ストラトス・フォー アドヴァンス

第7オービタルステーションの墜落事故から、地上を守った美風・香鈴・静羽・彩雲は、コメットブラスター採用試験のため下地島を旅立った。その後、和馬や翼と空もそれぞれの進路を歩み出す。下地島迎撃基地にも新たに3人の候補生・霧子、美麗、磨奈が配属され、活気を取り戻しつつあったが…。

下地島に戻った美風たちは、見習い教官として霧子たちをシゴクことに。ある日の訓練中、下地島に接近する2機の飛行物体が出現する。それは、テストパイロットとなった翼と空がフェリーしてきた新型MS機だった。その頃、第8オービタルステーションでは、司令官ディアナが彗星・クララ迎撃を強行しようとしていた…。

新型機を見て俄然やる気を出し始めた新人3人組に気圧される美風たち。ロードワーク中、新人に置いていかれた美風は、司令と一緒にいるクリスとベティーを目撃する。任務への復帰が認められたという2人だが、その顔はどことなく自信なさげだった。そんな2人を元気付けようと「ある試み」に出る美風たちだが―。

第8オービタルステーションへ着いたクリスとベティーだが、千鶴やアネットに溶け込めずにいた。一方、美風たちのもとに千鶴から通信が入る。宇宙に戻ったクリスとベティーを温かく迎えられなかった彼女たちも、美風たち同様に悩んでいたのだ。それぞれにしこりを抱えた2つのチームに、かつての結束は生まれるのか？

翼と空は新開発の装備を積んでテスト飛行をすることが決まった。そんな折り、彗星・ヘレナが地球へと接近してくる。早速、新作戦で彗星を迎撃する千鶴たち。作戦は見事に成功し、後は和馬と圭が粉砕された彗星の破片を迎撃すれば終わるはずだった。しかし、本部から送られた隕石落下予測データに不可解な差異が…!?

翼と空の活躍により、彗星・へレナは迎撃された。だが危機の発端となったデータの誤差をもたらした原因は解明されず、基地には不穏な空気が漂う。一方、父・ジュンに呼び出されたランは、美風と共につくば研究所に向かい、そこでレイに関する重大な情報を打ち明けられる。真相を知った美風たちを襲う更なる衝撃とは…？