NARUTO-ナルト- 疾風伝　守護忍十二士編

サスケ奪還失敗より数日後、奇妙な悪夢がナルトを襲う。目覚めた後も不思議な余韻に捕らわれるナルト。次の日、図書館を訪れたサクラは、人間関係についての本を読み漁るサイに遭遇。皆に馴染もうとする努力を見て取り、カカシの見舞いにサイを誘う。病院を訪れたナルト達だが、そこでカカシはナルトにある提案をする。

待ちに待ったカカシとの修業に入るナルト。｢螺旋丸を超える、ナルトだけのオリジナル忍術｣を開発する為、病床にてカカシが編み出したとっておきの修業方法とは。そのための強力な助っ人の登場にテンションがあがるナルトは、更に新術開発に必要になる己の｢チャクラの性質｣を調べる事になるが……・。

自分のチャクラが｢風｣の性質を持つ事を知り、修業に熱が入るナルト。しかしなかなか進まない状況に業を煮やしたナルトは、同じ｢風｣のチャクラを持つアスマにコツを聴きに行く事に。一方その頃、国境付近の村で起きた襲撃事件についての報告を受けた綱手。敵が“暁”である可能性を考慮し、調査開始を命ずる。

カカシ班に命じられたのは火の寺で頻発している｢墓荒らし事件｣の解決だった。犯人の狙いは火の寺周辺にある｢四つの隠し墓｣に葬られた忍の遺体ではないかと睨むヤマト。早速、隠し墓の周辺で火の寺の僧・地陸と待ち合わせる事になるが、乗り気ではないナルトは、こっそりと一人修業に励むうち仲間達とはぐれてしまう。

火の寺にて待機するカカシ班に、地陸は隠し墓の主が火の国大名の直属組織｢守護忍十二士｣である事、そして、かつて地陸とアスマも組織に属していた事を明かす。驚く仲間たちは更に、守護忍十二士たちがかつて起こした事件について知る事になる。一方、ナルトは寺の僧達とソラの間に漂う微妙な空気に疑問を抱く。

最後の隠し墓が暴かれたとの連絡を受け、急ぎ柩の行方を追うナルト達。しかしそれはナルト達を呼び込むための敵の罠だった。柩を強奪するのみならず、戦闘に持ち込もうとする敵の真意を測りかねるヤマトだが、有無を言わさず戦闘が開始される。

敵の｢土地寄せの術｣によって分断されたナルト達。個々を襲う刺客との戦闘を余儀なくされるが、圧倒的に地の利がある敵に苦戦を強いられてしまう。打ち込まれたマーカーにより動きを読まれたサイは、サクラを庇ってその身に毒を受ける。一方その頃、ナルトは最低三つの属性を持つくノ一・フウカに追い詰められていた。

隠し墓を襲った謎の男、フリドとの戦闘になだれ込むソラ。ソラの人並みならぬ力を賞賛するフリドは、自分がソラの父の旧知であることをにおわせて姿を消してしまう。一方、全ての属性を操り、致命傷を受けてなお立ち上がるフウカに絶体絶命の危機に追い込まれるナルト。そこに駆けつける助っ人とは…。

しばし戦列に戻れないサイの代わりを理由にソラを臨時のカカシ班員として迎え入れる事を決めたヤマト。気乗りしないナルトだが、ソラの面倒を丸ごと押し付けられてしまうことに。次々とトラブルを起こし、挙句の果てにキバやチョウジまで巻き込んでの乱闘騒ぎにもつれ込んだソラを止めたのは意外な人物だった。

ひょんな事からアスマに修業を見てもらう事になるナルトとソラ。アスマの鉄拳指導の下、二人は風の属性修業に没頭していく。木ノ葉での生活に安らぎを見出しつつあるソラだったが……。一方、地陸からの手紙を受け取る綱手。そこにはソラが十年前に起こした事件の詳細がしたためてあった。

雨隠れの忍との密会という、不審行動をとるダンゾウを拘束する綱手。しかし、密会の相手は木ノ葉の草であった。情報によると墓荒らしの四人組の狙いはソラであるらしい。一方、アスマこそが父の仇であるという確信を得て、憎悪に駆られるソラはフリドの導きのままに一度は心を許しかけた、木ノ葉へと刃を向けてしまう。

遂にフリド達による木ノ葉襲撃が幕を開ける。警戒態勢に入る木ノ葉だが、フリド勢の防御結界により、住人全員が里内に閉じ込められる事態に。混乱の中、逃亡を図るソラに追いつくナルトとアスマ。怒りを爆発させるソラの言葉にアスマは、里に迫りつつある大きな危険に気づくのだった。

最悪の事態を阻止すべく、発電施設に向うアスマ。そこで目にしたのは蘇生忍術により再び生を得た、墓を暴かれた守護忍十二士達の姿だった。フリドの目的は雷遁四人衆の術で里を焼き尽くす事だったのだ。アスマは駆けつけたサクラとヤマトを雷遁四人衆の阻止に向わせ、その場に残った元十二士のキタネとの戦闘に突入する。

フリドの狙いが玉である火影抹殺のみならず、木ノ葉の里の徹底殲滅である事を知り、絶句するソラ。フリドを止めようとするが、圧倒的な力量差で押さえ込まれてしまう。そのころ里のいたるところでは忍達の死闘が繰り広げられていた。混乱を極める騒乱の中、刻一刻と木ノ葉に雷夢雷人の危機が迫る。

木ノ葉殲滅まであとわずかという危機の中、アスマはキタネを止める為、力を振り絞る。｢結局、玉とは何だったのか｣キタネの問いに対するアスマの答えは……。一方その頃、ナルトは全属性を駆使するフウカの不可思議な術に劣勢を強いられていた。そして同じ頃、フリドに捕らわれたソラの体に起こり始めたある異変とは！？

ソラの元に辿り着いたナルトとアスマが目にしたのは、禍々しいチャクラに全身を覆われた、変わり果てたソラの姿だった。ソラの中には十年前ナルトの中に封印し切れなかった、九尾のチャクラが植えつけられていたのだ。信じたものに裏切られ続けた絶望の中で、ソラは自暴自棄な破壊衝動に身を任せてしまう。

フリドの正体は死んだはずの守護忍十二士のクーデター首謀者、カズマだった。アスマは己の義をかけ、十年の時を超え、再びフリドと対決する。一方、暴走し始めるソラを押さえ込もうとするナルトだが…そこで誰も予想しなかった最悪の事態、ソラとナルトの二つの九尾による、チャクラの共鳴現象が起こってしまう。

九尾を抑えつつ、懸命にソラの心を呼び戻そうとするナルト。一方、フリドとアスマの戦いも決着の時を迎えていた。玉とは、義とは、親子とは……壮絶なる戦いを繰り広げた元守護忍十二士がたどり着く結論とは。だがその頃、遠く離れた地では｢二尾｣狩りを開始する“暁”の二人、飛段と角都の姿があった。