バッカーノ！

1931年、禁酒法時代のニューヨーク。フィーロ・プロシェンツォは悪い予感を抱いていた。そしてその不安は的中する。幼馴染みのガンドールファミリーの縄張りに、見慣れない連中が幅を利かせるようになってきたからだ。ラック・ガンドールはその対策として、殺し屋｢葡萄酒(ヴィーノ)｣をニューヨークに呼び寄せる。しかし、シカゴからニューヨークに向かう大陸横断急行のその車内でも、一筋縄では行かないトラブルが発生し…

仮装強盗のカップル、アイザックとミリアは、ゴールドラッシュの夢を追いかけ、カリフォルニアにいた。しかし一向に成果の上がらぬ金鉱掘りに業を煮やし、列車強盗を企てる。ふたりが乗車するのは、シカゴ発ニューヨーク行き大陸横断特別急行フライング・プッシーフット号。しかしこの列車には奇遇にも一筋縄では行かぬ連中が集結しつつあった。入墨顔の少年ジャグジー率いる不良グループ、殺し屋ラッドを中心とするいかれたマフ…

裏で情報屋を営むデイリーデイズ新聞社。この新聞社にルノラータの配下がダラス・ジェノアードの行方を探りにやって来る。そしてまたダラスの妹イブも、ここを訪れ訪れ兄の行方を聞くのだった。時は二年さかのぼる。｢不死の酒｣の醸造に成功したバーンズは、突然の火事に見舞われ逃げ出したところを、偶然居合わせたダラスに襲われるのだが――。

レムレース、ラッド、ジャグジーたちは各々の計画を一斉に開始する。ラッドは列車内で起こっている出来事に興奮が収まらず、レムレースたちを次々と暴行し殺害していく。一方｢不死の酒｣を奪われたセラードはその行方をエニスに追わせるため、バーンズの記憶と知識を手に入れようとする。

レイルトレーサーから助かる方法を知ろうと、車掌室へ急ぐジャグジー。しかし、ようやく辿り着いた車掌室には見るも無残な死体が転がっていた。それを見たジャグジーは泣きながらも、自分たちの手でレイルトレー退治することを決意する。一方フィーロは昇進の儀式の日ををむかえていた。カモッリスタとして忠誠を誓うことを証明するため、フィーロはマイザーとナイフの決闘をするのだが……。

大陸横断鉄道に現れた赤い影の怪物は、奇怪な動きを繰り返し、乗客を一人ずつ襲ってゆく。血に染められた列車にジャグジーたちは言葉を失うが……。一方、フィーロにプライドを傷つけられたダラスは、ガンドール兄弟に助けを求める。しかし、全く相手にされず事務所を叩き出されてしまう。そして、ダラスの去った後、木箱の酒を手にしたのは、何も知らないラックだった―。

1711年、太平洋上。新大陸を目指す錬金術師たちは、不老不死の全てを手に入れようと悪魔を召喚することに成功する。悪魔から｢不死の酒｣を授かった錬金術師たち。しかし、その酒を飲み｢不死者｣となった者たちには互いが互いが喰いあうことができるという条件がついていた。そして悪夢は始まった・・・・・・。

ダラスをおびき出そうとグスターヴォはイブを誘拐する。ホテルの一室に閉じ込められたイブの身に危険が迫る―！？時は少しさかのぼる。ジェノアード家にアイザックとミリアの強盗カップルが姿を現す。ダラスを心配し、落ち込んでいたイブは、突然やってきたおかしな二人組みに思わず噴出してしまうのだが……。

車掌室へやって来たラッドは、無残な二体の死体のうち一人が自分の手下デューンであることを知る。この事件の真相とは!?汽車に乗り込んだはずの殺し屋、｢ヴィーノ｣ことクレア・スタンフィールド｣とは一体誰なのか！？謎に包まれた作業着の女の目的とは何なのか！？そして、伝説の怪物レイルトレーサーの正体とは――！？

拘束されているヒューイは、娘であるシャーネと交信を開始する。また20万ドルの報酬と引き換えに、乗客を皆殺しにして欲しいとラッドに話を持ちかけたチェス。しかし、ラッドはためらうことなくチェスを撃ち殺す。一方、エレアンの計らいでグスターヴォから逃げ出すことに成功したイブは、ダラスの失踪にガンドール兄弟が関わっているとの情報を得る。そして、アイザックとミリアは｢不死の酒｣の木箱を抱えたダラスたちと遭遇…

レムレースとシャーネの関係を知ったラッドは、シャーネに襲いかかる。そこに割って入ってきたのは自分は不死身だと豪語するクレアだった。一方、セラードは、マイザーから｢不死の酒｣の調合法を手に入れようと、アルヴェアーレに乗り込む。そして、エニスと再会したフィーロは、彼女がセラードによって支配されていることを知る――。

騒然となった列車内。ジャグジーは最後の敵にむかってゆく。ラッドと対峙するクレア。縛り付けられたチェス。そして、アルヴェアーレでマイザーに襲いかかるセラード。ダラスに銃口を向けられるフィーロとエニス。果たして彼らの運命は――！？

シャーネの前に立ちはだかるクレア、グースに立ち向かうジャグジー、セラードとエニス、そしてフィーロの運命は！？それぞれが答えを求め、それぞれが最後の戦いに挑む！！そして、全てが決着した後、フライング・プッシーフット号はニューヨークに到着する――。最後に笑うのは一体誰だ！？