蒼穹のファフナー

大海に佇む孤島・竜宮島で、真壁一騎や皆城総士は平和な日々を過ごしてきた。そんなある日、空から「あなたはそこにいますか…」という声が響き渡る。そして突然、謎の敵フェストゥムが飛来する。フェストゥムによって無残に破壊されていく竜宮島を前に、アルヴィス司令官・皆城公蔵はファフナーの出撃を決意して…。

ファフナーを駆った真壁一騎はフェストゥムに立ち向かった。フェストゥムの攻撃に対し、戦闘経験の乏しい一騎は苦戦を強いられる。｢あなたはそこにいますか?｣-フェストゥムはファフナーごと同化しようとする。その危機的状況の中、司令官皆城公蔵は自らを犠牲にして、レールガンを一騎に託した。レールガンを手にしたファフナー。その渾身の一撃でなんとか竜宮島をフェストムから守りきることができた。戦闘の恐怖から開放さ…

スフィンクスとの戦闘以来、子どもたちにとっての竜宮島の日常は音を立てて変わりつつあった。作戦司令官の任を引き継いだ真壁史彦は、新国連から島の所在を隠すため、人工島の移動を決意。しかし、全島防衛の中核・ブリュンヒルデシステムは未だ覚醒しないまま……さらなるフェストムの来襲に備えて、新たなファフナーのパイロットを選出しなければならない。甲洋・咲良・剣司・衛・真矢・そして翔子……竜宮島の真の姿・移動要…

出航までの時間稼ぎのため、新国連の探索機を竜宮島からスフィンクス型の矛先を逸らす囮に使おうと画策した史彦。飛行装備・リンドブルムと合体したマークエルフで飛び立った一騎だが、新国連に島とファフナーの秘密を知られぬよう、傍観を命じられる。しかし、スフィンクスに追い詰められた探索機を見かねて、思わずレールガンを発砲。総士のフォローを受けながらスフィンクスと交戦する一騎だが、整備不十分でエンジントラブル…

探索機を救った一騎の行動は、結果的に新国連に竜宮島の存在を知らせることになってしまった。新国連のギャロップ事務総長は、島の破壊をにおわせ、史彦にファフナーの引渡しを要求する。その頃、真矢たちもアルヴィスのスタッフとしての訓練に勤しんでいたが、体の弱い翔子はアルヴィス内で意識を失い、倒れてしまう。病室に搬送された翔子を見舞う真矢、甲洋、そして一騎。真矢に憧れの一騎を連れて来てもらったことを素直に喜…

マークエルフが新国連の船団を襲ったスフィンクス型の迎撃に向かった隙に、突如新たなスフィンクス型に襲われた竜宮島。破壊されていく島を見た翔子は、マークゼクスに乗り込むことを決める。一騎の戻る場所をこれ以上壊されまいと、翔子は捨て身の決意でスフィンクス型の前に立ちはだかり…。

大空の彼方、スフィンクス型を道連れに、翔子はマークゼクスで儚く散った。貴重なファフナーを失わせた少女に対する島民の反応は冷酷で、翔子の墓はペンキを撒かれ、無残に荒らされるがままに。しかし親友を失った真矢、そして翔子を想っていた甲洋の悲しみは深い。｢おまえなら助けられたはずだ、お前はファフナーに乗ってたじゃないか!｣一騎に怒りをぶつける甲洋。新国連の干渉を拒絶した史彦だが、新たなファフナー、新たな…

竜宮島の北方350キロに、アーカディアン計画の一端と思われる人工島が発見された。狩谷の指揮の下、一騎と甲洋、真矢、歴戦の特殊部隊員・溝口恭介たちが探索に向う。一見、無人の島を捜索する一同。一騎と、彼にわだかまりを抱き続けている甲洋の間にはギクシャクした空気が流れ、真矢は慣れない救護活動に大わらわ。その影で狩谷とその腹心の特殊部隊員たちは、竜宮島の史彦らに気付かれぬよう、地下施設の中枢部からこの島…

イドゥンが支配する人工島から撤収を試みる一騎たちだが、真矢と溝口が島の下層部に取り残されてしまう。直ちにフェンリルを放ち、全てを消し去ろうとする狩谷。しかし、一騎が地上で敵を引き付けている間に、甲洋が海中の脱出ハッチより2人を助け出した。｢総士、翔子が守りたかったものが、やっとオレにもわかったよ……｣既にフェストムに浸蝕されかけていたマークフィアーは、2人を乗せた潜水艇をマークエルフに手渡して波…

ファフナーと仲間のどちらが大切なのか。竜宮島の未来を担う総士の答えは明確だったが、戦いの中で自分の居場所を見失いかけていた一騎は、総士の答えの中に自分の居場所を見出そうとしていた。そんな中、狩谷から外の世界への脱出を囁かれた一騎は、真矢に、自分のことを忘れないでほしいと頼むのだった。

リンドブルムに搭乗した狩谷とともに、一騎はマークエルフで竜宮島を去った。総士は、一騎が自分を見捨てたのだと決めつけ、咲良は一騎の行為を裏切りだと切り捨てる。一方、狩谷に導かれ、新たな世界を目撃する一騎。たどり着いた密林の中、一騎はスフィンクス型の襲撃を受けてしまい…。

甲洋に続き一騎を失った竜宮島では、新たにマークアハト、マークヒュンフのパイロットを選出することになった。搭乗が決まった剣司はこれでナンパのネタになると喜び、衛は予てから準備しておいたゴウバインのヘルメットが使えるとほくそ笑む。その頃、一騎と狩谷は、各々別の船室に監禁され、新国連軍の本拠地であるモルドヴァに連行されていた。2人を看視しているのは、見かけは幼いながらも冷徹な少女、カノン・メンフィス。…

狩谷からファフナーの戦闘記録を入手した人類軍は、ファフナーを新たな人類の武器として全世界に宣伝した。一方、一騎はモルドヴァで日野道生の父、洋治に会う。洋治は一騎に、戦う以外の選択肢を与えることができると話し始めた。しかしその時、イドゥンがモルドヴァ基地への侵攻を開始して…。

真矢は溝口とともに人類軍モルドヴァ基地へ向かった。その直後、竜宮島に人類軍占領部隊が到着。人間相手に戦えない史彦は戦いを放棄し、島民の避難を優先させる。続々と上陸する人類軍占領部隊。晴れて人類軍の軍服に身を包んだ狩谷はワルキューレの岩戸へ急行するが、そこにコアはいなくなっていて…。

｢母さん……?｣ファフナー・ザルヴァートルモデル、識別コード・マークザインを届けに来たミョルニアは、一騎の母・紅音がフェストゥムと同化した姿だった。我が目を疑う一騎の目前でイドゥンに飲み込まれるミョルニア。母との残酷な再会と別離に怒りを爆発させた一騎のマークザインは、彼の憤怒そのもののような流動体を接合部より噴出させ、イドゥンや迫り来るアルヘノテルス型の群れを覆いつくす。そして溶岩のような流動体…

竜宮島では、人類軍占領部隊が島のコア以外の全てを掌握していた。しかしコア不在で手薄になった竜宮島の防衛網を突いて、フェストゥム・プレアデス型が襲撃する。そんな中、総士たちは乙姫に導かれ、ファフナーを取り戻す。出撃する咲良たちだが、強力な敵に歯が立たない。だが、そこに一騎のマークザインが現れて…。

帰還した一騎とマークザインによってフェストゥムは撃退され、アルヴィスのコントロールも史彦たちの手に戻った。不器用ながらも一騎に自分の在りのままを伝えようとする総士、島の外で世界の現実を胸に刻んだ真矢、そして残された時間を人間らしく生きることを選んだ乙姫。一方、カノンたちと潜水艦一隻を殿にして島から撤退を始める新国連軍。しかし、竜宮島を人類にとって危険な存在と判断したバーンズ大佐は、残った潜水艦の…

置き去りにされた人類軍の元兵士たちは、竜宮島の一員として暮すことになった。カノンは容子によって羽左間家に、また、日野道生は懐かしい生家に居を構える。そして弓子は、千鶴と大ゲンカをしてまでも道生との生活を選んだ。そして海水浴、つかの間の安息を楽しむ一騎たち。一方、千鶴は弓子が置き忘れたフォトスタンドから、一枚のデータディスクを拾い上げる。それは、真矢がファフナー搭乗員として高い適正を持つことを、弓…

また新たに真矢がパイロットとして戦線に加わることになった。真矢を戦わせたくない…という思いから後方支援任務を提案する総士。しかし、狙撃手としての真矢の才能は溝口をも驚嘆させるものだった。その夕、真矢を送って行った一騎は、弓子と道生に捉まり、遠見家の夕飯に招待される。帰宅した千鶴、さらに史彦も加わっての団欒風景。帰り際、弓子と道生の門出を応援しよう、と語る史彦に、千鶴は少し戸惑いつつも、微笑み頷く…

若いパイロットたちが犠牲者を出すことなくコアギュラ型を撃退したことは史彦や道生ら、長年フェストゥムと戦ってきた者たちにとって、驚くべきことだった。しかし、戦いの怖ろしさを自覚して、咲良は涙を流し、剣司と衛はそんな彼女を守りたいと切に思う。一方、総士は乙姫に、コアギュラ型が現れたのは昏睡中だった甲洋が、フェストゥムとして目覚めつつあるためだと教えられる。盆祭りの夜、縁日や灯篭流し、盆踊りで盛り上が…

真矢のマークジーベンを戦列に加え、より強固となった竜宮島の防衛システム。とりわけ最前線で楯となり、一騎に勝るとも劣らない活躍を見せているのが、衛のマークフュンフだった。フェストウム撃退後には銭湯でリラックスする余裕も見せるようになったパイロットたちだが、ミツヒロが残した警告通りフェストゥムの来襲は活発になり、出撃回数は増えてゆく。そして竜宮島を包み込む異変……突然、季節外れの花が咲き乱れ、弓子の…

咲良が倒れた原因は、遺伝子に埋め込まれたフェストゥムの因子の同化現象が進行による肉体の結晶化だった。変わり果てた咲良の姿に唖然とする剣司、慟哭する澄美。そして衛は、剣司と咲良と三人で再び過ごせる日のために、戦い抜くことを決意する。咲良の異変、島の昆虫や植物を襲った突然の死……それらは、フェストゥムの意識中枢であるミールが、人間特有の概念である、生死への悲しみを理解しつつあるため起こった現象だった…

スカラベ型は消滅したが、竜宮島はまた衛という尊い犠牲を払うことになってしまった。敵に同化されかけた一騎も負傷し、剣司は戦闘に怯えて自室に引き籠ってしまう。史彦たちは基地内に張り巡らされた菌糸によってCDCから遮断され、ジークフリードシステム内部に閉じ込められた総士を救出するため、努力を尽くしていた。一騎は総士を救い出すため、道生は弓子と生まれてくるであろう子を守るため、ファフナーとの同化を加速す…

一騎の目前で、総士はジークフリードシステムと共に消滅した。目的を果たし、マークニヒトに損傷を受けたイドゥンは撤退するが、道生をはじめ、竜宮島の払った犠牲は計り知れなかった。総士の仇を討つため、一騎たちは人類軍と共に北極のミール殲滅に向うことを決意する。 そんな中、竜宮島に飛来した認識外タイプの赤いフェストウムが、島を襲ったスフィンクス型を消滅させ、CDCにコンタクトを試みてくる。｢会話がしたい…

人類最後の決戦｢ヘブンズドア｣に参加するため、一騎たちは北極へ向かった。しかし一騎たちの目的はただひとつだった。総士を奪還して全員で生還すること。それが竜宮島だけの｢蒼穹作戦｣だ。島では乙姫がワルキューレの岩戸に戻るときを迎えていた。暴走しはじめた島のミールに命の循環を教えるためだ。芹と里奈は、ミールを捨てて乙姫を助けることはできないのかと史彦たちに詰め寄る。しかしミールは、どこにでもある空気の…

イドゥンはその存在において、初めて痛みに襲われる。それこそが、総士がフェストゥムに教えていた本当の戦い方、消耗戦だった。総士によって、北極のミールは生と死、全体と個を理解したのだ。この機を逃さぬよう再び合流する一騎たち。イドゥンは恐怖におびえ戦線を離脱した。一騎たちは、ようやくミョルニアのコアにたどり着く。そしてコアに触れた瞬間、膨大なデータが竜宮島に送信された。さらに一騎は捕らわれた総士を発見…