乙女ゲームの破滅フラグしかない悪役令嬢に転生してしまった…Ｘ

公爵令嬢カタリナ・クラエスは、自らに降りかかる「破滅フラグ」を見事回避して、学園生活を満喫していた。そんなある日、学園祭が開催されることを知ったカタリナは気合充分。準備に追われるジオルドたち生徒会と別れ、どんな物を食べようかと考えるのだった。

生徒会が主催する演劇で、役者の一人が怪我をしてしまい、急遽代役を探すことになってしまう。開演までの時間が刻一刻と迫る中、ソフィアたっての希望で代役を引き受けることになったカタリナ。どこかで聞いたことがあるような内容の台本を受け取り、彼女は舞台に上がるのだった。

舞踏会に向かう途中、何者かに誘拐されてしまったカタリナ。自分が誘拐されたことに実感が沸かず状況を飲み込めていない彼女は、部屋を訪れた犯人に自分が誘拐された理由を聞くも、はぐらかされてしまう。一方、犯人からの脅迫文を受け取ったジオルドは、カタリナを救出すべく調査を開始するのだった。

カタリナ・クラエス誘拐事件の裏で暗躍していたのは、思いも寄らない人物だった。真犯人から聞かされる事件の真相に驚くカタリナ。しかし、彼女の明るさに心を揺り動かされた犯人は、次第に自分のことについて語り始める。そんな中、カタリナは犯人にある提案をするのだった。

カタリナ・クラエス誘拐事件の解決から一夜明け、王宮では第一王子ジェフリー・スティアートが、婚約者であるスザンナ・ランドールに自分の弟たちの素晴らしさについて熱弁していた。時を同じくして生徒会室で仕事に追われるジオルドとアランは、兄と過ごした幼いころをしみじみと思い返すのだった。

ジオルドの熱烈なアプローチにたじたじのカタリナ。前世でも恋愛経験のなかった彼女は、どうしたらいいかわからずにいた。そんな中、王家の別荘への招待状を受け取ったカタリナは、気持ちの整理がつかないまま、別荘を訪れることに。しかしそこには、「幽霊が出る」という曰く付きの森があるのだった。

魔法省で働くラファエル・ウォルトは、見学に訪れたカタリナたちと再会する。一同はラーナ主導の元、古物商から手に入れたという魔法道具の実験を行うことに。『夢が叶うドールハウス』と名付けられたボロボロのドールハウスを前にカタリナは、固く閉ざされていた玄関の扉を開けてしまうのだった。

ニコルは、かねてより相談されていたお見合いを受けることを決める。応募者たちとお見合いを進めていくニコルだったが、カタリナのことを思い浮かべてしまい、縁談は中々まとまらずにいた。そんなある日、妹のソフィアから気分転換にとロマンス小説を勧められるのだった。

ジオルドの事を意識してしまい、戸惑うカタリナ。次の日、実家に戻った彼女は気分転換のため農作業に勤しんでいた。作業を終えたカタリナは立派になった農園を見せようとキースの部屋を訪れる。しかしキースは、部屋に居らず、残されていた手紙には「家を出ます」と記されていたのだった。

キースを探すため、ラーナの協力を得て旅に出たカタリナたち。キースが失踪したのが自分せいだと思っているカタリナは、訪れた街でキースの手がかりを必死に探すも、有力な情報は得られずにいた。そんな中、囚われてしまったキースは、残してきた姉の身を案じるのだった。

キースが誘拐されたと知らされたカタリナは、キースを助け出すため、アレクサンダーが指し示す屋敷へと向かう。マリアが強い闇の魔力を感知する中、屋敷内へ入り込んだ一同。厳重な警備を掻い潜り隠し部屋へとたどり着いたカタリナは、手足を縛られ横たわるキースの姿を見つけるのだった。

ついに今日、カタリナ・クラエスは魔法学園を卒業する。2年間の学園生活を振り返りながら、大切な仲間たちとの会話に花を咲かせるカタリナは、式後に王宮で開かれるパーティーへと参加する。そこでジオルドを始めとしたカタリナに想いを寄せるメンバーからの思い思いの告白を受けるのだった。

目標もなく夢中になれるものが無かったジオルド。義理の兄弟から「化け物」と呼ばれ虐げられていたキース。異母姉妹から嫌がらせを受け、中庭が唯一の居場所だったメアリ。兄のジオルドと比べられ、劣等感に苛まれ続けていたアラン。「呪われた子」と忌み嫌われ本の中に閉じこもっていたソフィア。最愛の家族への一方的な同情に辟易し、本音を抑え込んでいたニコル。彼らはカタリナと出会い、何を感じ、どの様に変化していったの…