サクラ大戦　ル・ヌーヴォー・巴里

クリスマスも近い巴里に墓荒らしの被害が続出。パトロールのため夜の墓場を訪れた花火とコクリコは、花火の父・正道と出会ってしまう。巴里華撃団の任務は機密事項、肉親といえども明かせない。コクリコは花火を庇うため「巴里華撃団というのはサーカスなんだよ！」打ち明け、巴里花組が一夜だけサーカスを演じることに。しかし、その会場に怪しい影が忍び寄っていた…。

グラン・マの留守中にシャノワールで盗難事件発生！警察の強制捜査を主張する英国貴族だが、巴里華撃団の秘密は明かせない！焦るメル＆シーは怪しい男の追跡をするも、男は華撃団の正体を探る諜報部員だった。そうとは知らないメル＆シーは、彼等のアジトに忍び込む…。

隊長の不在のままの巴里華撃団。一方、錬金術を操り謎の怪物を創り出したトゥールネル伯爵は、巴里の街を壊滅させる為闇の力をエッフェル塔へと注ぐ。恐るべき怪物と化したエッフェル塔が巴里の街に破壊の雨を撒き散らす。果たして隊長なき巴里華撃団は、巴里の街を守ることができるのか！？