聖痕のクェイサーⅡ

行方不明のハイエンシェント・サーキット「雷のマグダラ」。このサーキットの行方を探るべく新たに華とパートナーとなったサーシャは、私立女子校「翠玲学園」へと女装して潜入する。華の手引きにより、女生徒のソーマを調べ始めるサーシャ。だがソロリティの会長、瀬田深雪がサーシャに疑いを抱き、決闘を申し込む…。

決闘に敗れた深雪は、ソーマを吸われた罪悪感から幼馴染の天乃翼を避けるようになる。だが翼はそれが自分のせいではないかと思いこみ、二人の想いはすれ違い始める。一方、アトス同様にアデプトもまた学園へ12使徒を潜入させていた。ジータが仕組んだ決闘により、翼の隠された能力が発現。サーシャがついに敗れる…!!

翼に目をつけたサーシャと華だが、時既に遅く汪震により翼を捕らえられてしまった。翼について調査を始めたサーシャたちの前に、怒りに燃えるジータが立ち塞がる。能力を過信するジータはサーシャの敵ではなかったが、クラフトをも操る汪震により追い込まれてしまう。だが、そのピンチを救ったのは意外な人物だった…！

華を救出するために新たな奴隷、あやめを従えて電脳空間へダイブするカーチャ。そんな一方、汪震は翼にウィッチクラフトのサーキットを刻み込み、着実に我がものにしようとしていた。ついに起動する雷のマグダラ。しかし翼の祖父、天乃晴之から全てを知らされていた深雪は、翼を守るために託された力を使用して…。

シルバーナイトに姿を変えた深雪は、ウィッチクラフトとなった翼に立ち向かう。一方、サーシャに、ユーリは総主教会議からの通達と神罰執行部隊＜メテオラ＞の派遣を伝える。サーシャはシルバーナイトと化した深雪と、汪震に操られる雷のマグダラの戦いに介入するが、双方の圧倒的な力を思い知らされることとなる…。

窮地に追い込まれたサーシャの前に現れたのは、かつての大切な人だった。まふゆの持つ「剣のマリア」の力は今でも失われておらず、生神女となりその力を制御しようと修行していたのだった。剣のマリアの加護を得たサーシャと、雷のマグダラを手中にした汪震との、熾烈な最終決戦が今始まろうとしていた…!?

クェイサーの能力を封じられ、アトスの捕虜となったジータ。自分がここにいることの意味に苦悩するジータに、マダム・リリィが救いの手を差し伸べる。脅威の的中率を誇るマダム・リリィの占いや、燈たちの献身的な姿を目の当たりにしたジータは、自分たちが戦っていた相手の真の姿に次々と衝撃を受けることとなる…。

聖ミハイロフ学園へ戻ってきたサーシャとまふゆたちは、安息の日々に身を置くこととなる。だが、対立組織のメンバーが校内にいることに対し苛立ちを募らせるサーシャとジータ。そんな二人に今までと違う戦いを伝授される。それはボウリング。占いの館に設けられたレーン上でアトスとアデプトの雌雄を決する時がきた…!?

年に一度の大イベント、「聖ミハイロフ学園創立祭」。そんな中、まふゆはサーシャがジータからソーマを吸う場面を目撃してしまう。ニプロックの影響を無くすためとはいえ、他の人のソーマを吸うサーシャを見て動揺してしまうまふゆ。そして迎えた創立祭当日。悶々としたままのまふゆはサーシャに誘われ秘宝館へ入るが…。

クェイサーが元素を操るために女性から得る聖なるエネルギー「聖乳＜ソーマ＞」。その神聖なる儀式に対し、サーシャは少しずつ敬意を払わなくなりつつあった。ビッグマムはそんなサーシャに対してソーマ断ちを命じる。一方、貧乳に悩む乙女たちは、周りの巨乳に負けじと一致団結し、未来を信じて豊乳を目指して…。

一人の男が、全てのおっぱいを我が物にするために立ち上げた組織『万国乳房研究会』こと、万乳研。だが、その組織は官警と一人の少女の手によって壊滅させられてしまった。そして出所した彼は、必要とする声に後押しされ、新たな門出をこの温泉で迎えることとなる。『宇宙乳房研究会』こと、宇乳研の誕生である…!!

ハイエンシェント・サーキットの一つ「黄昏のノア」の所在を知るこことなったサーシャ。そんな中、サーキットの所在を突き止めたメテオラもミハイロフ学園に、その兵力を動かそうとしていた。メテオラのクロフォードに対峙するユーリ神父。一方、ミハイロフ学園に潜入していたメテオラの一員は毒牙をまふゆへと向ける…！