレゴリーと、ジェシカの父モーガンは、サイバトロンをおびき寄せ、そのウィルスを使いロボット同士を戦わせ自滅させようとする。

そして遂に、コンボイは長い眠りから目覚める。復活したコンボイ司令官は、宇宙ペストを防ぐための特殊合金を求め、デストロンの星ジャールへ向う。そこではデストロン達もガルバトロンを除き全員ペストにかかっていた。 一時的にガルバトロンの協力を得、合金を手にしたコンボイは一路地球へ向かう。コンボイ達の運命は、、、。