ご注文はうさぎですか？

この春から高校に通うべく新しい街にやってきたココア。道に迷って偶然に喫茶ラビットハウスに入るが、実はそこが彼女が住み込むことになっていた喫茶店だった。ラビットハウスの一人娘・チノ、アルバイトのリゼともすぐに打ち解け、ココアの賑やかな新生活が始まる。

新しい学校への登校中にココアは和服の女の子千夜と出会う。和菓子に奇抜な名前をつける趣味を持っていたり、通う高校が同じだったりする千夜とすぐに打ち解けたココアは、早速休日にチノ、リゼと共にパン作りを始める。

カップを買いにきたココアたちは、リゼの学校の後輩で、千夜と幼なじみのシャロと出会う。そんな中シャロがいかがわしい店で働いているのではないかと心配する千夜のため、ココアたちはシャロのバイト先に潜入することに。

カフェ・ド・マンシーというコーヒー占いを見たココアは、チノにやり方を教えてもらいチノ・リゼ・ティッピーの運勢を占う。その後なぜかココア身に次々と不幸な事が起こっていき…。

学校の球技大会のために千夜と練習をするというココアは、なぜか浮かない顔をしながら先にバイトを上がって公園に向かう。バドミントンの練習のために遅れて公園に行ったチノとリゼは、広場で倒れているココアと千夜を発見する。

ココアが帰宅するとチノの同級生、マヤとメグがラビットハウスの制服姿で店の手伝いをしていた。マヤとメグはすぐにココアやリゼとも仲良くなるが、それを見ていたチノはなぜかもやもやする気持ちを抱き始める。

チノの様子が普段と違うことに気付いたリゼ。ココアに聞いてみると、チノが楽しみにしていたパズルをほぼ完成させてしまったのが原因だった。姉失格だとショックを受けたココアは店を飛び出してしまい…。

温泉プールに遊びに来たココア達は、シャロがリゼに泳ぎ方を教えたり、息止め勝負をしたりとプールを満喫していた。そんな中チノと千夜はチェスを始めるが、その勝負の先に待ち受けるものとは！？

チノが歩いて帰っていると、公園の方から原稿用紙で作られた紙飛行機が飛んできた。その紙飛行機は小説家の仕事を辞めたという青山ブルーマウンテンのもので、チノはそんな彼女をラビットハウスに連れてくる。

千夜の家でテスト前の勉強合宿をしているココアがラビットハウスにいないある日、マヤとメグがチノの家にお泊りに来る。店の手伝いをするチノ・マヤ・メグを見たリゼは３人合わせて「チマメ」と命名する。

クリスマスマーケットでの買い物中に、ココア達はクリスマスパーティーの計画を立てる。そしてクリスマス当日、ココア達にマヤ、メグ、青山さんも加わり賑やかなクリスマスパーティーが始まる。

登校中にココアの異変に気付いたチノ。ココアは高熱で、リゼや千夜がお見舞いに来てくれたがなかなか熱が下がらなかった。夜になって切れてしまった風邪薬を求めチノは一人で雪道に出ていく…。