ゴッドマジンガー

ドラゴニア軍の攻撃からムー王国を守るため、若き王女アイラ・ムーは、守護神ゴッドマジンガーの石像に祈りを捧げ、ラグビーに熱中する高校生・火野ヤマトを現代世界から召還する。黄金王ドラドとその配下ブラーの恐竜軍団がいよいよムーに攻め込もうとするその時、ついにヤマトはゴッドマジンガーと一体化した！

ヤマトはアイラの侍女マドマから、ムー王国が味わった悲劇を聞かされる。そこにヤマトの来訪に不信感を抱く四剣士の一人、ゾルバが現れ、剣を抜く。しかし恐竜出現の報が届き、四剣士は偵察に出るが、恐竜に取り囲まれ窮地に陥ってしまう。その頃、ヤマトはすぐには現代に戻れないことに愕然とし、王宮を飛び出してしまった。

宴の夜、ドラド直属の女戦士・シャーマン部隊が、ゴッドマジンガーの神殿に忍び込んだ。慌てて応戦するヤマトをヨナメの妖術が襲う！　シャーマン部隊を辛うじて撃退するが、翌日、ヤマトはアイラから昨夜の襲撃の目的がアイラの父・ユウラが隠した秘宝「光宿しもの」にもあったのだと知らされる……。

ムーの兵士達はヤマトとラグビーに興じていた。だが、ブラー率いる恐竜軍団が南の城門へ襲撃をしかけてきたため、ヤマト達は防戦に出る。しかし、さらなる大部隊が北の城門より総攻撃をかけようとしていた。ヤマトはゴッドマジンガーと一体化、これに立ち向かうが、その様子をドラゴニアの王子エルドと側近のミヨトが見つめていた……。

国民への責務に気が急くばかりのアイラは、戦いが無いからとブラブラしているヤマトと喧嘩してしまう。その頃、ドラゴニアのエルドは、ヤマトがいなければゴッドマジンガーは動かないことを知り、奇襲作戦を仕掛けて神殿前でヤマトを待つ。計略は失敗するがエルドはその場にいたマドマを人質に取り、ヤマトに戦えと迫る……。

占術の結果からブラーは「光宿しもの」を求めて、凶暴な石喰い竜を連れムーの西の砦に攻め入る。一方「光宿しもの」を求めてマドマと共に砦に向かったアイラは、その途上でエルドと偶然出会ってしまう。ゴッドマジンガーは応戦するが、石喰い竜が「封じの石」を外してしまった。するとそこから巨大な火柱が立ち上り……。

西の砦の噴火をゴッドマジンガーと共に抑えたヤマトは倒れてしまう。そして神殿からゴッドマジンガーの姿が消えた。ゴッドマジンガーはヤマトの危機を救うため、彼の妹・カオルを現代から呼び寄せたのだ。なんとか回復したヤマトは、東の太陽の門でマジンガーと再会した。だが、そこにシャーマン部隊が襲い掛かる！

マジンガーが神殿を去ったのは「光宿しもの」が王宮の外にあるからと察し、アイラらは離宮の探索に出向く。だが、そこに巨大な首長竜を率いたブラーの攻撃が！　ヤマトらは離宮に急行しようとするが、シャーマン部隊に阻まれてしまう。離宮にはマジンガーが出現したもののヤマトがいないため、首長竜のなすがままに……。

エルドはヨナメと結託しブラーを更迭、代わりに「竜作りの洞窟」の責任者に収まる。一方、ヤマトとノローは遊牧民に化けてブラーに近づき、恐竜工場の入り口を聞き出し洞窟への侵入を図る。しかし、エルドに発見され対決を迫られるヤマト。だが、その時、洞窟は崩壊を始めてしまう……！

恐竜工場の跡地から敵の本陣・ドラゴニア城へと通じる坑道を見つけたヤマト達は、王ドラドの居室に忍び込む。そこでヤマト達が耳にしたのは、「光宿しもの」に秘められた恐るべき力の秘密だった。ヤマトは洞窟を脱出、マジンガーと共にブラーの操る恐竜と対決する。だが、その時、ブラーの背後に人影が……！

王宮に忍び込んだヨナメは、アイラを誘拐した。ヤマト達は幽閉されたアイラを助けようとするが、ゴッドマジンガーは「ムーのために行ってはならない」と出動を拒む。その頃、ドラゴニア城ではエルドがアイラを自分のものとするため、牢から連れ出そうとしていた。単身乗り込むヤマト、続く四剣士達とエルドの戦いが始まる！

ヤマトは夢の記憶を元に、ある模様をスケッチする。それを見たマドマは王宮の噴水の底面の紋様にそっくりだと気がついた。ムーの古代文字を読む能力が身についていたヤマトは、神殿の壁面と古文書に書かれた文字から「光宿しもの」の在処を記す手がかりのことを知る。だが、その時、エルドの乗る翼竜がムーの王宮に……！

エルドは「光宿しもの」の手がかりとなる石盤の半分を隠した。そのことに怒ったドラドはエルドを牢に入れ、ついに自ら移動要塞でムー王国に乗り込んで、恐竜軍団による総攻撃を仕掛ける。街も王宮も完膚なきまでに破壊されてしまうが、その最中、ノローは残る石盤の半分を崩れた壁の中に見つけ出した……。

いまや王宮はドラゴニアに占拠され、ムーの人々は流浪の民となった。ヤマトは神殿に埋もれたマジンガーの消息を確認するため、アイラ、カオルと共に王宮に潜入する。マジンガーの姿はなかったが、レリーフから彼の声が聞こえ、三人は異世界に送り出される。そこはドラドが「光宿しもの」を手に入れた後の未来の世界だった！

王宮を追われたムーの人々は、西の砦を目指す。しかし、そこにはすでにヨナメ率いるシャーマン部隊が待ち構えていた。ヤマトと剣士達は夜襲をかけ、砦を奪還しようするが、ヨナメは恐竜軍団を繰り出し、ムーの人々を制圧しようとする。万事休すと思われたその時、ゴッドマジンガーが現れた！

砦の地下神殿でおびただしい数の石盤と、それを収める装置を発見したヤマト達。装置のくぼみに石盤をはめ込んでみるが何事も起こらない。アイラはギロン達に失われた石盤のレプリカを作らせるが、やはり結果は芳しくない。老臣ムラジは本物の石盤を求め、ドラドによって宙吊りの刑に処されているエルドを訪ねるが……。

新たに作った石盤のレプリカのおかげで、謎の装置は奇岩島のイメージを浮き上がらせた。エルド達の消息を聞いたヤマトらは現地カムール島へ船出。その秘密基地ではエルドが巨大ロボットを建造していた……。ヤマト達はドラゴニア軍と交戦するがこれを撃退。しかし一行の前には装置が映し出した奇岩島があった……。

奇岩島に赴くヤマト達。絶壁を登ると山頂にはムーの紋章をかたどった大きな穴が開いており、中は空洞になっていることを発見する。洞窟から内部に入った彼らは、そこにもムーの紋章を発見するが、その時、翼竜に乗ったヨナメ率いるシャーマン部隊の激しい攻撃が！　ヤマトはマジンガーもろとも、湖の底に墜ちていく……。

無理を押して再びマジンガーで湖底に降りるヤマトだが、怪物に遭遇。なんとかこれを退治し紋章の扉を開こうとしたが、体力は限界を超え、引き返さざるを得なかった。ヤマトの身を案じたアイラ達は、一旦砦まで戻ろうとするが、またしてもヨナメ達の襲撃が！　しかもヤマトには立ち向かうだけの力は残されていない……。

死の予兆に怯えるドラドは再び移動要塞に乗り、エルドの秘密基地を急襲した。一方、砦に向かうヤマト達をシャーマン部隊が襲撃、ヤマトもゴッドマジンガーでドラドの要塞との対決を迫られる。そして、ヨナメはついに石盤のある洞窟に到達。ゾルバの剣がヨナメを貫いたものの石盤は奪われ、ついにドラドに渡ってしまう……。

奪われた石盤を取り返すため、ヤマト達はドラゴニア城に潜入した。ドラドと剣を交えるヤマトだが、その力に屈し囚われてしまう。一方、エルドはこの期に乗じてドラドの持つ片割れも奪い、ついに石盤を両方とも入手してしまう。ヤマトは現れたゴッドマジンガーに救われ、移動要塞を粉砕。巨大化したドラドと最後の戦いを始める。

石盤を入手し、ついに玉座についたエルド。ヤマトはゴッドマジンガーで乗り込むが、エルドは巨大ロボットで応戦、その剣がマジンガーを貫いた！　ヤマトの死を知らされ彼への想いを自覚するアイラだが、そこにエルドが現れ、自分の妃になれと迫る。頑なに拒むアイラの祈りは再びマジンガーとヤマトを蘇らせたが……。

ついにヤマトは倒れ、ゴッドマジンガーも姿を消した。エルドは奇岩島に現れたピラミッドに入り石盤をセットすると、古のムーの祖先のホログラムが出現。「光宿しもの」である黄金の腕輪を差し出した……。ついにエルドはアイラとの婚儀を取り計らうが、その頃、ヤマトはマジンガーの命で蘇ろうとしていた……。