けいおん！！

平沢唯、秋山澪、田井中律、琴吹紬の軽音部4人は高校3年生として、始業式を迎えた。新入生がクラブを決めるこの時期に、去年新歓ライブで入部を決めた2年生の中野梓とともに、今年も新入生勧誘に励む軽音部のメンバーだが・・・。

整理されていない音楽準備室を片付けることになった軽音部。何か荷物があると倉庫代わりにしていたその部屋は、唯がどこからか持ってきたものを中心に私物であふれていた。

軽音部は新入部員(？)のトンちゃんに夢中。いつもと同じ雰囲気の中、ノートパソコンを見ていた律が突然わめきだす。軽音部の活動報告の写真を見て、自分が目立っていないことが原因のようで・・・。

桜が丘高校の3年生は、修学旅行で京都に行くことに。4人ひと組の班行動のため、軽音部で行動することになるが、行きの新幹線からテンションが上がっている唯と律に、澪は大きな不安にかられる・・・。

修学旅行に行っている唯から、憂や梓に楽しんでいる様子のメールが届く。3年生のいない中、大好きな姉がいない憂、それを気遣う梓と純は普段と違った学校の雰囲気を味わう。

梅雨の季節になり、朝から雨が降り続けている。唯はギー太が濡れないように登校しようとするが、学校に着くまで一苦労。教室に着いてからも、クラスではズブ濡れの唯の話で持ちきりになる。

なんだかそわそわしている澪が気になる唯。理由を聞くと、朝からずっと視線を感じていると澪は話す。心配する梓以外の軽音部のメンバーは、怖がりの澪を茶化すが・・・。

和は唯が進路についてまだ迷っていることに驚く。そんな唯と、進路調査表を未定で提出した律は、さわ子先生に職員室に呼び出される。2人を心配する和と澪は、紬に子供の頃の思い出話をする。

期末試験が近づき、図書室で勉強をする軽音部3年生たち。勉強に勤しむ澪と紬だが、唯と律は相変わらず勉強に集中できない様子で・・・。

朝の登校中に、紬は車に乗った人物と話すさわ子先生を見かける。放課後、音楽室で気まずそうに電話しているさわ子先生。それを怪しむ軽音部は、ある行動に出る。

真夏の暑い日にバンド練習をする軽音部だが、うだるような暑さに練習もままならない様子。涼しく過ごす為に色々なことを試す軽音部は、最終的に顧問のさわ子先生に相談する。

夏休みに入った桜が丘高校。3年生にとっては最後の夏休みに、合宿をしたいと唯が提案する。最初は乗り気ではなかった澪だが、夏フェスに行くと聞いて、参加を決意する。

唯たち軽音部3年生は受験を控え、図書館で勉強中。2年生の梓はひとり自宅で暇を持て余していたが、そこへ憂が遊びに来て・・・。

澪を遊びに誘った律。しかし、勉強に余念が無い澪に断られてしまう。その後、律は駅前で紬を見つける。夏期講習に備えて買い物をする予定だという紬を誘う律だったが・・・。

夏休みも終わって学園祭のある2学期に入り、ひときわテンションが高い梓。それに対して、目前の学校行事マラソン大会のせいで唯は元気がない。それぞれが大会に備えて準備するが・・・。

梓は、同級生の純に軽音部の1日の活動内容を聞かれ、いつの間にか3年生のペースになじんでいることに気づく。入部当時のマジメな自分に戻ろうと気合を入れる梓だが・・・。

階下にある教室の水漏れが原因で、部室が使えないことになってしまった軽音部。学園祭まで1ヶ月を切った中で、練習できそうなほかの場所を探すが・・・。

唯たちのクラス・3年2組の出し物が｢ロミオとジュリエット｣になり、投票でロミオ役が澪、ジュリエット役が律に決定する。放課後にさっそく稽古することになるが・・・。

学園祭初日を迎え、桜が丘高校は慌ただしい雰囲気。3年2組もクラス劇｢ロミオとジュリエット｣の準備に余念がない。たくさんの観客が見守る中、ついに開演を迎え・・・。

学園祭2日目。昨晩からの特訓で、唯たちはやる気満々。そして、講堂のステージで、放課後ティータイム3回目の学園祭ライブが始まる。

卒業アルバムの撮影が近づき、髪型を気にして、色々と挑戦してみる唯。翌日の放課後に、部室でアルバム用の個人写真の練習をしてみる軽音部だが・・・。

唯たちの受験が近づき、部室で毎日試験勉強をする日々が続く。2年生の梓は唯たちに内緒で、バレンタインデーのチョコレートを作ることを決意する。

授業のない唯たち3年生は、全員で約束して朝から部室に遊びに来る。普段と変わらないゆっくりとした時間を過ごす中で、学校でやり残したことの話になって・・・

ついに軽音部3年生の4人は卒業式を迎える。当日全員で待ち合わせして登校しようと約束するが、時間になっても唯が来ない。律が唯の携帯電話にメールすると・・・。

梓は唯たちが作った去年の新入生勧誘ビデオを偶然見つける。そのビデオは、恥ずかしさのあまり澪がお菓子の缶に入れて封印していたもの。それを見た軽音部のメンバーは、新たにビデオを撮ろうとするが・・・。

受験も終わり、授業がない3年生たちだが、軽音部の部室にきてお茶をしていた。唯は、大事なものが届くと言ってなにやら落ち着かない様子。そんな時、部室にやってきたのは・・・。

夏休み、唯たちは早くも卒業旅行の計画を立てる。しかし、梓はニューヨーク、澪はイギリス、律はハワイと、行きたいところはバラバラ。とりあえず皆でパスポートを作りに行くことに。