ばくおん!!

丘乃上女子高等学校の新学期。長い坂道を登り切ったところに建つ校舎の前で、佐倉羽音はバイクに乗った天野恩紗と出会う。バイク通学ＯＫだから丘乃上女子を選んだという恩紗は、放課後さっそくバイク部へと羽音を誘う。そこにはフルフェイスのメットをかぶった川崎来夢が一人待っていた。バイクの魅力を尋ねる羽音を、来夢先輩はカワサキZX-12Rに乗せて走り出す。エンジン音、震動、風の強さ……。羽音の心が動き始める。

少女時代の鈴乃木凜。大好きな父親が語る、カタナ1135Rの魅力。そのバイクを買うためには、カタナに対する熱い思いが込められた作文が必要なのだという。少女の凜は思いを込めて作文を書く……。ついに免許をとって、父の思い出のスズキGSX400S KATANAで登校した彼女に興味津々な、バイク部の羽音と恩紗だったが…。そしてバイク部に新たな入部希望者、三ノ輪聖がやってくる。

ついに免許を取った羽音。どんなバイクを買おうか考え、中古車情報誌を見ていると、ある中古バイクショップが目にとまる。その名前は「ニコイチモータース」。「その店はやめといたほうが……」と恩紗は言うが、ダメならほかの店にすればいいし、という凜に押し切られ、３人はニコイチモータースへ向かう。羽音は運命のバイクに出会うことができるのだろうか。バイクを買ったあとに待っているのは、楽しいツーリング!?

夏休み、プールサイドの羽音、恩紗、凜の間で泊まりがけのツーリングの話が盛り上がる。聖も交えて羽音の家で会議を開く４人。候補にあがるのは北の大地・北海道。そこで語られる凜の北海道の思い出。夜遅くまで話し込み、羽音たちは北海道行きを決める。かくして波乱ばかりの北海道ツーリング旅行が幕を開け、なぜか長時間の過酷なレース「キャノンボール」が始まることに!?

ついにやってきた北の大地・北海道。テントで目覚めた朝、聖の「ワルの皆さんはどれほどのスピードを出したことが？」の一言から、スピード自慢がスタート！触発された凜は一人になって自らの最高速へチャレンジする。唸るカタナのエンジン。だが、その前にキタキツネの親子が飛び出して……。そんなこんなで旅は日本の最北端・宗谷岬へ。そこに海を見てたそがれる女性がひとり。その女性がなんと突然バイクで海にダイブして!?

文化祭が近づいてきた。「我々バイク部は、レースを行うこととする！」と宣言する恩紗。みんなでレースを盛り上げる方法を考えているさなか、校長のたづ子は来夢先輩を呼び出して新車を自慢していた。それをきっかけに、かつて来夢先輩とオートレースに出かけた日の思い出を語り出すたづ子……。数日後、聖はレースに向けて「バイクの改造」を提案する。レースに向けてそれぞれが考える「改造」とは!?

聖がレースを盛り上げるために計画していたのはなんと「賭けレース」。そして校長のたづ子もある思惑があって許可していた……。文化祭当日、バイクスーツならぬメイド服でレースの宣伝にいそしむ羽音たち。その甲斐あって大盛り上がりのレースがいよいよスタート！真っ先に飛び出したのは来夢先輩のカワサキエプシロン。だが、その直後に来夢先輩がまさかの転倒!?

バイク部で唯一まだ無免許の聖。誕生日に向けて、部室前で恩紗による特訓が始まる。使うバイクは、ニコイチモータースから早川が買い取ったスーパーカブ。だが練習はなかなかうまく進まない。一向に上達せず、ついにキレた聖はスレッジハンマーを持ち出して……!?そしてついにやってくる冬休み。クリスマスは羽音の家でパーティー、お正月は初日の出を見にツーリング…と寒さも気にせず？バイク三昧！

受験シーズン到来！丘乃上女子を受験にきた由女と友達の中野千雨。校内では案内係のバイク部が、口バイクで受験生へのアピールにいそしんでいた。実はポケバイレーサーという千雨は有望な後輩かと思われたが、何故かバイク部には興味のない様子……。春は出会いの季節であり、別れの季節でもある。3年生である来夢先輩のため、羽音たちは来夢先輩がいなくてもしっかりやれることを証明し、送り出そうとするのだが……。

ゲームセンターで由女と遊んでいた千雨は、バイク型のゲーム機に挑戦する。ところが脚が届かず、本物のバイクとも違う動きに大クラッシュ！偶然出くわした羽音、恩紗、凜が次々挑戦するのを見て、千雨もリベンジに挑むが……。後日、新部長となった恩紗は、千雨をバイク部にスカウトすべく自分たちのバイクへの試乗会を企画する。自分はサーキットでしか乗らないと言い張る千雨。実は彼女には「公道では乗らない理由」があった。

ある日、恩紗が急に倒れてしまう。一緒にいた自分が原因なのではないかと不安になる凜。担任の猿山は、恩紗は原因不明の奇病で、お見舞いも控えるように、と言う。「私から何かうつったなら、私がその奇病にかかってるってことじゃない。でも、私は病気じゃない！」。意を決して恩紗の家を訪れた凜は驚くべき光景を目にする！一方、路上では今日も自転車乗りとバイク乗りの暗闘が繰り広げられていた。果たしてその結末は……。

スーフォアをコカし、タンクを傷つけてしまった羽音。恩紗の店に持ち込んで修理をしてもらおうとしたところ、失敗してさらにタンクがボロボロに。その時、羽音は思わぬ再会を果たす……。やっぱりバイクがなければ世界は回らない。恩紗たちとバイク通学途中にそんな話をした翌朝、羽音が目覚めると、なんと世界からバイクが消えてしまっていた！その時、彼女が出す結論とは!?