科学忍者隊ガッチャマンⅡ

忍者隊の活躍によって敗れ去った総裁Ｘは、染色体に異常のあった一人の子供を誘拐し急成長させ、新首領ゲルサドラとして就任させた。

迫り来る武神像の攻撃に、謎の人影が忍者隊の危機を救う。ホークゲッツは羽根手裏剣によって倒され、健たちの脳裏にジョーの記憶が甦る。

ギャラクターの基地建設計画を警告するテープがＩＳＯへと届けられる。ジョーの声に酷似したテープの情報をもとに、フランジェルスへと向かう忍者隊。

デラ砂漠の地下に建設中であったギャラクターの秘密基地が事故によって爆発。その影響から、近隣の都市で大地震が発生してしまう。

約３５０００年前に絶滅した原人が現代に蘇り、密林の地フルギニアの村を壊滅させる。村へ調査に向かった忍者隊は、そこで以前知り合った移民の家族、藤堂一家の幼い息子が生き残っているのを発見する。

地中海のロード島南方海上で航空機や船舶の消息不明事故が続発した。この海域には無人島が点在し、その中心にはイジプート財団によりピラミッドパワー・システムの実用化を目指して着工されたピラミッド都市があった。

総裁Ｘは、急速に成長し人間を襲う宇宙植物レッダーを開発。だが、その最終実験の途中、隊員のミスで種を一つ紛失してしまう。

観測衛星の連続消失事件の真相を探るため、天体観測衛星に乗り込んだジュンと甚平。だが、突如現われた黒い巨大移動要塞に観測衛星は捕獲されてしまった。

忍者隊は北極海にギャラクターの基地を発見、ニューゴッドフェニックスで出動する。それを察知したゲルサドラは、忍者隊の進路へ向けミサイルを発射、その勝利を確信し自信満々のゲルサドラに総裁Ｘは、かつての部下ベルクカッツェの姿を重ね、油断は禁物だと忠告する。

南国の島々を突如猛吹雪が襲い、数万の人々が凍死した。近海を偵察中の竜は、潮流でメカが操縦不能に陥り、島の一つに流れ着く。そこで鮫狩りのロッコという老人と出会った竜。

潜水艦の進水式の見学に向かう途中、ジュリアという女性の車に同情した健と甚平。だが港に到着した三人は、ギャラクターのメカカラスの無差別攻撃に巻き込まれ、ジュリアは負傷してしまう。

各国の天文台や気象観測施設が未確認飛行物体に攻撃された。宇宙通信学の科学者が次々と暗殺されるなか、重要人物のカッシング博士も忍者隊の到着が一歩遅く息絶えた。

単身ギャラクター基地へ侵入したジョーは、謎の女キャッシーと出会う。彼女は自らを“ジョーの影”だといい、敵の主力部隊が火山地帯のベスビオ市に移動したと告げる。

異星人のものと思われる宇宙船が地球に飛来、ＩＳＯへコンタクトしてくれる。しかし着陸した宇宙船から現われたのは、ひと月前ギャラクターとの戦闘で戦士したと思われていた防衛軍のボルグ少佐であった。

とある南国の山間に、正体不明の飛行物体が墜落した。調査に向かった竜は、現場の近くに家々が焼け落ち、人々が消えて閑散とした村を発見。そこでユカという少女に出会い、竜は一目ぼれしてしまう。

ギャラクターの脱走兵が極秘ファイルをＩＳＯへと持ち込む。暗号解読のためファイルをオングレー研究所まで輸送することになったジョーだが、それに気付いたギャラクターが車を襲撃する。

海洋実験都市シートランドがギャラクターの巨大メカに襲われる。幸いにも都市の最高責任者シースキー博士は外出中で無事であったが、その娘でジュンの幼馴染ミリーの姿は生存者の中にはなかった。

ロケット基地に格納中の宇宙連絡艇が故障、ジュンと甚平が修理に向かう。だがジュンが目を離した隙に、少女サチコが甚平に銃を突きつけ、安全装置のボタンを離してしまった。

人目を忍び一人バイクで遠出するジョーを怪しんで、後をつける竜。オシア地方の荒野まで追うが、そこでジョーの姿を見失ってしまう。そのとき突如として謎の光が迫り、竜を飲み込んでしまった。

リゾート地の十畳島が一瞬にして海に沈んだ。原因解明のため付近の島を捜索していたジュンは怪我をした女性を発見。だがそれはギャラクターの罠であり、ジュンは捕らわれてしまう。

飛行学校に同窓会に出席のため、会場である同窓生のカールの屋敷にジェット機で向かう健。だがそれは、財閥の総師であるカールが世界征服を企んでいるという情報からの潜入捜査でもあった。

総勢２万人もの人々が突然死亡するという怪事件が発生した。事件発生と同時刻に、放射線が感知された地点へ調査に向かった甚平と竜は、そこでＵＦＯ好きの少年たちに出会う。

北極で地震と磁気嵐が発生し、漁船や調査隊が災害に襲われる。時を同じくして、健は恩師の下村先生が北極点への単独行に挑戦するというニュースを聞き彼を止めようとするが、下村は忠告を聞かず犬ぞりで出発してしまう。

ギャラクターによるソーラーシフターの実験の余波により、オーリー市の全コンピュータが狂い大惨事が発生する。街へと近づいたニューゴッドフェニックスやパイマーも機能に異常をきたし、ジョーの肉体にも変調が現れる。

隕石群が宇宙探査船を破壊しつつ地球へ落下、海底へと沈んだ。忍者隊は隕石の回収に向かうものの、一足早くギャラクターに持ち去られてしまう。行方を追ったジョーはある島で謎の戦闘集団に遭遇するが、実は彼らはＤｒ．ラッフェルに改造されたサイボーグであった。

マントルエネルギー採取工場で事故が発生。調査資料の収集に忙しい南部博士の代わりに、忍者隊は博士の助手になるというパンドラ博士を空港へ出迎えに行く。驚いたことに空港で初対面した博士は美しい女性であった。

マントルエネルギー採取工場での事故調査中、南部が何者かに撃たれる。現地に急行した忍者隊は危篤状態の南部に代わり、秘書のパンドラから指令を受ける。彼女は脳波探知機シンレーダーで、南部を狙う敵の脳波を探知、忍者隊に出動命令を下す。

車で夜道を走行中、謎の女性ライダーに襲われるジョー。女はなぜか羽根手裏剣を持ち、「ジョーを狙う理由は、羽根手裏剣に聞け」という言葉を残し街に消える。一方、国際防衛軍の戦車部隊全滅の報を受け、出動する忍者隊。

ギャラクターは、マグマメーザー光線で大都市を攻撃。ＩＳＯは光線の発射基地が、ヒマラヤＫ３峰の北壁頂上にあることをつきとめる。だが、ブリザードの吹く極寒の断崖を登らねば、そこに辿り着くことが出来ないのであった。

弟の誠治から父親が怪我をしたという連絡を受けた竜は、南部から里帰りを命じられる。故郷へと向かう途中、竜は海底に異常なガスの噴出を発見するが、南部の配慮により家族の下に急ぐ。

イーグル・シャープの大気圏突入機能パワーアップに伴う、耐久テスト飛行を行っていた健。順調にテストは終了、空の散歩を楽しんでいた健であったが、ギャラクターに発見されて撃墜されてしまう。

遺跡発掘隊失踪の調査のため、忍者隊はインディオに変装しアンデスに潜入。情報を持つＩＳＯ情報部員ユパンキに接触を試みるが、健は立ち寄った村で飲み物に混入された科学物質ＢＥＴ２３５を飲み、全ての記憶を損失してしまう。

大地震によりニュージョーク市が壊滅。調査に向かったジョー、ジュン、竜の三人は、大講堂地下に地震を誘発するギャラクターのミサイルを発見。だが突如ミサイルが起動、その衝撃で講堂が崩れ、三人は生き埋めになってしまう。

アマゾン川の氾濫により、地形を変えるほどの大災害が起こる。甚平は河川を調査中、謎のメカの攻撃を受け、川に転落。ピラニアに襲われているところを地元の子供たちに救われる。

ある日ジョーは、カイザーとリックという父子に出会い親しくなる。だが父親のカイザーは、いまこそ平穏に暮らしているが、かつてベルク・カッツェ配下のギャラクター隊員だった。

地底都市のコンビナートが突如爆発、本来検出されるはずのないほど大量の放射能に街が汚染される。調査隊に加わった健は、地底都市計画発案者メリー博士の夫、ホーリン博士と共に地底都市へ向かう。

ラッキー山脈のＩＳＯ秘密研究所に探知機を運ぶ任務を受けた甚平。だがその途中、地震によって谷底へ落ちるピューマの親子を目撃、任務を中断して生き残った子供を助けてしまう。

伝説の竜が住むと言われるドラゴン島近海で漁船が襲われる。島を調査中だったＩＳＯ情報部員が抹殺され、忍者隊が出動。だが、海中からギャラクターの鉄魔竜が現れ、強力な電磁波でニュー・ゴッド・フェニックスを撃退してしまう。

ジブラルタル海峡付近で行われた謎の核実験を調査中、突然の核爆発に襲われる忍者隊。単独行動中のジョーは、ギャラクターを追ってアンダルシアの街へと辿り着くが、彼もまた爆発の衝撃で傷を負っていた。

アグリカの自然動物園では子供たちを招き、動物の意思が読める脳波解読装置の実験が行われていた。だが実験中、南部を狙うギャラクターの工作員が爆弾を仕掛け、動物たちが巻き添えになる。

ソーラーシフター完成目前のギャラクター基地に、本部からメインビーム砲の中枢装置が送られることになっていた。しかし、装置を乗せた地底ロケットが事故により地上に飛び出し、ゲルサドラはアグリカのジャングルへと回収に向かう。

ＩＳＯ本部では国際科学平和賞の授賞式が行われていた。今年の受賞者は、太陽望遠鏡を完備した天文台の建設者リッチマン三世。だが、彼の姿を目撃したパンドラは、その瞬間に言い知れぬ不気味な感覚を覚える。

火星へと接近した無人探索機が何者かの攻撃によって破壊される。時を同じくして、謎の円盤とロボットの大群の襲撃により、地球の宇宙基地は次々と壊滅。円盤は駆けつけたニュー・ゴッド・フェニックスをも攻撃し、その圧倒的な攻撃力により撃墜してしまう。

ギャラクターによるソーラーシフト計画がついに動き始める。南部により解明されたその計画内容は、地球、火星、金星の三ヵ所に建設された基地から特殊ビームを太陽に向けて撃ち、太陽を何処かに移動させるというものであった。

火星基地の破壊に成功したものの、宇宙船が大破し地球帰還が不可能となった健。忍者隊は救出へ向かおうとするが、南部はそれを制止。健は救助隊に任せ、忍者隊は地球のギャラクター基地を探すように指令を下す。

国連軍の海軍第一艦隊司令部が攻撃を受け、ギャラクター基地発見用レーダー開発のために訪れていたアンダーソン長官が重傷を負う。次いでギャラクターは、変身前のＧ１号を抹殺するため、ＩＳＯの若い職員を無差別に狙う。

ソーラーシフト計画の余波により、北極の氷が溶け、巨大氷山がサンブランシティへ向かって漂流する。Ｇタウンは衝突を阻止するために街へと向かうが、侵入したギャラコンが機関室を破壊。

ＩＳＯ本部データ室では、南部の指揮の下、各地の異常気象の状況確認が行われていた。続々と報告される情報の中、大西洋で大地震を計測。発生した巨大な津波が、ＩＳＯ本部へと向かってくる。

これまでの戦闘で健とジョーの素顔を知ったギャラクターは、変身前の彼らを抹殺しようと街に刺客を放つ。夜の街を一人歩いていたジョーは、ギャラコンに襲われ、重傷を負う。

一年前の客船沈没事件で夫と子供を失ったパンドラは、毎夜悪夢にうなされる。そしてゲルサドラもまた、同じ夢に苦しんでいた。総裁Ｘに自らの出生の秘密を明かされたゲルサドラは、独自の調査でパンドラが母であることを知る。

総裁Ｘにより母パンドラを殺されたゲルサドラは、ついに総裁の真意とソーラーシフト計画の全貌を知る。一方、忍者隊もまた怒りと悲しみを押さえつつ、ギャラクター本部の捜索を開始する。

総裁Ｘを裏切ったゲルサドラはギャラクターに追われ不時着。そこで健とジョーに発見され、総裁を倒すために彼らを本部へ案内すると申し出る。だがジョーは健を気絶させ、彼を置いてゲルサドラと共に本部へ向かい、ついに総裁へと迫る。