聖闘士星矢Ω

数々の邪悪から、この地上を守ってきたアテナと聖闘士たち。そのアテナと聖闘士に新たな邪悪・マルスが襲いかかる！　マルスと戦う射手座の黄金聖闘士星矢は、ひとつの幼い命を救った。その幼子の名前は光牙。そして、その戦いから幾年も経ち、光牙はたくましい少年へと成長、聖闘士になるべく修行の日々を送っていた。

ペガサスの聖衣をまとい、必殺のペガサス流星拳を放った光牙だったが、マルスとの戦いに敗れてしまう。意識を取り戻した光牙は、行方不明となった沙織を探すため、シャイナや辰巳のもとから旅立った。その途中、光牙は子獅子座ライオネットの青銅聖闘士・蒼摩と出会う。

沙織の行方を追う光牙は、蒼摩の案内で聖闘士の訓練所であるパライストラへ向かう。しかし、そこで待っていたのは仮面の女聖闘士、鷲座アクィラのユナの攻撃だった。身を守るため、聖衣をまとう光牙。そこへ、かつて星矢と同じく青銅聖闘士だった激が現れ、戦いを中断させる。

沙織がパライストラにいないことを知り、光牙は学園を飛び出そうとする。しかし、それをひとりの少年が止めた。彼の名前は龍峰、龍座ドラゴンの青銅聖闘士だ。もともと体が弱い龍峰は療養のため故郷に戻っていたが、その実力は父である紫龍ゆずりであり、天性の才能を持っていた。

デルタ山へとやって来た光牙たちパライストラの生徒。そこで待っていたのは、ヘルキャンプと呼ばれる過酷なサバイバルレースだった。聖闘士ファイトの出場権がかかっているとあって、誰もが闘志を燃やす。だが、このデルタ山では小宇宙を使えば、いつも以上に疲労してしまうという特殊な環境にあった。

聖闘士ファイトの話題で持ちきりのパライストラ。誰もが注目していたのは、ズバ抜けた才能を持つと言われている優勝候補・オリオン座のエデンだった。そのエデンに対して、光牙は一方的なライバル心をいだく。そんな光牙の前に、一回戦の相手であるコンパス座のフックが現れた。光牙はフックの存在を軽く見ていたが…。

聖闘士ファイト一回戦も終わり、二回戦に進むベスト8が決まった。その二回戦で、戦うことになった光牙と蒼摩。ふたりは軽口を叩きながらも、心の中で熱き炎を燃やす。その夜、眠れずトレーニングに励む光牙の前に激が現れ、星矢との戦いを語った。翌日、ついに二回戦第一試合が始まる！

聖闘士ファイトも準決勝を迎え、光牙の対戦相手はエデンに決まる。その戦いの直前、アテナの乗る女神の馬車がパライストラに到着した。沙織の安否を一刻も早く知りたい光牙は、戦いの直前だというのに会いに行ってしまう。だが、その行く手に火星士ラーニョが立ちふさがる。どうにかラーニョを撃退した光牙だったが…。

突如、現れた火星士により占拠されたパライストラ。檄をはじめとする生徒の聖闘士たちが戦いを挑むが、パライストラを取り巻く闇の小宇宙の影響で自由に戦えず苦戦していた。そのころ、山羊座のイオニアに敗れ、牢獄に落とされた光牙は、ひとりの聖闘士と出会う。狼座ウルフの栄斗だ。

パライストラから脱出して、聖域にやって来た光牙たち。だが、黄金聖闘士が守護する十二宮はすでに破壊され、その代わりに巨大なバベルの塔が建設されていた。光の小宇宙を持つ少女が心配な光牙は、一刻も早く先に進もうとあせる。そこで蒼摩は一計を案じ、龍峰と栄斗と共に陽動のため、ワザと火星士に戦いを挑む。

絶体絶命の危機を星矢によって救われた光牙たち。一方、アリアと共にバベルの塔から脱出したユナは、光牙たちの無事を信じて逃走していた。聖域を完全に制圧したマルスは、大教皇として号令するため式典を計画、アリア奪還を娘のソニアに命じる。そして、ひたすら逃走を続けていたユナとアリアの前に…。

マルスの野望を阻止するべく、風の遺跡へと向かう光牙たち。そこへまたしてもミゲルが立ちふさがった。蒼摩たちにアリアを任せ、ひとりでミゲルに立ち向かった光牙だったが苦戦を強いられる。だがそこへ、かつて星矢と共に邪悪と戦っていた聖闘士、アンドロメダ瞬が現れ、光牙の危機を救う！

ソニアがアリア奪還のために指令を出している中、エデンは黄金聖闘士ミケーネから激しい指導を受けていた。一方、光牙たちは風のコアを目指して旅を続ける。その途中、つかの間の休息の中で光牙は幼い日のことを思い出していた。聖闘士になるよう光牙を諭していた沙織、はたしてその真意は？

次なる遺跡に向かって旅を続ける光牙たちは、雪の積もる廃墟の街へと入った。廃墟を見て複雑な表情を見せるユナ。それはここがユナの故郷だったからだ。幼いころから身寄りのなかったユナだったが、たったひとり手を差し伸べてくれた恩人がいた。それは、孔雀座ピーコックのパブリーンという女性白銀聖闘士だった。

土の遺跡へと向かう光牙たちの前に栄斗が現れた。栄斗はさらに後ろから市が近づいていることを知らせる。パライストラ壊滅の際、偶然からマルスの手を逃れた市は、光牙たちを救うために駆けつけたというのだ。地元の少年グエンに案内され、土の遺跡に向かう光牙たち。ゴーレムに立ち向かおうとしたその時…！

旅を続ける光牙たちの前に、火星士ラジンスキー率いるアント隊が立ちふさがった。体調のよくないアリアの身を案じた光牙たちは戦いを避け逃げ出すが、途中で財布を落としてしまう。このままでは船に乗って、次の目的地へ向かうことができない。そこへパウロという老人が現れ、バイトをすることを持ちかけてきた。

次のコスモクリスタルのある遺跡に向かう途中、光牙たちは羅喜というテレキネシスを使う少女と出会った。聞けば、師匠である聖衣の修復師の為に、稀少な鉱石、スターダストサンドを取りに行くのだという。たったひとりで危険な場所へ向かわせられないと思った光牙は、一緒に鉱石のある場所へ向かうが…。

火の遺跡に向かっていた光牙たちは、その途中にある蒼摩の故郷へとやって来ていた。出迎える懐かしい顔を見て、いつも以上にはしゃぐ蒼摩。だが、その心の中は父を倒した女火星士ソニアへの復讐に燃えていた。翌日、火の遺跡に向かった蒼摩は、ソニアの小宇宙を感じて、ひとり飛び出していく。

龍峰のいる五老峰へとやって来た光牙たち。しかし、そこにはすでに彼の姿はなかった。龍峰は光牙たちに負担をかけまいと、ひとりで水の遺跡へと向かっていたのだ。その龍峰の前に、ドラゴンと因縁深きペルセウス座の白銀聖衣をまとったミルファクが立ちふさがる。水の属性に有利な土の属性の攻撃の前に、龍峰は苦戦する。

姉ソニアの負傷を知ったエデンは、自分の手でアリアを奪還しようと出陣する。一方、光牙たちは最後のコスモクリスタルがある雷の遺跡に向かう。出会った頃はどこか寂しげだったアリアも、光牙たちに笑顔を見せるようになっていた。しかし、平和な時間はエデンの襲来で終わりを告げる！

エデンの圧倒的な小宇宙の前に敗北し、光牙はアリアを奪われてしまう。屈辱的な敗北に自暴自棄になる光牙。アリアを奪還したエデンはマルスと謁見。地上に起きている異変について聞くエデンだったが、マルスは逆にエデンのやさしさを咎めるのだった。一方、落ち込んでいる光牙を奮い立たせようとするユナは…。

栄斗を見失った龍峰は、樹海の中にある富士流忍者の総本山で、栄斗の父・善三と出会った。龍峰は善三から、栄斗の過去を聞く。かつて、栄斗が兄と慕うひとりの忍者がいた。だが、彼は里を抜け出して聖闘士になってしまう。そして、ふたたび里に戻った彼が刺客に命を狙われた時、栄斗は見殺しにして逃げたというのだ…。

アリアを取り戻そうとする光牙とユナの前に、龍峰と栄斗が現れた。栄斗の情報をもとに、マルスの居城へ奇襲をかける一行。その光牙たちを盾座のエネアドが迎え撃つが、さらなる力を身につけた蒼摩が合流し、鉄壁の防御を軽々と打ち破る。再会を喜ぶ光牙たちに、蒼摩はこれまでのことを話す。

アリアは、エデンと共に雷の遺跡へ向かったという。後を追う光牙は、その途中、シャイナと再会する。光牙を一人前の聖闘士と認めたシャイナは、彼の過去に関する重大な秘密を明かす。真実に驚きながらも、光牙はアリア奪還にさらなる闘志を燃やす。そして、雷の遺跡に到着するが…。

ふたたび拳を交えた光牙とエデンだったが、突如、現れた闇に飲み込まれる。闇は周囲にいた蒼摩たちをも飲み込んでしまった。やがて目を覚ましたユナ、龍峰、栄斗の3人は「悔恨」「贖罪」と書かれた扉の前へとたどり着く。意を決して扉の中に入った3人は、ふたたび闇に包み込まれてバラバラに引き離されてしまう。

闇の遺跡に落ちたソニアは、幼い日の出来事を追体験する。初めて聖闘士を倒す事を命じられ、仮面を付けるようになった運命の日の出来事だ。一方、蒼摩もまた闇に飲み込まれて過去の中で目を覚ます。そこにはまだ父である南十字座の白銀聖闘士・一摩が生きていた。しかし、蒼摩は目前の光景に愕然とする…。

闇の遺跡からの脱出を目指す光牙、アリア、エデンの3人。エデンは幻影によって作り出された幼いころの自分の姿を見る。光牙は自らの小宇宙に闇が秘められているかもしれないという疑念と向き合い、苦しんでいた。そしてアリアもまた、マルスに利用されてきた過去の幻にさいなまれる。

必死の闘いも虚しく、マルスの手によりアリアを失った光牙たち…。だが、悲しみに暮れている時間はなかった。アリアが最期に遺した言葉、それは、今までの旅の中で光牙たちに抱いた素直な気持ち、マルスを追い、その野望を打ち砕いてほしいという願いだった。一方、マルスはバベルへと戻り、地球を滅ぼさんと動き出す。

新十二宮がバベルの塔の上に現れた。アリアの力を得たマルスによって生み出された、十二の黄道星座を司る宮殿だ。光牙たちは、アリアの意志を胸に新十二宮へと足を踏み入れる。その第一の宮、白羊宮で待っていたのは、牡羊座アリエスの黄金聖闘士・貴鬼だった。光牙たちは、貴鬼から衝撃の事実を告げられる！

第二宮、金牛宮で戦う光牙だったが、その拳は牡牛座タウラスのハービンジャーには通用しなかった。反対にグレートホーンの一撃で倒れる光牙。代わって駆けつけたユナたちが、ハービンジャーに戦いを挑む。だが、それさえ余裕で受け流すハービンジャーは、自らが黄金聖闘士になった経緯をユナたちに語る。

蒼摩たちはハービンジャーのグレイテストホーンによって、光と共に消えた。光速の拳によって時空が歪められてしまったことで、何処かへ飛ばされてしまったらしい。龍峰が飛ばされたのは、金牛宮の次にある双児宮。光牙を気にしながらも進む龍峰の前に、双子座ジェミニの女黄金聖闘士・パラドクスが現れる。

巨蟹宮へと飛ばされたユナ。そこで待ち受けていたのは、蟹座キャンサーの黄金聖闘士・シラーだった。果敢に挑むユナだったが、苦戦を強いられる。しかも、死者となって操られる聖闘士たちが、次々に襲いかかってくる。死者たちに混じっていた、驚くべき人物！　ユナは次第に追いつめられてゆく…。

ユナが異世界に飛ばされていた頃、双児宮では、意識を取り戻した龍峰にパラドクスが再び選択を迫っていた。そこへ金牛宮を突破した光牙が駆けつける。最初は光牙の攻撃に押され気味だったパラドクスだったが、性格が一変した瞬間、消耗していた体力も回復する。パラドクスは人格ごとに異なる小宇宙を持っていたのだ！

巨蟹宮に入った光牙と龍峰の前に、シラーが立ちふさがる。ユナが冥界の入口に飛ばされたと聞いた二人は、果敢にシラーに立ち向かう。だが、圧倒的実力差から苦戦を強いられ、積尸気冥界波で冥界の入口に落とされそうになってしまう。その時、光牙が機転を利かせ、シラーにも冥界波の影響は及んだ！

光牙たちが巨蟹宮を突破した頃、エデンはいまだアリアを失った悲しみから抜け出せずにいた。そのエデンの前にメディアが現れる。光牙が放った闇の小宇宙に興味を持ったメディアは、その力を手に入れるか超えるようエデンに言う。だが、エデンはそんなことに興味を示さず、幼い日の自分とアリアのことを思い出すばかりで…。

獅子宮へと入った蒼摩と栄斗の前に立ちふさがったのは、黄金聖闘士・獅子座レオのミケーネだった。果敢に戦いを挑む蒼摩と栄斗だったが、ミケーネとの実力差は歴然、強力な必殺技の前に危機におちいる。だが、何度倒れても立ち上がるふたりを見ているうちに、ミケーネの心の迷いが大きくなっていく…。

獅子宮を突破した蒼摩と栄斗は、第六の宮・処女宮に向かう。強大な小宇宙を感じて、歩みを止める二人。その小宇宙の持ち主こそ、処女宮を守護する乙女座バルゴの黄金聖闘士・フドウだった。黄金聖闘士でも1、2を誇る実力者であるフドウは、黄金聖衣をまとうことなく蒼摩と栄斗を圧倒する！

力を合わせてフドウと戦う光牙たちだったが、力及ばず倒れてしまう。その時、エデンが処女宮に現れる。意外にもエデンは、十二宮を突破し、父マルスの野望を止めることに目的を定めていた。こうして戦いが始まり、光牙たち5人でも敵わなかったフドウを相手に、エデンは一歩も引かずに立ち向かう。

フドウとの戦いを終えて処女宮をあとにするエデン。その頃、光牙たちは水瓶座アクエリアスの時貞の強襲を受けて危機におちいったところを、不思議な力に包まれ、天秤宮へとやって来ていた。一同を天秤宮へと導いたのは、この宮を守護する黄金聖闘士、天秤座ライブラの黄金聖闘士・玄武だった。

ソニアは、マルスに反逆したエデンを止めるようとする。姿を現したメディアが彼女に与えたのは、蠍座スコーピオンの黄金聖衣！　今、ソニアは蠍座スコーピオンの黄金聖闘士として天蠍宮で光牙たちを待ち受ける。その力の前に苦戦する光牙たち。だが、何かを感じた蒼摩が光牙とユナを先に行かせ、ひとりでソニアに挑む。

時貞と共に、見たこともない空間へと飛ばされた龍峰と栄斗。そこは時間の果て、時を超越した空間だった。龍峰と栄斗は抜け出そうと、時貞に戦いを挑む。だが、この空間の中では、時貞の時間を操る技は無限の力を持っている。受けたダメージをすべて回復し、栄斗たちの動きを完全に封じてしまった！

磨羯宮へとたどり着いた光牙とユナ。そこで待っていたのは、パライストラの学園長だった山羊座カプリコーンの黄金聖闘士・イオニアだった。アテナを裏切った理由を尋ねられたイオニアは、光牙とユナに過去を語る。沙織をアテナという存在から解放するために戦っているという身勝手な理屈に、光牙とユナは怒りに燃える。

ついに最後の宮である双魚宮へと到達した光牙たち。待ち受けていたのは、最後の黄金聖闘士・魚座ピスケスのアモールだった。アモールは光牙を拘束すると、蒼摩、龍峰、栄斗を水の牢獄へと閉じ込め、マルス四天王とのデスマッチを強要する。さらに、残ったユナをいいようにいたぶる。身動きの取れない光牙は…。

アモールの策略によって、光牙はついに闇の小宇宙を発動させてしまう。そうして、襲い掛かるマルス四天王を圧倒。セブンセンシズに目覚めたことで、かろうじて意識を保っていた光牙だったが、奥底からあふれてくる闇の小宇宙をついに制御できなくなってしまう。そんな光牙を助けようと、蒼摩たちが立ち上がる！

双魚宮を突破した光牙は、ついにマルスのもとにとたどり着いた。戦いを挑む光牙に対し、マルスは戦うことの意味を問う。そこへ、父の野望を止めようとエデンが駆けつける。人を犠牲にする父のやり方に異を唱えるエデンに、マルスは自らの過去を語り始める。マルスとなる前、ルードヴィグと呼ばれていた頃の物語を…。

仮面を外したマルスの素顔に驚愕する光牙とエデンは、もはや言葉の届かないマルスと戦う事を余儀なくされる。エデンは光牙をアリアの杖がある頂上へと向かわせ、自分はマルスとの決着をつけるべく戦う。先に進んだ光牙は火星を引き寄せているアリアの杖を止めようとするが、闇の結界に阻まれて近づくことさえできない。

地球から火星への小宇宙移植が開始され、なすすべもない光牙とエデン。マルスから闇の小宇宙を回収したメディアは、ついに秘められた野心を開放。アモールに後を任せ、自らは新天地である火星へと向かう。メディアの狙いが光牙の闇の小宇宙だと気づいたエデンは、ひとりでアモールと戦うが…。

アモールにギャラクシーメイルの力を埋め込まれる光牙。しかし、光牙は闇に堕ちることなく、その戦闘力はアモールを凌駕する。メディアに騙されていたことに気づいたアモールは、すべてを抹殺すべく、光牙に戦いを挑む。一方の地球では、火星に向かうユナたちを助けるべく、貴鬼たち黄金聖闘士が力を合わせていた！

光牙はメディアの策略によって、闇の神・アプスに憑依されてしまった。自分の意思とは裏腹に沙織の命を奪おうとする光牙の前に、エデンが立ちはだかる。だが、圧倒的な闇の小宇宙の前に苦戦し、身体に魔傷を受けてしまう。蒼摩たちもアプスを止めようとするが、情け容赦のない攻撃に次々と倒れ…。

アプスに憑依された光牙にエデンたちは倒され、最後の希望であるアリアの杖も破壊されてしまった。沙織を守る聖闘士は、もはやユナひとりだけ。沙織の言葉に励まされたユナは希望を失うことなく、光牙を元に戻そうとアプスと戦う。だが、実力差を埋めることはできず、魔傷を受けて倒れてしまい…。

星矢から射手座の黄金聖衣を借りた光牙は、沙織を助けるためにアプスを追う。そこはアプスの支配する、光さえ輝くことのない闇の世界。あきらめない光牙は、闇の海を抜け、沙織が囚われている闇の城へとたどり着く。そして光牙の光の小宇宙が輝き、光と闇との争いに決着をつける、最後の戦いが始まった！

闘いが終わり平和が戻った地上。奇妙な夢を見た沙織は、星矢をある場所へと向かわせる。そこで星矢は、強大な小宇宙を持つ少女パラス、そして謎の男タイタンと出会う。そのころ、故郷の島で静かな生活を送っていた光牙の前に、ひとりの少年が現れる。少年の名前は昴、科学の力で戦う鋼鉄聖闘士だった。

新たな戦いが始まったことを知った光牙と昴は、島を出て聖域へと向かった。聖域に着いた光牙は、沙織から仲間の青銅聖闘士たちを集めるように言われる。そこで光牙達は蒼摩のいるパライストラを目指す。再建されたパライストラで蒼摩は、先輩として聖闘士候補生の指導にあたっていたのだった。再会を喜ぶ二人だが…。

光牙と蒼摩は仔獅子座の聖衣を修復するため、修復師の貴鬼がいるジャミールへと急ぐ。そのジャミールでは、一足早く、ユナが聖衣を修復するためにおとずれていた。だが、修復された鷲座の聖衣を装着できず、彼女はおどろく。貴鬼から心に迷いがあるから聖衣を装着できないと言われ…。

龍峰を迎えに五老峰に向かった光牙たちを、パラサイトが襲う。パラサイトの次なる標的は龍峰だった！　そのころ龍峰は、父・紫龍から廬山の大瀑布を生身で逆流させるという厳しい修行を受けていた。戦いも終わり、家族と平穏な日々を送れると思っていた龍峰は、厳しすぎる紫龍に不満を隠せない。

栄斗を探しに日本へ来た光牙。何と栄斗は、ロックバンドのボーカルになっていた。アテナの危機とパラサイトの暗躍を説明し、一緒に戦おうと説得する光牙。ロックに新しい自分の道を見つけた栄斗は、もう戦わないとその誘いを断る。だが、パラサイトのハティが密かに聞き耳を立てていて…。

消息を絶った白銀聖闘士、盾座のエネアドの捜索を命じられた光牙と昴。しかし、それはパラサイトの仕掛けた罠だった。しかも、パラサイトの一員となったエデンが現れ、光牙に戦いを挑んでくる！　パラサイトのエウロパによると、アリアを生き返らせることを条件に、エデンはパラサイトになったというのだが…。

パラサイトの時間侵略によって停止させられ、動けなくなった人々や街が増えていく。この事態を受けて、黄金聖闘士たちも聖域に集結し、沙織にパラスとの全面戦争を訴える。悩みながらも沙織はついに戦いを決意、全聖闘士を聖域に招集する。光牙と昴も招集に応じ、離ればなれだった青銅聖闘士たちと再会する。

パラサイトに時間停止させられてしまった村へとたどり着いたユナ、蒼摩、龍峰は、そこで人々を守るため、たった一人で三級パラサイトのハリメデと戦うアンドロメダ瞬と再会する。しかし、兄フィリップを目の前で時間停止されてしまった少年レイは、聖闘士を信用できず、激しい怒りを瞬にぶつけていた…。

光牙と昴は、戦っていた三級パラサイトのハティを取り逃がしてしまう。そこに昴と同期の鋼鉄聖闘士・エルナが現れ、二人を他の鋼鉄聖闘士たちのもとへ案内する。元青銅聖闘士で、現在は鋼鉄聖闘士の指導者を務める蛮と那智が、パライストラ防衛に向かう鋼鉄聖闘士に同行してほしいと光牙に頼むが…。

パライストラに着いた光牙たちは、各地で聖闘士たちに救出された避難民の多さにおどろく。また、避難民だけでなく、蒼摩たち聖闘士の多くもここに集結していた。指揮をとる玄武に会った光牙たちは、今までの聖衣に頼った戦いぶりを叱責される。厳しい玄武の言葉に、光牙は反抗するが…。

パライストラに侵攻してきたエーギルを撃退した玄武。しかし、エーギルはハイぺリオンから聖剣・天地崩滅斬を授かり、ふたたび玄武に戦いを挑んできた。圧倒的な小宇宙を秘めたその破壊力の前に、玄武は一撃で吹き飛ばされてしまう。さらにエーギルは、パライストラにいる人々の時間を切り裂いた！

命をかけてパライストラを守った玄武。その死は様々な影響をもたらした。光牙たちも、玄武の意思を継いでパラサイトと戦う決意を新たにする。だが、多くの聖闘士たちは意気消沈し、戦う気力を失っていた。彼らの不安な心を聞き取ったハティは、これを好機とみて、パラサイト兵を率いて進軍を始める！

沙織の命を懸けた探索により、パラスの居場所が判明。光牙たちは、パラスの本拠地であるパラスベルダへと向かう。途中、吊り橋を渡っていた光牙たちの前に、三級パラサイトのキュレーネが現れる。橋を壊そうとするキュレーネだが、姿を現した栄斗によって阻まれる。ところが、無謀にも昴が引き返し…。

門を破壊した聖闘士たちは、パラスベルダの街へと突入した。パラスのいる城へと続く道を求め、聖闘士たちはそれぞれの道を進む。パラサイトのもっとも多い道を進み、囮となる星矢。その真意をくみ取って光牙たちも先に進むが、行く手に三級パラサイトのタルヴォスが立ちふさがる。

パラスベルダで繰り広げられる聖闘士とパラサイトの激闘。そこには大勢の鋼鉄聖闘士たちもいた。その鋼鉄聖闘士の一人・ケリーとエマも必死でパラサイトと戦っていたが、危機に陥る。助けに現れる蒼摩と昴。しかし助けられたことで、エマは自分たち鋼鉄聖闘士が戦いに参加していることに疑問を抱く。

光牙を倒すため、タイタンは２級パラサイトのエウロパを刺客として差し向けた。戦いに向かう途中、エウロパはエデンと出会う。さらに二人を遮るように現れる星矢。黄金聖闘士の実力を測ったエウロパは、その場から撤退。あとに残った星矢は、戦うことに疑問を感じていたエデンに、自分自身で答えを出すよう諭す。

ただ待つことに飽きたパラスは、タイタンの目を盗んで城を抜け出し、聖闘士とパラサイトが戦う街の中へと飛び出す。偶然にも出会った光牙は、普通の少女だと思い込み、パラサイトの攻撃から彼女を守って戦う。その姿を見て、パラスは光牙のことを気に入ってしまう。光牙もすっかり心を許すが…。

パラサイトが大勢集まった場所にたどり着いた蒼摩とユナ。ここがパラスの居城への近道だと推測するが、復讐に燃える双子パラサイト・ユミルとメトネが立ちふさがる。メトネは意外な行動に出る。エウロパから授けられた黒の砂時計アンチ・リミットで、姉ユミルの命と小宇宙を吸収したのだ！

パラスベルダを進む光牙たちの前に、一人のパラサイトが現れた。その男の名はミラー。階級もなく、刻衣も拳にまとっただけの風変わりなパラサイトだ。しかし、その実力はケタ違いで、昴を一撃で倒してしまう。光速の動きに絶対の自信を持つミラーは、自分に一撃を入れることができれば退くという条件でゲームを始める。

少女セレーネを助けた光牙たちは、小馬座エクレウスのケレリスと出会った。ケレリスの案内で、光牙たちは、まだ時間停止されていない人々の暮らしている場所へと向かう。その途中、昴は小馬座が呪われた聖闘士と呼ばれていることを知る。強大な力を得る代償として、戦いの中で死ぬ運命にあるというのだ…。

光牙たちはパラス城を目指し、地下通路を進むことにした。しかし、ケレリスは人々を守るため、この場に残るという。ケレリスへの復讐を誓うハティは、光牙たちが去ったことを知り、攻撃を仕掛ける。そこに、ケレリスの身を案じた昴が戻ってきた。ケレリスは昴に、小馬座の聖衣に選ばれたときのことを話す。

地下通路をパラサイトに破壊され、光牙たちはふたたび地上を侵攻することになった。聖闘士とパラサイトの激しい戦いが続く中、光牙は懐かしい小宇宙を感じて引き返す。それは貴鬼の指示で戦場に駆けつけた羅喜のものだった。光牙と昴は、ハリメデに襲われて危機一髪の羅喜を助けるが…。

パラスベルダ内部に前線基地を作った聖闘士たち。そこには傷ついた聖闘士たちが集まり、傷をいやしていた。貴鬼による聖衣修復も行われ、羅喜の導きで光牙たちも合流する。シャイナや激など、懐かしい顔ぶれと出会いホッとする光牙たち。だが、貴鬼に敗れた屈辱を晴らそうと、ディオネが大軍を引き連れて現れる！

パラサイトとの闘いが続く中、スニオン岬の牢獄に囚われていたパラドクスの前に、パラサイト四天王のガリアが姿を現わす。そのころパラスベルダでは、貴鬼に聖衣を修復してもらった光牙たちが戦線に復帰していた。だが、龍峰一人だけが謎の空間に迷い込んでしまう。そこに待っていたのは…。

ついにパラスの城が見える場所までたどり着いた光牙たち、しかし、その前にふたたびミラーが現れた。炎で周囲を囲まれ、逃げ場を失った光牙たち。この危機に、業火の中を平然と歩きながら、一人の男がやって来た。男の名は鳳凰座フェニックス一輝。歓迎する光牙たちに、一輝は惰弱と拳をふるう。

パラスの城へと続く道の、最後にして最大の難関『刻の門』。四天王タイタンの力によって時間停止された門には、どんな攻撃も通用しないと言う。その門を開けるため、青銅聖闘士たちは次々に襲い掛かるパラサイトの精鋭部隊を足止めし、光牙を先へと進ませる。仲間たちの助けによって、刻の門にたどり着く光牙だが…。

刻の門を突破し、ついにパラスの城へと突入するアテナ軍。内部の構造がわからず戸惑う一同を尻目に、一輝とインテグラが先行する。後方から襲い掛かるパラサイト兵をシャイナたちに任せ、光牙たちは城内部へと歩を進める。その行く手に現れたエウロパは、パラスのもとへ行くには４つの選択肢があることを告げる。

パラスのもとへと急ぐ光牙、蒼摩、ユナたちの前に、新たなパラサイトが立ちふさる。四天王アイガイオンの命を受けた、ミスティックストーンのスルトだ。強引に突破しようとする光牙たちだが、スルトの放つ究極の障壁“コスモ・リフレクト”の前にすべての攻撃が防がれたうえ、跳ね返されてしまう！

パラサイト兵の迎撃を氷河に任せ、パラスのもとに急ぐ昴、栄斗、エデン。しかし、その途中で憶えのある小宇宙を感じた栄斗は、時計の並ぶ怪しげな部屋へ足を踏み入れる。そこに待っていたのは二級パラサイトとなった時貞だった。栄斗への復讐に燃える時貞は、刻衣に秘められた力で自らを時間停止させる！

パラスを探す光牙たちの前へ、ついに一級パラサイトである四天王が姿を現した。その名も重爆雷斬刃のアイガイオン。いさんでアイガイオンに挑む光牙、蒼摩、ユナだが、重力を操る聖剣の前に近づくこともできずに倒されてしまう。光牙たちを守るため、鎖を駆使して戦う瞬。しかし、星雲鎖すら通用しない！

四天王アイガイオンの持つ聖剣・重爆雷斬刃で傷ついた瞬のもとに、一輝が駆けつけた。一輝はアイガイオンと一人で戦うことを決め、光牙たちをパラスのもとへと進ませる。こうして始まった一輝とアイガイオンの戦いは、一進一退を繰り返す激しいものとなる。アイガイオンは最大級の雷撃を放ち…。

四天王アイガイオンを道連れに散った一輝。その最期に聖闘士たちは涙した。一方、四天王の一角をくずされたタイタンは、この世のすべてを貫く神の槍・ゲイボルグをその手に宿す二級パラサイト・レアに紫龍と龍峰の抹殺を命じる。一人で戦いを挑むレアに、紫龍は龍峰を下がらせて一対一で応じる！

パラスの居場所を求め、城の中にある4つの道を進む光牙たち。しかし、3つの道は出口のない無限回廊だった。唯一の正しい道をおびき寄せられるように進む沙織と黄金聖闘士達の前に、パラドクスが立ちふさがる。そこに駆けつけたのは、彼女の双子の妹・インテグラ。双子座に課せられた宿命の対決が始まる！

パラドクスとインテグラの宿命の戦いに、突如、四天王ガリアが乱入してきた。ガリアは聖剣・武神光臨剣でパラドクスに致命傷を与え、怒りに任せて反撃するインテグラを黄金聖衣ごと切り裂く。自分の力に絶大の自信を持つガリアは、その戦いを水晶に映して光牙たちに見せつける。奮戦する黄金聖闘士たちだったが…。

迷宮から脱出し、黄金聖闘士とガリアがいる戦場へと駆けつけた光牙たち。聖闘士の一掃を図るガリアに対し、光牙たちは自分たちだけで戦うと、黄金聖闘士と沙織を先に進ませる。甘く見られたと怒り心頭のガリアは、残った青銅聖闘士たちを次々と倒していく。人間を虫けら呼ばわりして勝利を確信したその時…！

黄金聖闘士抹殺のため、四天王ハイぺリオンが動き出した。その聖剣・天地崩滅斬は黄金聖闘士たちを圧倒する。天地崩滅斬には、原子を構成する陽子までも崩壊させる力があったのだ。余裕のハイぺリオンは、自分の目的が沙織とパラスの二人の神を共倒れに導くことだと明かす。それを聞いた沙織は…。

大きな小宇宙の爆発を感じた光牙たち。そこにはアテナエクスクラメーションによる凄惨な爪痕が残されていた。紫龍たちの命をかけた行動に、光牙たちは言葉を失う。しかし、ハイぺリオンはまだ倒れていなかった。聖剣こそ破壊されたものの、刻衣に守られて大きなダメージを受けずにいたのだ。

ハイぺリオンのクロノカタストロフィーによって、昴の時は奪われてしまった。光牙たちは昴を元に戻すため、ハイぺリオンに戦いを挑む。その昴の魂は、精神世界で謎の男と出会っていた。謎の男から人間について問いかけられる昴。一方、光牙たちはハイペリオンに、聖衣を粉々に破壊されてしまう！

ついにパラスのいる王座の間までたどり着いた沙織たち。パラスと共に待ち受けていたのは、最後の四天王であるタイタンだった。先制攻撃を仕掛けるハービンジャーだが、タイタンに阻止され、反対に吹き飛ばされてしまう。自分が敵と認めるのは星矢だけだと言うタイタンに、ハービンジャーは一騎打ちの勝負を挑む！

沙織とパラスは、ついに対決の時を迎えた。代わりに戦おうとする星矢を下がらせ、沙織はパラスの傍へと近づく。神話の時代、アテナの愛を自分だけのものにしようと人間を滅ぼそうとしたパラス。地上の平和のため、そのパラスをやむを得ず倒したアテナ。パラスの歪んだ愛には、もう言葉は届かなかった…。

新生黄金聖衣（ニューゴールドクロス）を纏った星矢とタイタンが激突！　アテナとパラスという己の信じる女神のために戦う二人。戦いの最中、星矢はタイタンにあることを告げる。笑みを浮かべるタイタン。力量も心も認め合った二人は、戦士としてではなく、男と男として決着を付けようと拳を交える！

昴の中で眠っていた時の神サターンがついに目覚めた。変貌してしまった昴に必死で呼びかける光牙たちだが、その声は届かない。刻衣をまとい、聖剣を手にして臨戦態勢に入るサターン。昴として自らの記憶を封印して人間を観察していた彼は、あらためて人間の愚かさを知った、愚かな人間を抹殺すると宣言する！

光牙たちはサターンを追って天空を駆ける。一方、地上にはサターン直属の精鋭軍が現れていた。必死でその侵攻を食い止める鋼鉄聖闘士たち。しかし、そこに倒されたはずのエーギルが現れ、天地崩滅斬の欠片によって強化された武器で襲ってくる。間一髪で危機を救ったのは、オリジナル鋼鉄聖闘士たちだった！

アテナとパラスを抹殺すべく、エウロパとミラーが迫る！　氷河と瞬が阻止しようと戦うが、苦戦。サターンのもとへとたどり着いた光牙たちも、神の力の前に圧倒されていた。何度でも立ち上がり戦いを挑もうとする光牙だが、それを星矢が止めた。サターンの中にいる昴を見て、光牙たちは本気になれずにいると言うのだ。

黄金の短剣で星矢が戦いを終わらせたかに思えたが、寸前でサターンに止められてしまった。力尽きた星矢に、サターンは容赦なく攻撃をしかける。光牙たちは星矢の意思を継いでサターンに挑む！　しかし、オメガの力を見切ったサターンの前に次々と倒れていく。それでも屈しない光牙が渾身の一撃を放つが…。

皆からの小宇宙を受け取り、ペガサスのΩ聖衣はさらなる進化を遂げた。あらためてサターンに戦いを挑む光牙。その力はΩを見切ったと豪語していたサターンを驚愕させる。戦いの中、サターンは奇妙な高揚感を感じる。それは永遠の時を生きてきた神の身で味わったことのない感覚、熱い思いだった！