終末のハーレム＜無修正Ver.＞

2040年、難病の細胞硬化症に罹り、コールドスリープすることになった医学生・水原怜人は幼馴染・橘絵理沙と再会を約束し、長い眠りにつく。だが5年後、目覚めると世界は一変していた。MKウイルスによって99.9%の男性が死滅していたのだ。ウイルスへの抵抗力を持つ怜人は、絵理沙に瓜二つの担当官・周防美来からある依頼をされる。それは人類の存続のため、残された女性たちとメイティング（子作り）することだった…！

かわるがわる美女を抱き、憧れの美人女優ともメイティングできる…。最初に目覚めたナンバーズ・火野恭司は、この世界を心ゆくまで楽しんでいた。一方、怜人はメイティングの猶予を与えられる代わりに、美来からある条件を突きつけられる。それは、専属のボディガードとナースと毎夜、一緒のベッドで寝ることだった！　それでも絵理沙への想いを貫く怜人。だが、シャワー中に裸の女性が現れ、強引に迫られてしまう。

3人目のナンバーズ・土井翔太のかつての高校生活は散々なものだった。不良たちに目を付けられ、いじめられる毎日。あげく、怜人たちと同じ細胞硬化症に罹り学校を去ることになってしまう。しかし5年後、コールドスリープから目覚めた翔太は、担当官・神谷花蓮のプロデュースによって高校生活をやり直すことに。待っていたのは、魅力的な女子生徒に囲まれた甘美かつ刺激的な青春…そして、かつて憧れた担任教師・羽生柚希だった。

柚希と逢瀬を重ね、その魅力に取りつかれていく翔太。その一方で、水泳の授業中に熱っぽい視線を浴びたり、たまたま裸を見てしまったり、とクラスメイトを意識することも増えていく。そんな中、花蓮からあるお願いが。女子寮の空調が壊れた為、翔太の部屋に交代でクラスメイトを泊めて欲しいというのだ。最初にやってきたのは一条奈都。彼女は一人では着替えすらできず、誰かと一緒でないと眠れないという浮世離れしたお嬢様で…。

ワクチン開発が思うように進まない怜人。さらにメイティングを避けてきたことで美来が更迭、新たな担当官として片桐麗亜と黒田マリアがやってくる。2人を加え、慶門市へ向かう怜人たち。道中、研究者でもあるマリアにMKウイルス人工説をぶつけると、慶門市にはその手掛かりとなる重要人物がいると明かされる。期待に胸を膨らませ、怜人が旅館の温泉に入っていると、そこに女性陣がやってきて彼女たちの体を洗うことに…!?

谷口から日本初のMKウイルス感染者であった夫について聞き出せるかと思われた矢先、谷口の容態が急変したことで調査が行き詰まってしまう。しかし、彼女から預かった写真立てが絵理沙の残したスマートリングと反応。データを確認すると、それはMKウイルスの作成法に関する論文だった…。一方、日々にマンネリを感じ始めた火野。刺激を求め、新たなメイティング候補を探すのだが…彼が惹かれたのは怜人の妹・まひるだった！

この学園は全て、翔太様のために―。あまりに都合のよい状況に、戸惑いを隠せない翔太。そんな翔太をよそに花蓮はプロデュースの手を緩めない。ある日、翔太との相部屋を巡って抽選が行われる。当選したのは翔太が苦手な金髪ギャル・柳律香だった。メイティングを迫られると、トラウマがフラッシュバック。逃げ出した先で待っていたのは、翔太と同じ“痛み”を持つ少女だった。めくるめく快楽の渦が翔太を飲み込もうとしていた…。

転校生として、翔太の前にかつてのクラスメイト・星野汐音が現れた。いじめの現場に遭遇しても無関心だったタレント志望の美女。ナンバーズと繋がればタレントへの道が開ける―そんな打算的な彼女に翔太は“交換条件”を与える。それは、汐音が見ているなか翔太がいじめを受けた場所―屋上でのメイティングだった！　一方、怜人たちは過去に何人ものウイルス研究者が消息を絶った疑いのある慶門市中央区第三病院へ向かっていた。

ナンバーズを巡り、世界は大きく動き出そうとしていた。UW世界本部は、公表された怜人以外にも抵抗力を持つ男性が隠匿されていることを嗅ぎ取り、UW日本支部との主導権争いを激化させていく。そんな中、狂気の世界を受け入れた翔太は、積極的にクラスメイトとメイティング。だが、クラスメイトの中には外部の勢力に内通する少女が紛れていて…。一方、第三病院への潜入に成功した怜人たちは、そこで意外な人物に遭遇する。

テロリストの襲撃を受けながらも一命を取りとめた翔太は、花蓮からついに真実を明かされる。自分以外にも抵抗力を持つ男性が存在すること、そして花蓮が抱いている“野望”について。それを聞いた翔太は花蓮への協力を申し入れる。一方、UW世界本部に保護された怜人は、クロエから絵理沙がテロリストの一味だと明かされる。それでも絵理沙を信じたい怜人だったが、絵理沙たちのグループもまた不穏な動きを見せ始める…。

混沌とした状況の中、各勢力の動きが活発化する。成長促進器によって変貌を遂げた翔太は、クロエと怜人のことを探るため、花蓮とともに怜人に接触する。一方、怜人は美来を呼び出し、UW日本支部からの脱出を提案。何が本当で、何が嘘なのか。それを一緒に確かめたいと話す怜人だが、美来からある条件を突きつけられる。それは、美来とのメイティングだった…！　美来の切実な想いに、牙を剥く世界に、怜人はどう向き合うのか。