無責任艦長タイラー

20歳の青年、ジャスティン・ウエキ・タイラー。彼は「楽がしたいから」と惑星連合宇宙軍に入隊した。一方、敵対する神聖ラアルゴン帝国では、16歳の少女・アザリンが新皇帝になっていた。

年金課に配属となったタイラーは、支給漏れになっていた宇宙軍の英雄ハナー元提督に年金を届けに行くことに。しかしラアルゴン帝国スパイの人質事件に巻き込まれてしまい…。

人質救出の功績で少佐に昇進したタイラーは、駆逐艦「そよかぜ」の艦長として赴任。そしてタイラーは宇宙軍の規律も無視して勝手に船を発進させてしまう。その頃艦内では乗組員同士の戦争が勃発！？

艦内で反乱状態が続く「そよかぜ」はひょんなことからワープし、ラアルゴン偵察艦隊と急接近してしまう。戦っても敵わないと考えたタイラーは、いきなり降伏してしまい敵艦長にプレゼントまで渡して…。

偶然ラアルゴン偵察艦隊を撃破した「そよかぜ」に、上層部からハルミという看護兵が送り込まれてきた。彼女の美しさに艦内の男たちは上を下への大騒ぎになる。しかし、ハルミには人には言えない秘密があった…。

タイラーの無責任ぶりに呆れ果てたミフネとフジは、タイラー抹殺計画を実行する。それは、敵艦隊と共に「そよかぜ」も弾道ミサイルで一掃しようというもの。早速二人は、仕掛けを施した勲章をタイラーに授与するが。

今や巨大なゴミ溜めと化した「そよかぜ」。大掃除と24時間の規律厳守を賭けた腕相撲に勝ったユリコのおかげで、艦は見違えるようにピカピカになった。だが、目の前にはドムが率いる敵巡洋艦が迫って。

ドムからの指令で、タイラー暗殺に躍起になっているハルミ。一方、フジもタイラーを亡き者にせんと航行先に刺客を送る。しかし、そんなことをまったく知らない「そよかぜ」乗組員一同はミスコンテストで大いに盛り上がり…。

ついに左遷命令が下った「そよかぜ」。下命後48時間以内に行えば有効な、命令変更申請のため、タイラーはユリコ、ハルミと共に最寄りの惑星へ向かう。しかし、そこで偶然出会ったハナー元提督とタイラーが話し込んでしまい…。

左遷という事態にもかかわらず、日々の訓練を欠かさないコジロー。そんな彼の影響か、ユミとエミが戦闘機に乗りたいと言い出すが…。

左遷空域に航行する「そよかぜ」。規律を保ち、1日も早い左遷解除を上層部に求めようとするユリコ。だが、乗組員はこの時とばかりに羽根を伸ばして、やりたい放題。

「そよかぜ」の左遷で昔の艦長が自ら命を絶った時刻、午後11時59分59秒。この時刻に艦長の亡霊が現れるという噂が流れ、ついに11時59分59秒がやってきて…。

左遷の解除に大喜びの「そよかぜ」乗組員。だが、タイラーはすべてに勝るラアルゴン帝国と再び戦うことが憂うつで仕方がなかった。その頃、復讐に燃えるドナンの艦隊が、刻々と「そよかぜ」に迫っていた…。

またラアルゴン艦隊をやっつけた功労に、勲章を授かる事となったタイラー。だが、ドナンの猛攻を受け、修理中の「そよかぜ」は航行もおぼつかない。しかたなく空母「鳳凰」に向かうタイラーだったが…。

タイラーを捕獲するための病原菌散布を実行するハルミ。クルーの大半が病原菌に侵されてしまう。そして、ワクチンとタイラーを交換要求するシアハスだったが…。

捕虜となったタイラーは偶然牢獄を抜け出す。そしてまた偶然に厨房へ盗み食いにきたアザリンと遭遇し、彼女の思い出の世界を知る事に。翌日、アザリンは皇帝としてタイラーのペット化を宣言！ここにパコパコの誕生である。

愛玩用洗脳手術を施されたパコパコ（タイラー）はすっかりふぬけ状態に。一方「そよかぜ」乗組員は病原菌の拡散防止で連合宇宙軍に監禁されてしまう。タイラーの身を案する乗組員たちは脱出劇を展開するが！

「そよかぜ」は連合宇宙軍の追撃をふり切り、更にラアルゴン艦隊に奇襲を掛ける。奇襲を逃れ安全な場所に避難したアザリンとタイラー。アザリンはタイラーに自分の気持ちを打ち明けようとするが、彼女を暗殺しようとワングが暗殺を実行するが…。

瀕死のタイラーの手術は成功したが、意識が戻らない。危険だがタイラーの洗脳を解くため、彼の意識の中に別の意識を送り込むことに。ユリコとアザリンがタイラーの中に危険なダイブを試みる！

無事生還したタイラーを祝い、「そよかぜ」では盛大な全快祝いが開催される。その後、タイラーのいる艦長室には女性クルーが次々と訪れては彼に思いを告げるのが…。

捕虜となったアザリンはタイラーとずっと一緒にいる為に、彼の子供を妊娠していると告げ艦内は大騒ぎに。そして乗組員たちは赤ん坊が男の子か女の子かで乱闘にまで発展して。そんなとき、皇帝救出に現れたドム艦隊に包囲され…。

軍紀を乱し、敵皇帝を勝手に釈放した罪でタイラーの銃殺刑が決まってしまう。何とかタイラーを救い出そうとする乗組員たち。その頃、アザリンは連合宇宙軍への総攻撃を発令する！！

敵の総攻撃で銃殺刑から一転、連合宇宙軍の指揮官となったタイラー。敵ラアルゴンの皇帝アザリンもこれを知ることに。そして、皇帝アザリンの腹心であるドムがラアルゴン艦隊を率いて連合宇宙軍に迫る！！

凱旋したタイラーたちに、ロベルト・J・ハナー元提督の死が伝えられ彼らは大きなショックを受ける。乗組員たちが葬式に参列するなか、ハナー元提督を弔うためにアザリンとドムも秘かに参列。しかし、タイラーの姿だけが…。

タイラー艦長と乗組員の分断を狙い、ユリコに地上勤務の指令が下る。一方、駆逐艦「そよかぜ」から巡洋艦「あそ」への移動が決まったタイラーは、ユリコに軍を去る事を告げて…。

タイラーの「皆の好きな様に」との言葉を伝えるため乗組員たちの元へと戻るユリコ。そして1ヶ月後、除隊したタイラーに代わり巡洋艦「あそ」の艦長に就いたヤマモトは、各々の道を歩む元乗組員たちを招集する。しかし、進水式当日、発進したのは何と！？