勇者王ガオガイガー

8年前の北海道、雪の夜、天海夫妻は謎のメカライオンから赤ん坊を託された。時は流れて2005年、東京湾の埋立地に突如として巨大ロボットが出現し新都市に向けて侵攻を開始。図らずも事件に巻き込まれる小学生・天海護。そのとき、メカライオン・ギャレオンが！

瀕死の重傷を負った獅子王凱。GGGは、未完成のフュージョンプログラムがもたらした結果に愕然とする。一方、帰宅した護は、ガオガイガーと巨大ロボットEI-02の戦いの中で発揮された自分の未知の能力に戸惑う。そんなとき、悪玉レスラーを核にしたEI-03が街に現れる。

護は、GGGベイタワー基地で検査を受けるがその能力の謎は解けない。だが、サイボーグとしての機能不全に苦しむ凱と出会ったとき、護は凱の持つGストーンと共鳴し凱を救うのだった。回復した凱はガオガイガーとして出陣。市街地への被害を防ぐため、新兵器が投入される。

敵ロボットの中心核から人間を救ってきた護。だが、GGGはその核のゾンダーを逃がしてしまう。その頃、護の父の勤める宇宙開発公団はスペースシャトルの打ち上げを控えていた。護の不安が的中。打ち上げられたシャトルには、ゾンダーが潜んでいた。

2体のAIがビーグルマシンに搭載され「氷竜」と「炎竜」と名づけられた。だが、GSライドの制御不全でビーグルロボ形態になれない。そんな折、ゾンダーロボEI-06が出現。ゾンダー出現の予知能力を持つ護だが、遊びに夢中で感知できず、ガイガーの出撃が遅れてしまう。

すぐにケンカをするため同調率が上がらず、シンメトリカルドッキングができない氷竜と炎竜。ケンカをしたまま出撃してしまう。敵の狙いは、ゾンダーロボEI-07の爆発にガオガイガーを巻き込み葬り去ること。後に引けず必殺技を繰り出すガオガイガー。そのとき氷竜と炎竜は！

地球を機界昇華するため、地球人のゾンダー化を続けるゾンダリアン。今度は、300系の新幹線で電磁波を撒き散らし、いったんは凱もやられてしまう。だが、電磁波対策のミラーコーティングを施した氷竜・炎竜とともに再出撃。新幹線を見事捕獲したかに見えたが……。

巨大な雲状のゾンダーロボEI-09によって、関東地方一帯から太陽が消えた。折りしも気球大会が行われており、華たちが乗った気球がEI-09に吸収されてしまったから護はたまらない。人質救出とロボ退治の作戦が遂行されるが、凱はゾンダーの中で奇妙なものを見る。

GGGは、ゾンダーが発生させる素粒子Z0を感知するZセンサーを開発。同じ頃、街には暴走バイクが出現していた。Zセンサーを持って調査に向かった火麻たちは、ソンダー化した暴走バイクと遭遇したものの逃げられてしまう。GGG機動部隊も捕獲に乗り出すが……。

最新型深海探査艇が進水式の最中にゾンダーと融合、ゾンダーロボEI-11になってしまった。その体内には、式典に参加していた護と華が。深海1万メートルに向かってどんどん潜っていくEI-11。水圧対策としてGGGは、湾曲空間フィールドを利用することを思いつく。

獅子王麗雄博士とスワンは、巨大粒子加速器イゾルデの実験主任になった博士のかつての教え子・野崎を訪ねる。だが、野崎はゾンダー化しており博士たちを拉致。博士救出に向かった凱、氷竜、炎竜、ボルフォックは、ゾンダー機界四天王と対面する。

イゾルデで入手したゾンダーメタル。GGGは、ゾンダーメタルがGストーンの力に守られた勇者たち以外のあらゆる機械と融合し、人間をゾンダーロボに変えることを知る。凱たちは、今後のために敵味方の戦力分析する。その頃、ゾンダリアンも地球攻略作戦を練っていた。

2年前、地球に飛来し、凱の命を救い、内部に秘められた超テクノロジーでGGGに貢献することになったメカライオン・ギャレオン。ギャレオンを“カインの遺産”と呼ぶ四天王ポロネズは、ギャレオンをおびき出すために沖縄の海洋遊園地で遊ぶ護を狙う。

四天王ピッツァは、不思議な力を持つ護の排除作戦を実行。遠足で箱根を訪ねた護を電磁波をかく乱する霧の中に閉じ込め、ゾンダー化した兵士の操る兵器で襲ったのだ。SOSを発信できない護。だが、密かに護衛についていたボルフォッグが数々の特殊能力で護を守りきる。

猿頭寺とコンピュータシステム開発主任の座を競って破れた犬吠崎が、ゾンダー化してGGGベイタワー基地のコンピュータに侵入。メンテナンス中だった凱、氷竜、炎竜は出撃できなくなってしまう。主動力炉も暴走。絶体絶命の危機に、護とボルフォッグが立ち向かう。

有名大学や予備校が爆破される事件が相次いで発生。GGGは、巨大な列車砲によるものであることを突き止める。必殺技ヘルアンドヘブンの使いすぎで体がボロボロの凱に代わり、標的となった東大を守り抜く超竜神。凱は、傷をおして列車砲撃破に向かうが……。

ゾンダーロボEI-17でガオガイガーを大阪におびき出したプリマーラは、ディバイディングドライバーで作られた空間湾曲フィールドを利用。ヘルアンドヘブンを発したガオガイガーを、湾曲空間ポッドに閉じ込めてしまった。ガオガイガーの危機に、アメリカから新兵器が届く。

ヘルアンドヘブンの使いすぎで、凱の体は限界に達しつつあった。そんなとき、宇宙開発公団の職員たちが、マイクロサイズのゾンダーに支配されてしまう。GGGベイタワー基地から公団のエリアに移動していた命も、ゾンダーの支配を受け、凱に敵意をむき出しにする。

罠にはまり、地上の太陽とも言うべき高エネルギー体・グランド・ノヴァに呑み込まれてしまったガオガイガー。グランド・ノヴァの正体は、ゾンダーメタルプラントだった。GGGは、総力をあげてガオガイガー救出作戦を展開する。そして、ついに新たなGツールが発動する。

新Gツール・ゴルディオンハンマーの想像を絶するパワーは、ガオガイガーにもダメージを与えていた。一方、ペンチノンは、不思議な力を持つ護を排除すべく護の小学校を外界から切り離してしまった。GGGと連絡のとれないまま、護たちは必死でゾンダーに抵抗する。

ゴルディオンハンマーの反動に耐えられる右腕となるべく、新たな勇者ロボ・ゴルディーマーグの開発を進めるGGG。その頃、重力を操るゾンダーロボが出現。GGGベイタワー基地に接近し、人々ばかりか勇者ロボたちまでも重力で縛り付けられてしまう。

米軍基地でのイベントの最中、爆撃機と融合したゾンダーロボEI-21が現れた。遊びに来ていたあやめと華がその体内に閉じ込められてしまったため、激しい爆撃を浴びても、勇者ロボたちはうかつに手出しができない。ガオガイガーは、ブロークンマグナムを破壊されてしまう。

NASAから獅子王麗雄博士の兄・雷牙博士が、新型ロボットとともにやって来た。だが、日本に着いたとき、コンテナの中にいるはずのロボットはどこかに消えていた。その頃、ラジロボ全国大会に参加中の護は、妙にファンキーなロボットと友達になる。

新型ロボット・マイクは、持ち前の人懐こさで勇者ロボたちともすぐに打ち解けた。そんな昼の顔とはうらはらに、深夜、マイクはGGGの戦闘記録を人知れずコピーしていく。そんなある夜、遊園地のピカピカパレードを楽しむ護たちをピッツァが襲った。

雷牙博士たちの帰国の日が来た。だが、護たちと別れたくないマイクは輸送機から脱走して戻ってきてしまう。そんな折、2体のゾンダーロボが、勇者たちの血液とも言うべきGリキッドを超音波攻撃で蒸発させる連携攻撃に出る。苦戦する勇者ロボたちに代わり、マイクが突進する。

ゾンダーメタルはあと1枚。そこで、ポロネズたちは新たな計画に着手し、ピッツァはGGGの目をそらす陽動作戦に出た。海で遊ぶ護の同級生たちをゾンダーロボEI-25が襲い、並列空間へ飲み込んでいく。並列空間はどこにあるのか、ボルフォッグの機転が解決の糸口を開くが……。

ゾンダリアンの最終計画が実行に移された。ポロネズとプリマーダは自らゾンダーロボとなり、東京中心部を複合バリア・コントラフォールで封印。1千万人都民が人質になってしまう。突入作戦を試みる勇者ロボたちに、ゾンダーロボとなったピッツァとペンチノンが襲い掛かる。

コントラフォールに覆われた首都・東京は、ゾンダーメタルプラントと化していた。ポロネズとプリマーダを攻撃し、コントラフォールを消滅させたガオガイガー。ついに機界四天王と勇者ロボたちの壮絶な戦いが始まった。

封印を解かれたマイクのディスクXが放つソリタリーウェーブにより、ゾンダーメタルが砕かれていく。平和の兆しと思えたが、不安を感じ地下へ下りた護はパスダーに捕らえられてしまう。護を助けに向かった凱の前に、一命をとりとめたピッツァが立ちはだかる。

パスダーの正体は、凱と因縁深いEI-01だった。東京中の電力をエネルギーに攻撃するEI-01。EI-01のエネルギーは、勇者ロボたちのGSライドのエネルギーを消滅させるものだった。大河長官は、ついに弾丸Xの使用を決意する。それは、勇者ロボたちにとっても危険なものだった。

ゾンダリアンとの戦いが終わり、地球には平和が戻ったかに見えた。が、突如、巨大な物体が飛来し、GGGベイタワー基地は破壊されてしまった。ガオガイガーも歯が立たない。そこへ、謎の白い超弩級戦艦ジェイアークが現れる。

ジェイアークが変形した巨大ロボット・キングジェイダーから現れた戒道は、敵のコアを浄解して去って行く。新たな敵・機界31原種の襲撃を知った凱と護は、衛星軌道上に新たに建設されたGGGの新しい基地・オービットベースに向かう。

地球に落下した原種核は28個。戦いが地球規模になろうというのに、勇者ロボたちのAIは戦いの痛手から眠ったまま。そんな時、行方不明だった戒道が現れ、護をジェイアークへ連れて行く。そこには、ソルダートJとしてジェイアークを指揮し原種に戦いを挑むピッツァがいた。

戒道たちの目的は、ゾンダークリスタルの収集だった。護は、アルマとして覚醒した戒道に「君の記憶は封印されている」と言われて動揺する。北極海では、ガオガイガーが巨脚原種ZX-04を相手に苦戦中だ。そこへ、ついに目覚めた勇者ロボたちが駆けつける。

氷竜と炎竜は、新型ビーグルロボ・風龍と雷龍の指導のため中国に向かった。そこに万里の長城と融合した脊髄原種ZX-05が出現。戦闘が始まるが、風龍と雷龍が人命より戦闘を優先させたため、多くの観光客が原種に連れ去られてしまう。一方、大河長官は天海夫妻を訪ねる。

自分たちをかばって傷ついた氷竜と炎竜の行為を、どう理解すべきか悩む風龍と雷龍。脊髄原種ZX-05は、地中のマントルエネルギーを吸い上げて上空のオービットベースを攻撃しようとしていた。勇者ロボたちは、二手に分かれてこれに応戦する。

GGGは、戒道が護同様に拾われた子供だったことを調べ上げていた。大河長官は、かつて天海夫妻が護とともに授かったGストーンのペンダントを護に与える。このペンダントと護が、ギャレオンのブラックボックスから新たな情報を引き出すのではと予測し、実験を試みるが……。

シャトルと融合した頭脳原種ZX-06が、アステロイドベルトと直結するESウィンドウを出現させ、小惑星を地上に落下させる作戦に出た。必死に防衛する勇者ロボたち。戦いの最中、ZX-06は凱に精神攻撃を仕掛け、謎の少女がこれを救う。護も、新たな力を発揮しようとしていた。

機界31原種の中でも最強の7原種が、原種艦隊となってオービットベースを包囲してきた。原種核の奪回とGGGの殲滅が目的。原種たちは、それぞれの特殊能力をもってオービットベースに侵入し激戦を繰り広げる。そこへ、腕原種と因縁を持つソルダートJが乗り込んでくる。

護の放つパワーに圧倒され、原種たちはメインオーダールームから撤退するが、動力炉のゾンダーメタルプラント化に着手。護は、原種艦隊の中に華たちの気配を感じ、救出に向かう。そこで護は、待ち構えていた腸原種から自分がカインの子・ラティオであることを聞かされる。

原種艦隊に対し艦隊戦を挑むGGGに、ソルダートJもジェイアークで協力する。ジェイライダーが再生能力を持つ肝臓原種を倒し、護が浄解すると、残った原種たちは巨大な合体原種となって襲ってきた。合体原種が繰り出す集中攻撃に苦戦する凱を、再び謎の少女が救う。

ZX-06との戦いの際、巨大隕石とともにESウィンドウの向こう側へ姿を消した超竜神が、6500万年前の地層から発掘された。その頃、ガオガイガーとキングジェイダーは、原種の罠に落ち動けなくなってしまう。エジプトとメキシコにも原種が現れ、風龍と雷龍は分かれて戦うことに。

護の祈りが通じたのか、超竜神が復活した。シンメトリカルアウトすると、氷竜はエジプトの雷龍のもとへ、炎竜はメキシコの風龍のもとへ向かう。未知のエネルギー“ザ・パワー”を得た氷竜と炎竜は、雷龍、風龍と新たな合体ロボット、幻竜神と強龍神となって合体原種に挑む。

浄解モードの護を見てしまった華に「宇宙人なの？」と問いかけられ、思い悩む護。その頃、テレビ局のプロデューサーがゾンダー化して全世界の電波をかく乱し始める。電波攻撃と人質を前に、勇者ロボたち苦戦。護は、両親の暖かい励ましを受け、戦うことを決意する。

地球がゾンダーロボの電波に翻弄されている間に、原種たちは、既に木星で最終計画を発動させていた。木星圏からジェイアークで脱出してきた戒道とともに、GGGは木星へ向かうが、原種たちの罠にはまりクラインスペースに閉じ込められてしまう。

翼原種の攻撃で命を落とした獅子王麗雄博士。麗雄を追って木星に引き込まれていくガオガイガー。意識を失いかけた凱を、ギャレオンの中に息づいていたカインの人格コピーが呼び戻す。ザ・パワーを味方に付けたガオガイガー、そして勇者ロボたちの反撃が始まったが……。

ザ・パワーの力でクリスタルから再生し、原種たちは全原種融合体ＺマスターとなってGGGに襲いくる。スサノオとイザナギを撃沈され、マイク部隊も壊滅状態。ザ・パワーのエネルギーの流れに乗ってＺマスター内部に入り込む作戦に全てを懸けることに。

マスタープログラムは護に浄解され、全宇宙のゾンダーは活動を停止した。GGG艦隊も地球に帰還し、人々は平和を享受していた。だが、突如、オービッドベースの医務室で休息をとっていた命が異形の機界新種となり、基地内のエネルギーを吸収。地上へ降り立つ。

3年前のEI-01落下時に機界種子を植えつけられたことからゾヌーダに変貌した命。地球を物質昇華させるべく動き出したゾヌーダに触れ、勇者ロボたちは動けない。GGG隊員たちは、勇者たちのAIとGSライドをガオーマシンに搭載し発進させる。凱は命を浄解に導けるのか!?