科学忍者隊ガッチャマンＦ

科学忍者隊の働きによりギャラクターは壊滅し、世界には束の間の平和が訪れていた。しかしエゴボスラー伯爵率いる悪の組織エゴボスラー･ファミリーが、世界征服を狙い活動を開始。圧倒的な武力によって、世界を征服していった。エネルギーの切れつつあるジョーを残し、忍者隊はニューゴッドフェニックスで出動するが…。

鉄獣メカの攻撃によりニューゴッドフェニックスは破壊。エゴボスラー伯爵は総裁Zと手を組み、エゴボスラー･ファミリーはギャラクターへと姿を変えた。一方、ISOの鴨枝師長に救われた忍者隊は、新たなガッチャマン基地へ収容されていた。

驚異的なスピードで勢力を拡大するギャラクターは、アグリカ大陸侵攻作戦の拠点として、荒れ地の村のオアシスを占拠した。忍者隊は村長の助けを受けながら、何とか村に潜入し奪還に成功。次に忍者隊はオアシス爆破を計画していたが、村人の生活用水でもあるため、奪回へと変更する。

前線基地にするために、独立国パーロン島を占領したギャラクター。忍者隊は島の奪還に向かうが、国民を人質に取られ島に近づく事が出来ずにいた。敵に見つからないよう、一人で島に潜入した健だったが、ギャラクターの特殊部隊アイアンコマンドに発見され、崖から海へ突き落とされてしまう。

ギャラクターの攻撃は熾烈を極め、戦火は世界各地に広がっていった。そんな中、忍者隊は救援物資を乗せた国際赤十字の貨物船を、難民の集まる港町カナルまで護衛する。しかし、突如鉄獣メカが海中から現れ、救助船を破壊。そして難民達は軍需工場の奴隷として、ギャラクターに捕らえられてしまった。

ギャラクターを一気に叩くべく、忍者隊は本部であるサタンフォーヘン市へと突入する。襲い来る戦闘機を蹴散らし、エゴボスラーの居城へと迫る忍者隊。しかし彼らの前に総裁Zが姿を現し鉄獣を出現させ…。

ギャラクターは鉄資源を求め、テツアン市へ攻め入った。市長は犠牲者を出さないために無条件降伏をしたものの、その一方で無線機を使い密かに忍者隊へ救援を求めるのだった。だが、ギャラクターに盗聴されていることを懸念した健は、市長の求めを一旦は拒否、密かにテツアン市へと向かった。

ゲルトランドの刑務所から、大量の囚人達が脱走した。ギャラクターはその地に建設されているデーターバンク要塞に近づく囚人達を、容赦なく殺害していく。一方、ギャラクターの作戦データを入手するために要塞へと向かった健とジョーは、その途中で逃亡中の三人の囚人達と出会う。

ギャラクターに荷担し、地球上のどんな物質でも破壊するという物質消滅砲の開発を進めるドール博士。その娘のカレンが、基地を脱走し国防軍キャンプに保護された。父親の行いをやめさせるために説得したというカレンを連れて、忍者隊はヘルプス山脈のギャラクター基地へと向かう。

ギャラクターは奪われたアグリカ侵攻作戦のデーターを奪い返そうと、ガッチャマン基地の場所を探る。だが、ISOの厳密な警備に情報収集はままならず、エゴボスラーは捕らえていた犯罪者ヴィッテンドルフを送り込む。

ギャラクターのアグリカ侵攻作戦の重要機材を乗せた列車･Zプレスが、バブラルタル鉄橋へ向かっていた。上空から列車を破壊しようとする忍者隊であったが、車中に人質の姿を見つけ攻撃出来ず…。

ギャラクターの大部隊が、ついにアグリカ侵攻作戦を開始した。だが、忍者隊も奪い取った作戦データの解読にようやく成功。ギャラクターの目的がマントルエネルギーや鉄鉱石などの、資源基地の占拠であることが判明した。

アグリカに展開するギャラクター部隊と、国連軍との決戦の火蓋が切って落とされた。忍者隊は偽のガッチャスパルタンを敵に撃墜させ、油断している隙にエゴボスラーの潜む司令基地を叩くという作戦を開始。ジョーと竜はギャラクター戦闘員に、残り三人は旅人に変装して別方向からの侵入を試みる。

忍者隊の作戦によって、ギャラクターはアグリカから撤退した。エゴボスラーは本部であるサタンフォーヘンに帰還し、世界各地でも部隊の敗走が始まった。この機を逃さずにギャラクターを潰そうと、単独でサタンフォーヘンの街へ侵入した健は、街で普通の生活を送るギャラクター兵士達の姿に驚く。

忍者隊と国連軍にサタンフォーヘンを破壊されたギャラクターは、世界中から姿を消して廃墟の地下に潜んでいた。総裁Zはエゴボスラーの失態を責め、その関係を対等な協力者から主従関係へと改めさせる。野望達成のため渋々了承するエゴボスラーだが…。

ギャラクターの敗走により、世界は訪れた平和に沸いていた。しかし新天地、地底都市ギャラタウンへの移住を完了したギャラクターは、再び活動を開始。その手始めとして、アイゼン大統領とその娘アベリアを脅迫。彼らが平和外交のために各国首脳に贈るチューリップに仕掛けをし、首脳達の殺害を企てた。

特殊な鉱石から抽出した神経ガスをタンクローリーに詰め、ニュージョークの街に上陸したギャラクター。中心街でガスがばらまかれ、多数の被害者が出てしまった。自分のミスでギャラクターの侵入を許してしまった甚平は、ガスに苦しむ少女に自分の酸素ボンベを与え倒れてしまう。

各国に点在する国連軍の秘密武器庫が、ギャラクターによって相次いで奇襲を受けた。敵は圧倒的な攻撃力により、基地を完膚無きまでに破壊。中でも特殊戦闘機隊のリーダーは“チチリアの鷹”と呼ばれ、国連軍の兵士達に怒られていた。

鉄獣出現の情報を得て、ヘルバレー峡谷へと向かった忍者隊。情報通り現れた鉄獣を倒そうとするが、どこからとなく投げられたブーメランに、健はGフェンサーをはじき飛ばされてしまう。

総裁Zの正体を研究しているスペンサー博士の依頼により、ボギー島の宇宙科学研究所へ総裁Xに関するデータを運ぶ忍者隊。だが自分の正体を探る者の存在を感じた総裁Zは、島の破壊をエゴボスラーに命令する。

両親の墓参りのため、生まれ育ったBC島へと戻ったジョー。そこはかってギャラクターの重要拠点であり、忍者隊の活躍によって平和を取り戻した地でもあった。両親の墓前で偶然、幼馴染みのアンナと再会し、昔話に花を咲かせる二人は…。

かつて総裁Xの部下として、ソーラーシフト計画の一角を担ったマーストラは生きていた。火星基地から人知れず地球宙域へ戻ったマーストラは、資源調査衛星レムリア7号を占処。一方、南海の無人島にギャラクターの部隊が上陸したという情報を得て、忍者隊は島に潜入する。

平和運動家のタンガニア国王は、パレードの途中に子供達に襲われる。健の機転により事なきを得るが、なぜか同じような事件が各所で続発していた。しかも彼らは、事件を何も覚えておらず…。

ギャラクターの輸送機を追い、アグリカ上空を飛ぶガッチャスパルタン。だが敵の攻撃を受け、健のガッチャ1号が堕落してしまった。仲間を探そうとしてジャングルをさまよう健は、シンバという現地の青年と出会い、彼の村で一夜を過ごすことに。

エゴボスラーの秘密を探るため、かつて友人だったというオンケーン侯爵を訪ねた忍者隊。しかし侯爵は直接会って説得し、ギャラクターを解散させようと画策する。

ISOによる宇宙パルス研究を、なぜか異常なまでに恐れる総裁Z。エゴボスラーはカウベラ市の宇宙パルス研究所を破壊するよう命じられるが、街は国連軍が守っておりうかつに手を出す事が出来ない。

サタンフォーヘンから亡命したゼルダという女性が、ギャラクターの追撃を逃れてISOに保護された。彼女は｢悪魔の子エルン。アイン川上流の城。エゴボスラー｣という謎の言葉を残し意識を失う。

コンゴール国のレジスタンスから、忍者隊の元へ密告書が届いた。そこには大統領のザバンダとギャラクターの、ウラン鉱石を巡る癒着が示されていた。

セラリア市のマントルエネルギー工場を強襲したギャラクターであったが、国連軍のフェイザー戦車部隊の攻撃により撤退。マーストラはエゴボスラーから反撃作戦の指揮軍を剥奪し、部下のシャラムを工場へと向かわせた。

マーストラは前回の失敗の汚名を返上しようと、新たな作戦を開始。火星から持ち帰った粘液状生物をニュージョーク市に放し、街の人々を襲わせ始める。

総裁Zの秘密の鍵、宇宙パルスAQ3の研究チームリーダー、スタール博士がギャラクターに誘拐された。更に宇宙エネルギーの研究者達が次々と誘拐され、地底列車でギャラクタウンへと送られようとしていた。

総裁Zの命令により、各地の天文台を次々と破壊するギャラクター。その対策会議中の南部の元へ、鴨枝師長の孫の正一が祖父に会いたいとやってきた。だが、鴨枝は宇宙パルスを分析するパルス集束機を開発中で、会うことは出来ない。

海洋学者ベアリー博士を乗せた観測船が、北極海で海中から突き出た巨大な角に襲われ消息を絶った。船が出港したナルベカ港の調査を開始した竜は、そこで謎の男達に追われるルシーという少女を助ける。

南部長官の元へ、宇宙物理学者のシュバール氏から接触を求める連絡が入った。シュバールの宇宙パルス研究がISOよりも進んでいることを知った南部は、忍者隊にも知らせずに、変装して単独シュバールの元へ向かう。

シュバールの研究レポートを元に、宇宙パルスの解明を進める南部。一方、エゴボスラーもパルスの謎に迫るが、その企てに気づいた総裁Ｚは、自ら計画の内容を明かす。それは宇宙の彼方で製作中の反物質小惑星を、地球にぶつけるというものであった。

宇宙パルスの解明を急ぐため、特殊潜水艇で北極の秘密宇宙観測所へ向かう南部と忍者隊。だが、健だけはGスーツとの同調訓練という名目で、一人基地に残っていた。その航海途上、健の不調の原因に気づいていたジョーは、南部に事情の説明を求める。

度重なるハイパーシュートの使用により、細胞破壊の進行が早まる健の肉体。細胞再生の可能性を探るため、南部とジュンは人体工学研究所へと向かう。研究中の細胞活性装置に健の細胞サンプルを掛けたところ、再生可能と判明。

イベリア地方に総裁Zの出現が確認され、探索に向かう忍者隊。手分けをして基地を探す中、甚兵は怪我をした犬ザクと、その飼い主の少女カミーラに出会う。彼女は遊牧民の娘で、集落がギャラクターに襲われ父親と仲間達が何処かへ連れさられてしまったという。

ギャラクターの攻撃により、破壊された北極の観測所。しかし宇宙パルスの謎を解明するためには、北極圏で観測を続けるしかない。そこで南部の号令により、仮設観測所が建設されることとなった。

総攻撃を掛けるべく、ケンペラー率いる機動艦隊がニュージョークへ迫っていた。忍者隊は市民の避難誘導を開始、甚平は担当のセントマグダラ島に到着。そこで避難を拒否する子供達に出会うが、なんとか避難船へ乗り込ませた。

検査に訪れた健は、廊下で看護婦にぶつかる。だが看護婦はエゴボスラーのスパイで、健に発信物資を付着させていた。健がガッチャマン基地へ戻ったことにより、エゴボスラーはその場所を知ってしまった。

宇宙パルスAQ3の真相に迫るため、自らの敵の手に落ちた南部。エゴボスラーは忍者隊の弱点を聞き出そうと、自白剤を投与。南部は強靭な精神力でたえながらも、過酷な責めに苦しむ。

ついに南部は凶弾に倒れた。粛々たる葬儀が行われる中、エゴボスラーは立体映像によって改めて全世界に宣戦を布告し、基地を爆破した。その非道な行いに悲しみを堪え、打倒ギャラクターの決意を新たにする忍者隊たちは…。

超破壊力を秘めた反物質小惑星が、地球に迫りつつあった。これを阻止するための流星破壊用ミサイルが、忍者隊が厳重に整備する中、宇宙センターから打ち上げられた。だが時を同じくして、ギャラクターの鉄獣がニュージョークの市内を襲撃する。

反物質小惑星は地球到達直前に、健と忍者隊の決死のウルトラハイパーシュートによって破壊された。だがその破片は地球に降り注ぎ、磁気嵐によって異常現象を引き起こしはじめた。天変地異が各国を襲い、都市は壊滅し世界が崩壊していく。

健の細胞崩壊は限界まで進み、もう一度ハイパーシュートを使えば絶滅するという段階にまで達していた。そして命を削ってまで破壊した反物質小惑星よりも更に巨大な惑星が、総裁Zによって地球に近づいている事が判明。

反物質惑星の地球衝突を防ぐため、宇宙へ飛び立つガッチャスパルタン。巨大な惑星の破壊は不可能と判断し、牽引する宇宙トラクターを破壊して、地球への軌道を逸らそうとする。護衛艦の攻撃に苦戦しつつもトラクターを破壊するが、惑星は軌道を変えず地球へと向かい続ける。

ついに総裁Zの機械体内部へと侵入した忍者隊。反物質惑星を操作するＺの本体を破壊すべく、その中枢部を目指す。地球と全ての生命を救うべく、忍者隊は命を懸けた最後の戦いに挑む!