宇宙のステルヴィア

宇宙ステーション・ファウンデーションII、通称ステルヴィアへ向かうため、宇宙港にやってきた片瀬志麻。母の千秋に送り出され、気丈に宇宙へ飛び立った志麻は、重力船内で同じくステルヴィア新入生のアリサ・グレンノースに出会う。そして、船がステルヴィアに近付いた時、本科生による新入生歓迎会が始まった。

楽しみにしていた宇宙船実習を受けた志麻。オーバビスマシン・ビアンカに搭乗して宇宙に飛び立つ予科生たちだが、担当教官レイラ・バルトが集合をかけても、志麻の機だけが戻ってこない。宙域をどんどん離脱していくビアンカを必死に操作する志麻だが、ビアンカは教官機からのコントロールまで受け付けなくなっていて…。

来週に迫った中間テストに備えて、アリサや光太、大たちは志麻の部屋で勉強会を開いた。だが、その時、大が志麻の端末を誤動作させてしまい、ステルヴィアのデータベースへ無断アクセスしたログがステルヴィアメインサーバに残ってしまった。証拠隠滅するため、マシン室に忍び込もうとする志麻たちだが…。

飛行訓練中ビアンカの制御を失った志麻は、なんとレイラの機に激突する大失敗をしてしまう。罰の掃除当番を命じられ、初佳にも実力の無さを指摘されて落ち込む志麻。光太から励まされた後、志麻はとぼとぼと戻った部屋で、志麻を待っていたやよいに会う。落ちこむ志麻を見かねたやよいは、自分の過去を語り始める。

ファウンデーション対抗合同体育祭が近づいていた。花形競技アストロボール参加を目指し、ビアンカのカスタマイズを志麻に手伝ってもらうアリサたち。そこで、志麻がなぜ操縦だけ下手なのか不思議に思った彼女たちは、内緒で志麻の身体能力データを収集する。そんな中、志麻はまた授業で危険飛行をやらかしてしまって…。

ファウンデーション対抗合同体育祭が始まった。アストロボール一回戦、緊張でガチガチの志麻は試合開始早々に退場となってしまう。試合には勝ったが落ちこむ志麻。クラスメートたちが激励会を開いてくれたが、そこで次の対戦相手、強豪・オデッセイチームと出くわしてしまう。明日の試合に自信を持てない志麻だったが…。

予科生の中でもトップクラスの成績を出すようになってきた志麻。一方アリサは、自分のパイロットとしての資質に迷いを感じていた。そんな中、実技にライトニングジョウストという課題が加わる。すれ違いざまに相手を重力槍で弾き飛ばす、1対1の模擬戦だ。本科生との合同実習で、志麻は初佳と対戦することになり…。

グレート・ミッションに参加する生徒の候補に選ばれた志麻。そんな時、りんながステルヴィアにやってきた。志麻たちのクラスに編入し、大活躍のりんなに、生徒たちは羨望の眼差しを向ける。一方、自主練習中に乱入してきたりんなを追いかけた志麻は、タツオノフ・ジェネレーター組み立て作業宙域に迷い込んでしまって…。

いよいよセカンドウェーブが太陽系に到達を始めた。ステルヴィアでも慌しくグレート・ミッションの準備が進められる。予科生より作戦メンバーに選ばれた志麻と光太は最後の訓練に余念がないが、志麻は緊張のあまりビアンカの操作がぎこちない。そんな中、実家に電話をかけた志麻だが、出たのは弟の真人だけで…。

セカンドウェーブがついに地球圏に到達した。バリアを突き破ってくる隕石を、オーバビスマシンで迎撃する学生たち。そして、グレート・ミッションは無事成功したかに思えた。しかしその時、直径100キロに及ぼうかという巨大隕石が、地球への直撃コースを取ってバリアを突破しようとしていることがわかって…。

グレート・ミッションから3日が過ぎ、学園にも日常が戻りつつあった。そんな中、実技授業に新たな課題・DLS操縦が加わった。操縦者の知覚に、よりダイレクトに宇宙のイメージを投影するシステムだ。苦しむクラスメイトたちをよそに、余裕を見せる志麻。初佳はそんな志麻をライトニングジョウストの自主練習に誘い…。

ステルヴィアにクリスマスイブが訪れた。だが、志麻とやよいの表情は優れない。初佳が退学処分を受けようとしていることを知ったためだ。志麻に劣等感を明かす初佳に、志麻はかつて自分が初佳に感じた悔しさを重ね合わせるのだった。その帰り、格納庫に立ち寄った志麻は、光太に、悔しいと思うことはないかと問い掛ける。

冬休みを迎えた志麻たちは、地球に里帰りをした。グレートミッションの英雄を一目見ようと集まった大群衆を振り切った志麻と光太は、専用機で一路日本へ向かう。空港で出迎えた真人と共に、光太の姉・陽子の重力船で、志麻の実家へ行く前に音山家に立ち寄る一行。孤島の天文台で肩を寄せ合う志麻と光太だが…。

臨時招集でステルヴィアへ戻った志麻と光太。ウルティマの周辺に未確認飛行体が頻出し、ファウンデーション間に緊張が高まりつつあるという。織原たちと政府首脳の会議の席上では、地球圏の最前線として反動分子や他惑星圏に睨みを効かせるため、ステルヴィアの保安部の強化、宇宙郡の創設案まで飛び出して…。

宇宙学園の新学期が始まった。そこに、情勢不安定なウルティマから再びステルヴィアに来ることになったというりんなからの通信が入る。歓迎会を開こうと盛り上がる志麻たち。そんな中、新しいオペレーションシステムのモニターをした光太は、太陽系に広がる「宇宙ひも」の影に、何者かの存在を感じ取っていた。

りんなたちを迎えに、オデッセイの宇宙船クラークとともに貨物船ガガーリン5でウルティマを目指す志麻たち。そんな中、一行の前に避難民を乗せた居住ブロックが現れる。志麻はそこでりんな母子と再会し、謎の飛行体にウルティマが乗っ取られた事を知る。残されたりんなの父を救出するため、出撃した志麻たちだが…。

ウルティマの乗員救出に向かったケイティ部隊は、謎の飛行体の攻撃を受け大打撃を受けた。迅雷は総力を挙げてウルティマに残った人々を助け出そうと決意する。そこに、レイラと初佳が到着した。機動力をアップさせたインフィと、初佳を加えて勢揃いしたビッグ4たちのケイティが発進準備を終えようとしたその時…。

ステルヴィアへと戻ってきたりんなの歓迎会が盛大に開かれる。志麻と光太がステルヴィアを離れて80日、アリサはパイロットからメカニックへ進路を変え、やよいは卒業パーティーの実行委員になるなど、それぞれ成長していた。一方、光太と志麻はデータ収集のため、新型DSLを搭載したインフィで発進することになるが…。

データ収集から帰還した志麻と光太。光太が宇宙から感じたビジョンを感じることすらできなかったことから、光太と自分の決定的な差を知って落ち込んだ志麻を慰めようとしたアリサだが、志麻に辛く当たられてしまう。その上、晶とアリサ、志麻とやよいも喧嘩をしてしまって…。

地球がフラクチャーに接触するまであと2ヵ月、グレートミッションの立役者ターナー博士や各ファウンデーションの代表者を集めた臨時最高会議がステルヴィアで開かれることになった。同じ日、りんなの家では志麻たちやビッグ4が招待されて、ウルティマからの救出作戦の礼を兼ねたパーティーが開かれるが…。

コズミックフラクチャーの脅威から全人類・全太陽系を守るべく、全ファウンデーションの総力を挙げたミッションの準備が急ピッチで行われていた。そんな中、アリサたちは相変わらずギクシャクしている志麻と光太を仲直りさせようと、行動開始する。仲間たちの手で、強制的に二人きりにさせられた志麻と光太だが…。

コズミックフラクチャー消滅作戦、ジェネシス・ミッションがいよいよ具体化し始めた。一方、新型DLSに慣れようと特訓を続ける志麻だが、思うように上達しない。見かねた光太は教官たちに、自分一人でインフィをオペレートできないか、と提案する。ところがその時、未確認飛行物体がクルーたちの眼前に出現した！

ジェネシス・ミッションに、インフィの同型機・アルキオンで参加することになった志麻。だが、データ処理のスピードが上がらないことに疲労と苛立ちが募り、レイラや光太に励まされても、志麻は益々自分を追い込んでしまう。そして作戦前夜、志麻は偶然テレビで母・千秋の姿を見る。母の愛、真心を知った志麻は…。

土星圏の作戦宙域へ到達したステルヴィア。ミッションの指揮を取る白銀迅雷によって、各ファウンデーションは動き始める。アルキオンは機体のセットアップが遅れており、新型DLSなしで操縦訓練中の志麻にも疲労が溜まっていた。しかし、その時突然フラクチャーの活動が活発化し、エルサントを飲み込んだ！

人類存亡をかけたジェネシス・ミッションが始まった。やよいたちは交換用ジェネレーターを届けるため志麻の元を目指す。一方、最前線ではケイティ編隊に守られながら、光太と志麻が一撃を決める時を待っていた。初弾が虚空を打ち、ビームを打てるのはあと2発のインフィ。次で決めなければ、と苛立つ光太だが…。

光太を庇った志麻のアルキオン。機体は辛くも大破を免れたが、その時、志麻は宇宙を感じることに目覚める。アリサや大、ビッグ4たちの覚悟に後押しされるように、フラクチャーに突入するステルヴィア。光太の心には、彼を導くような志麻の声が届く。そして、皆の想いを乗せたレーザーが未来へ向けて放たれた！