機動新世紀ガンダムＸ

宇宙革命軍と地球連邦軍の戦争から15年。戦災孤児のガロード・ランは、謎の紳士ライク・アントから依頼を受け、ティファ・アディールという少女を奪還した。だがティファがアントを見て怯え出したため、ガロードは彼女を連れて離脱。ティファの導きで旧連邦地下工場に逃げ込んだガロードは、「ガンダムX」を発見する！

ガンダムエアマスターとガンダムレオパルドに苦戦するガンダムXは、ティファを盾にして逃亡に成功。その頃、ガンダムXの登場を察知した情報屋は、あらゆるバルチャーにその情報を売りつけ、ガンダムXが高く売れることを触れ回っていた。そのため、穏やかな夜を過ごしていたガロードはモビルスーツに取り囲まれて…。

サテライトキャノンにより死んでいった人々の感情を感応したティファは、精神的なダメージを受け昏倒してしまう。そんな中、ガロードはジャミルに捕らわれ、彼女は船医のテクスに預けられる。その頃、アルタネイティヴ社にシャギアという男が現われた。一方、フリーデンにはオルバと名乗るモビルアーマー乗りが現われ…。

ティファの容態が急変した。それが彼女の病室に忍び込んだオルバの仕業だと知らないジャミルは、ティファを治療するために充分な医療施設のあるアルタネイティヴ社への奇襲を決定する。だがジャミルがティファに固執する理由を知らないクルーは、懐疑的にならざるを得なかった。そこでジャミルは自らの過去を告白する…。

ガンダムヴァサーゴとアルタネイティヴ社のモビルスーツに強襲され、フリーデンは交戦状態に突入した。その間にティファがアルタネイティヴ社に連れ込まれ、出撃するガンダムX。そんな時、巨大モビルアーマー、グランディーネが現れ、攻撃を仕掛けてきた。ガロードはジャミルの指示でサテライトキャノンを発射して…。

「ザコット一味」を率いるバルチャーのザコットが、フリーの女モビルスーツ乗り、エニルにガンダムXの情報を持ちかけた。その動きをまだ察知していないフリーデンは、旧連邦の工場跡地を目指していた。そんな中、ジャミルに想いを寄せていたサラは、ジャミルがティファばかりを心配していることに嫉妬して…。

動力炉から撤退すべくサテライトキャノンを発射したガロード。その発射のせいで、負傷したジャミルは昏睡状態に陥ってしまう。そのことをクルーたちに責められ、さらにサラとの関係でナーバスになっていたティファからは接触を拒まれてしまうガロード。帰る場所を失ったガロードは、ガンダムXで飛び出してしまい…。

炎の時計部隊の攻撃から、フロスト兄弟の輸送機のお陰で逃げることに成功したウィッツ。彼は戦力不足のフリーデンに呼び出されたロアビィと偶然合流し、共にジャミルが回復するまでの用心棒として雇われる。一方、ガロードの部屋を訪れたエニルは、彼に警戒され追い出されてしまう。そのことを逆恨みしたエニルは…。

エニルや炎の時計部隊、フロスト兄弟に攻撃され窮地に立たされていたフリーデン。そこへガロードが急行して戦線に復帰する。それをチャンスと見た艦長代行のサラは、炎の攻撃から身を守るために湖へとフリーデンを移動させた。湖に移動することで新たな危機が待ち受けると察知したティファは、移動を止めようとするが…。

ニュータイプを保護するため、ティファの描いた絵画を頼りにフリーデンはフォートセバーン市を目指していた。そんな中、ティファはニュータイプの能力でカリスを感じ、カリスも同様にティファを感知していた。ニュータイプの能力で人々を幸せに導こうと考えるカリスは、ティファを奪取しようとベルティゴで出撃する！

ガンダムXのサテライトキャノンをベルティゴに破壊され、エアマスターとレオパルドも危機に陥っていた。彼らを救うためにフリーデンを降りたティファは、カリスに連れ去られてしまう。エアマスターとレオパルドが迎撃に向かう中、ニュータイプの存在に拘るあまり自信喪失していたガロードは、ジャミルに連れられて…。

フォートセバーン市の市長ノモアと面会していたエニルは、彼が旧革命軍のドーラッド博士だと見抜き、カリスを誕生させたことを聞き出す。ティファを救うべく、フォートセバーン市に潜入していたガロードは、物陰でそれを聞いていた。そしてガロードはティファのいる部屋に向かい、そこにいたカリスに真相を告げるが…。

エニルとノモアに追いつめられたガロードだったが、コクピット恐怖症を克服したジャミルのXディバイダーに助けられた。一方、ノモアに不信感を抱いたカリスは、彼の心を読み、自分がノモアの道具でしかないことを悟る。そして自分の罪を省みたカリスは、すべての決着をつけるために再度ベルティゴへと乗り込み…。

ガロードに撃たれてしまったカリスだったが、なんとか一命をとりとめた。だが、ニュータイプが搭乗しない限り起動しない巨大なモビルアーマーのパトゥーリアを起動させるため、エニルによって連れ去られてしまうカリス。そして、奪還したカリスをパトゥーリアのシステムに組み込んだノモアは、人類への復讐を始めて…。

ウィッツとロアビィは、フリーデンから休暇をとった。母が嫌うモビルスーツに乗る職業だと、再会した母に知られてしまったウィッツ。そして、母が自分に内緒で再婚していたことを知ったウィッツは、母との対立の末に家を飛び出してしまう。一方、各地に残した恋人たちと再会していたロアビィ。彼が最後に訪れた先は…。

ティファの絵からニュータイプがいると思われる海岸に向かったガロードたち。ロアビィが海水浴を思い付き、一同はしばしの休息を楽しむことに。その時、突然ティファが許可なくボートを出し、彼らの目の前で沖へと向かってしまった。そんな彼女を救出に向かったガロードたちの前に、海賊オルクのドーザ一味が現れて…。

サテライトシステムのガイドレーザーを目撃したガロードとティファ。それにより、その地点にニュータイプの手がかりとガンダムXの存在を確信したジャミルは、進路を太平洋上にとらせた。一方、ドーザ一味は生きたイルカの脳と神経を組み込んだ特殊なレーダーシステム「Dナビ」のため、イルカたちの捕獲に乗り出すが…。

オルクのマーカス一味と共に向かった「ローレライの海」で、フラッシュシステム用のビットモビルスーツと女性を収めた謎のシステムを引き上げたフロスト兄弟。一方、そのシステムに封印されていた女性の意志を感じたティファは、ジャミルにローレライの海へ向かうよう話す。だが、マーカス一味がそこに待ち受けていて…。

ティファと意識を同調させた女性は、15年前にジャミルの教官だったニュータイプの士官ルチル・リリアントだった。だが、ルチルは電子機器を狂わせるLシステムに組み込まれていた。そのことを彼女自身の口から聞き、「もう2度と利用されたくない」という想いを受け取ったジャミルは、Lシステムを奪還しようして…。

太平洋上にあるセインズアイランドに寄港したフリーデン。立ち寄ったブティックでエニルと出逢ったトニヤは、互いに正体を知らぬまま意気投合してしまう。入国管理官の青年マイルズとの結婚にイマイチ気乗りしないことをトニヤに話すエニル。そんな中、トニヤがフリーデンのクルーであることを知ってしまったエニルは…。

フロスト兄弟の直属の上司アイムザット・カートラルは、人工島ゾンダーエプタで開発を進めていた新型のガンダムと、ニュータイプが地球連邦軍の再建に不可欠と考えていた。一方、フリーデンは難破した漁船を海上に発見し、漁師たちを保護していた。実は彼らはカトック・アルザミールが指揮する特殊部隊の隊員で…。

人工島ゾンダーエプタで新たなガンダムを目撃したエニル。証拠隠滅のためにフロスト兄弟に追撃されたエニルは、フリーデンによって保護された。そして、彼女からゾンダーエプタで新たなガンダムを発見したことを聞き出したジャミルたちは、エスペランサの飛行記録からゾンダーエプタの位置を割り出して…。

アイムザットのフリーデン捕獲作戦によって、武装解除を余儀なくされたフリーデンのクルーたちは、ゾンダーエプタに連行された。そして収監されたガロードたちは、ジャミルがクルーとの別れ際に発した言葉を頼りに脱走を成功させる。そんな中、ティファとジャミルを助けようと考えたガロードは単独行動を始めて…。

ジャミルとティファを乗せた輸送船に潜入したガロードとカトックは、格納庫で新型ガンダムであるダブルエックスを発見。狙撃部隊に狙われる中、カトックはガロードをダブルエックスに乗せようとするが、そこにはGコンがなく窮地に陥ってしまう。そんな時、Gコンを保管室から持ち出したジャミルとティファが現れるが…。

新連邦政府樹立後、新連邦軍は世界の統一のために各地で紛争を展開。そんな中、アジアの小国エスタルドに到着したフリーデンは、同盟国と共に新連邦と戦おうとしていたエスタルド軍のリー将軍から援助を受ける。その傍ら、彼はフリーデンに戦闘への参加を強く要望する。最初は態度を保留していたジャミルたちだったが…。

エスタルドでは先の作戦の成功でフリーデンの活躍を称えた。だがそうしたしがらみや、徹底抗戦派のリー将軍と和平派のグラント議長の対立に辟易したロアビィは戦う意味を見失ってしまう。一方、ガロードを身近に感じられなくなったティファと、エニルが黙ってフリーデンを出て行ったことにショックを感じたトニヤは…。

同盟国のガスタールが新連邦軍と和平条約を結んだため、エスタルドは混乱に陥っていた。慌てた首脳陣は会議を開き、ウイリスの側近であるルクスの判断で降伏を決断する。だが、プライドの高いリー将軍はそれを潔しとせず、民族の誇りにかけて徹底抗戦を貫くと、有志を募って旧式モビルスーツで出撃してしまい…。

エスタルドが全面降伏したことで、国外へ脱出するフリーデンは、ウイリス王子を国外逃亡させるために同乗させた。だが国境付近の橋にさしかかったところで、フロスト兄弟たちに挟まれ、窮地に陥るガロードたち。さらに、ウイリスの亡命を知ったガスタール軍も現れ、ガロードがサテライトキャノンの使用を迷っていると…。

ジャミルの決定でニュータイプ研究所を目指すフリーデン。しかしティファは、ガロードが自分から離れてしまったような感覚に陥って能力を発揮できず、場所を特定できない。その頃、フロスト兄弟はニュータイプ研究所でも有能力者と認められたアベル・バウアーを呼び寄せた。だが、アベルはまだ覚醒しておらず…。

ニュータイプ研究所のカロン所長にフリーデンが近づいていることを伝えたシャギアは、その捕獲のために所内へ引き入れてほしいと頼む。一方、参謀本部に出向いたオルバは、研究所が敵対していると思わせることに成功する。そして、口実を得たフロスト兄弟と新連邦軍の攻撃により、研究所は撃滅されてしまい…。

新宇宙革命軍のニコラに連れ去られたティファ。フリーデンのクルーたちはティファ奪還の策を練るが、成す術なく途方に暮れてしまう。そこへエニルが現れ、新革命軍が乗っ取った新連邦軍の宇宙軍基地の存在を明らかにする。そしてエニルの案内で基地に到着したジャミルたちは、ダブルエックスを餌に乗船を許可させるが…。

革命軍の本拠地「クラウド9」に連れて行かれたティファを追うため、宇宙に出たガロード。そのシャトルから脱出したガロードだったが、革命軍の元ニュータイプであるランスロー・ダーウェルが指揮するモビルスーツ隊に追撃されてしまう。初の無重力戦闘のせいで、苦戦するガロード。だが、そこにGファルコンが現れて…。

ランスローとの戦いで重傷を負ったガロードは、Gファルコンのパイロットであるパーラ・シスに助けられた。彼女は新革命軍に抵抗する反政府組織「サテリコン」のメンバーで、そのアジトである小惑星にガロードを運び込む。一方、帰還したニコラたちを歓迎するパレードの最中、サテリコンはテロを仕かけるが…。

無人ステーションに退避したガロードは、そこでパーラからダリア作戦について教えられた。それはコロニーレーザーを使い、地球に奇襲攻撃を仕かけるという作戦だった。ティファをその作戦に同行させようと考えるザイデル。そして始まった作戦。そこへ、ダブルエックスのサテライトキャノンを発射したガロードは…。

ようやくティファを取り戻し、地球に帰還しようとしていたガロードたちの前に、新連邦軍が現れた。彼らはジャミルたちを捕らえたことを伝え、ガロードたちに投降を了承させる。そして、新連邦軍の総司令ブラッドマンに引き合わされるガロードとティファ。だが、その頃、ジャミルたちは処刑されようとしていて…。

新連邦軍を脱出したガロードたちは、ティファにナビゲートしてもらい、ジャミルたちと再会を果たした。その頃、ブラッドマンと対面していたフロスト兄弟は、アイムザットや同胞を殺したことを自ら打ち明け、それもすべてブラッドマンに未来を託すためだったと告白した。しかし、それは忠誠心を装ったもので…。

新革命軍のザイデルは、戦争に勝利するには月のD.O.M.E.に接触するしかないと考え、旗艦で出撃した。そのザイデルの動きを察知した新連邦軍のブラッドマンもついに出撃し、状況は更に悪化していく。その最中、ガロードを護れる力を欲していたティファが突然倒れ、昏睡状態の意識でD.O.M.Eと接触して…。

D.O.M.E.の防御システムに手間取る新革命軍に追いついた新連邦軍は、彼らと月の争奪戦を始めた。そんな中、ダブルエックスで出撃したガロードとティファは一番最初にD.O.M.Eへと辿り着く。そしてティファは、ザイデル、ブラッドマン、ランスロー、フリーデンのクルーたちをD.O.M.Eに招き入れて…。

ファーストニュータイプによって不思議な空間にいざなわれ、D.O.M.Eの意志と接触したガロードたち。そこで、彼らは「ニュータイプ」など存在しないということを知ってしまう…。そんな中、世界を再び滅ぼそうとするフロスト兄弟。それに対して過ちを繰り返させまいとするガロードは、最期の戦いに挑む！