Shenmue the Animation

1986年、横須賀。芭月道場の一人息子である芭月涼は、厳格な父・巌の元で日々武術の腕を磨いている。その日、涼が帰宅すると、道場が謎の男・藍帝に襲われていた。巌にとある『鏡』の在処を聞き出そうとする藍帝。その圧倒的な強さに涼は太刀打ちできず、目の前で巌が殺されてしまう……。

突然の父の死に動揺する涼に、芭月家の家事手伝い・稲さんは一通の手紙を差し出す。父宛であるその手紙は、朱元達という差出人のほかは全く読めない文字で綴られていた。涼は自分の知らない父の情報を求めて手紙を調査するが、そのうちに横須賀港を裏で仕切る『マッドエンジェルス』のチャーリーに目をつけられてしまう。

朱元達の手紙を読める人物にたどり着いた涼。その手紙には「陳大人に助けを求められよ」と記されていた。涼は手がかりを追って朱元達の知人・陳大人と出会い、そこで父・巌を殺した藍帝という男について聞く。藍帝は中国の闇組織『蚩尤門（しゆうもん）』の幹部であり、二枚の『鏡』を狙っているという。

父・巌の仇である藍帝を追うため、涼は香港へと向かう決意をする。しかし旅の費用が足りず、港町でバイトをすることに。涼を慕う不良・ゴローに案内され、バイト先の周囲がマッドエンジェルスの縄張りであることを知る。藍帝と繋がりを持つというマッドエンジェルスに接触しようとする涼だが……。

マッドエンジェルスによってクラスメイトの望を人質に取られた涼は、彼らと対立する陳一派『九豊公司』の貴章を倒すことを強いられる。貴章と戦う中でも希望を捨てず、仲間のゴローにメッセージを託す涼。しかし涼と貴章の戦いは、双方が傷つき倒れることで終結する。絶望するゴローだが、その時……！？

父親の死の真相を追い求め、涼は香港へと渡った。まずは桃李少老師という人物を探そうとするも、ひったくりに遭遇して荷物を奪われてしまう。香港の街は無法者も多く、皆が明日を生き延びるために必死だった。あてもなく進む涼は公園で建民という太極拳の使い手と出会い、手合わせをすることになるが……？

探していた桃李少老師と邂逅した涼。しかし武術の達人である桃李少は涼をあっさり負かし、「帰りなさい」と突き放す。涼は己の力量が足りないからだと思い、香港で腕利きの武術家を探して回る。やがて宗泉という大道芸人と出会うが、今度は香港の裏社会を牛耳る組織『黄天会』とのいざこざに巻き込まれてしまう。

紅秀瑛の家に住まわせてもらうことになった涼。しかし秀瑛は「朱元達に会いたい」という涼の言葉に耳を傾けないばかりか、文武廟の雑用ばかり命じる。秀瑛の考えを理解するためには、武術の心得『武徳』を身につける必要がある。涼は香港の街で出会ったジョイやウォンに協力してもらい、武徳を知る者を探す。

秀瑛の書庫で、涼は父を知る人物・朱元達の記した書を見つける。そこには茶碗陣という暗号のメモが書かれていた。茶碗陣は一歩間違えば危険すら伴う暗号だったが、涼は構わずそれを利用することで朱元達に通じる者と接触する。しかしそこに、同じく朱元達を探す黄天会のメンバーが襲い掛かってきて……！？

朱元達を探すため、黄天会と対立する『ヘブンズ』のリーダー・レンとともに行動する涼。レンの知人のつてを辿り朱元達がいるという場所に向かうが、それは黄天会の罠だった。涼とレンの前に現れた黄天会のボス・斗牛は相当の実力者で、二人の攻撃がまるで通用しない。涼たちは黄天会に追われる身となってしまう。

涼とレンはついに朱元達の元へたどり着く。しかし追ってきた黄天会の襲撃を受け、朱元達は捕らわれてしまう。涼の窮地を救ったのは秀瑛だった。秀瑛は涼が仇討ちにとらわれて自身を見失い、邪道に落ちることを懸念していた。秀瑛の思いを受け止めた涼は決意を新たにし、黄天会と繋がりのある地下格闘技場へ足を踏み入れる。

黄天会のアジトである黄天楼への潜入に成功した涼とレンは、捕らわれた朱元達を探す。しかし涼たちの動きは敵に筒抜けだった。囲まれた二人は黄天会の幹部・ユアンと相対する。
一方、涼の危機を知った香港の少年ウォンは、涼の手助けをすべくジョイとともに黄天楼へ乗り込むが……。

とうとう父の命を奪った男・藍帝と再会する涼。復讐心に我を失い猛攻を繰り出すも、藍帝はそんな涼の技を見極めて軽々と受け流し、その場を去ってしまう。残された黄天会の斗牛は計画を崩されたことに激昂し、涼に襲い掛かってくる。涼は仲間を助け、斗牛との戦いを制することができるのか……！？