這いよれ！ニャル子さん

ある夜、八坂真尋は謎の怪物に襲われる。絶体絶命のピンチに現れたのは銀髪碧眼の美少女だった。クトゥルー神話の邪神を名乗る彼女は、真尋を守るためにやってきたという。その仕事っぷりは、真尋を騙くらかして外に連れ出し、趣味のモノを買いあさるなど公私混同はなはだしい。そんな中、謎の怪物から襲撃を受ける…。

謎の怪物ことナイトゴーントに襲われる真尋と、それを撃退するニャル子。そんな中、ニャル子が攻めに転じると宣言する。敵組織を一網打尽にするべく、敵の本拠地、ルルイエに乗り込む真尋とニャル子。しかし、2人の前に刺客が立ち塞がる。それはニャルラトホテプの天敵である生ける炎、クトゥグアのクー子であった…。

何者かによって幻夢境の神々が殺害された。次の標的はニャル子だという。一方、ニャル子は、なし崩し的に八坂家に居候し、真尋の日常生活、高校生活に這い寄っていく。ニャル子のネタまみれの求愛行動に真尋のイライラは募るばかり。そんなニャル子と真尋の前に、クトゥグアのクー子が転校生として再び現れる…。

真尋の母、頼子が突然家に帰ってきた。宇宙人2人を居候させている言い訳を考える間もなく、いきなり対面する頼子とニャル子たち。頼子は邪神ニャルラトホテプの名を聞いた途端、フォークを両手に構え戦闘態勢に。とにかく頼子をなだめようとする真尋だが、緊迫漂う中、家の中にいたシャンタッ君の姿を見つけた頼子は…。

真尋たちはハス太こと｢風の神性｣ハスターと出会う。父からの依頼で真尋の母、頼子を探しているのだというハス太を自宅へと案内し、母と会わせる真尋。その時、謎の女ルーヒーが現れ頼子を連れ去ろうとする。何事か耳打ちされた頼子は自ら彼女についていこうとする。頼子を取り戻そうとするニャル子とクー子だったが…。

ルーヒーたちを追ってルルイエランドに向かうが、行く手を阻む壁としてクー子が立ち塞がる。ニャル子の言葉に従い、母の姿を探して先を急ぐ真尋とハス太。そして、ついにルーヒーと対峙する。ルーヒーの狙いとは…？

温泉旅行に行くことになった真尋たち。一段とテンションが上がるニャル子の猛アプローチに辟易した真尋は、つい｢ニャル子のことがキライ｣と告げてしまう。その言葉にSAN値だだ下がりで真っ白になって落ち込むニャル子。さすがに少し言い過ぎたかと感じた真尋は、ニャル子を縁日に誘うことにする…。

温泉旅行の最終日、土産物を物色する一行。その途中、レトロなおもちゃ屋で真尋はとあるゲーム機を起動させてみると、突然まばゆい光に包まれてしまう。次の瞬間、ベッドで目を覚ました真尋が登校するとツンデレ風なニャル子などに出会う。どうやら呪われた恋愛シミュレーションゲームに取り込まれてしまったらしく…。

放課後デパートへ買い物に出かけた真尋たち。その帰り道、暮井珠緒が4人の前に現れる。だが、まるでいつもの珠緒とは別人であるかのようだ。その彼女によって、真尋とニャル子の人格が入れ替わるという厄介な状況に…。

人格が入れ替わったまま過ごすことになってしまった真尋とニャル子。その日の放課後、学校を休んでいた余市の見舞いに行くことにした一同。だが、余市の家に着いた時、危険を告げる警報音が突然鳴り響いた…。

今日も今日とて大騒ぎの邪神たちに頭を抱える真尋。そんな八坂家に突然女の子がやってきた。彼女はなんと迷子の邪神だという。頼子の頼みで、故郷から迎えがくるまで彼女の面倒を見ることになった真尋たちだったが…。

目を覚ました真尋は違和感を覚えていた。いつも騒がしすぎるくらいなニャル子たちの気配が全くしないのだ。それどころか街に人の気配すらなくなっていた。困惑する真尋の前に怪物たちが群れをなして現れた。八坂真尋、絶体絶命の大ピンチ！！