るろうに剣心 －明治剣客浪漫譚－ 京都動乱

志々雄との戦いを決意し、神谷道場を去った剣心。誰一人戦いに巻き込まぬよう、独り、東海道を歩いて京都へ向かう。東京に残された神谷道場の面々。剣心に別れを告げられた薫は哀しみに暮れ塞ぎ込む。一方、剣心を追い京都へ向かおうとする左之助と弥彦の前に、「お前等の出る幕じゃない」と一が立ちはだかる。

一人東京に残った恵は神谷道場で、剣心との再戦を求めてやってきた蒼紫と遭遇する。恵に剣心の居場所を問う蒼紫。しらを切ろうとする恵に対し、蒼紫は「答えないなら、殺す」と迫るが、その時、ある男が現れる。一方、京都へ向かう剣心は箱根山の森の中で、ある少女に出会う。

森の中で出会った少女・巻町操は蒼紫たち隠密御庭番衆を探して京都から来たという。蒼紫たちの名を耳にして驚く剣心。その反応を見た操は、蒼紫の居場所を問いただすが、剣心はかたくなに口を閉ざす。しかし次第に操の蒼紫に対する想いに心を打たれ、ついに京都までの道を共にすることにしたが……。

三島兄弟が逃げ出してきた、『新月村』に足を踏み入れる剣心たち。そこは志々雄の配下・尖角により統括され、暴力に怯え従うことしかできない村人たちによって、荒廃し異様な雰囲気に包まれていた。村の現状を聞きつけ訪れていた一とともに、志々雄が逗留するという館へ向かう剣心。その裏で、栄次は尖角への敵討ちに心を燃やしていた。

尖角を倒し、ついに志々雄と対峙する剣心。しかし、志々雄は不殺の戦い方にがっかりしたと言い、側近の瀬田宗次郎に剣心の相手を任せ、同じく側近の駒形由美とその場をあとにする。志々雄を追うため、剣心は宗次郎と向かい合う。勝負は抜刀術の打ち合い、神速同士の対決になるが……。

迷いながら森の中を進み、京都へ向かう左之助。道中で、修行中の破戒僧・悠久山安慈と出会う。すさまじい衝撃を放つ安慈の技を目の当たりにした左之助は、安慈が10年の歳月を経て習得した、破壊の極意『二重の極み』を教えてもらうことに。安慈が提示した条件は、ひと月で習得すること。できなければ、死んでもらうという。過酷な条件に対し、左之助は一週間で習得すると宣言。左之助の命をかけた修行が始まる——。

京都に到着した剣心と操は、料亭『葵屋』の前で、操の育ての親の『翁』こと柏崎念至に出迎えられる。すぐに剣心を抜刀斎だと見抜く翁に剣心は驚くが、その正体は、元隠密御庭番衆の一員だった。力を貸すという翁に、剣心は人探しを頼む。一方、同じく京都に到着した薫と弥彦は、京都の街中で蒼紫の姿を目にする。

折れた逆刃刀の代わりを求め、刀匠・新井赤空の息子、青空を訪ねた剣心だったが、青空はすでに刀造りをやめていた。平和を好む青空の考えを尊重し、刀造りの依頼を諦める剣心。一方、志々雄の拠点では、十本刀の佐渡島方治が志々雄に剣心の動向を報告していた。二人の会話から赤空最後の一振りが剣心の手に渡っていないことを知った十本刀の沢下条張は、青空一家のもとに赴く。

十本刀の中でも“刀狩”と称され、数々の奇剣を操る張。対して折れた逆刃刀で戦う剣心は苦戦を強いられるが、青空の息子・伊織のため、そして新時代の平和のために命がけで戦い続ける。「時代を創るのは『刀』でなく、それを扱う『人』でござる」という剣心の言葉に心を動かされ、ついに青空は赤空最後の一振りを剣心に託すことを決意する——。

時は遡り、慶応四年。寂れた神社の社殿で高熱に苦しむ剣心。新政府軍の敗残兵狩りたちによる不穏な会話を耳にして、刀を握る手に力が入る。敗残兵狩りが立ち去り、眠りに落ちた剣心は、夢の中で赤空の言葉に葛藤する。目が覚めると、元・岡っ引きの義壱と、その妻の皐月の家で介抱されていた。これは人斬りの過去を背負う剣心が、初めて逆刃刀を振るう物語。

新しい逆刃刀を手に入れた剣心。青空一家を戦いに巻き込んでしまったこともあり、再び危険を招き入れる前に葵屋を去ることに。一方、薫と弥彦が働く牛鍋屋『白べこ』を訪れた操は、剣心をさがす薫と出会う。その頃、翁は剣心に頼まれていたもう一人の探し人の居場所を突き止め、知らせの狼煙を上げる。

飛天御剣流の師である比古清十郎の小屋で、剣心と再会した薫たち。薫たちから剣心が流浪人として人助けをしながら各地を回っていたことを聞いた清十郎は、剣心に飛天御剣流最後の奥義を伝授することを決意する。その裏で、翁はとある人物からの手紙を受け取る。差出人は、かつての同志・蒼紫だった。

翁を捕えて剣心の手がかりをつかむため、方治は隠密部隊の梟爪衆に葵屋を夜襲させるが、葵屋の面々の返り討ちにあう。翁は志々雄の拠点に帰した梟爪衆の一員を通じて、蒼紫に決闘を申し込む。しばらく後、葵屋に戻った操は異変を感じてお増に翁の居場所を問いただすが……。

翁を斬り、操を背に去り葵屋に現れた蒼紫は、葵屋の御庭番衆に剣心の居場所を問う。鬼気迫る蒼紫だったが、弥彦と薫の言葉を受け止め、志々雄の拠点で剣心を待つことに。瀕死の翁は、京都に駆け付けた恵の治療を受け、なんとか一命をとりとめる。そして二人の決闘の行く末を見た操は、ある決意をする。

奥義伝授のため修行中の剣心。手合わせで清十郎にかろうじて一撃を食らわせた剣心は、九つの斬撃を同時に打ち込む大技『九頭龍閃』を教わることに。清十郎の神速の剣閃、その全てを見切った剣心は、一度見ただけで『九頭龍閃』を会得する。しかし『九頭龍閃』も、飛天御剣流奥義『天翔龍閃』伝授の過程で生まれた技に過ぎず……。

奥義伝授の結果、致命傷を負った清十郎を死なせまいと薬を飲ませる剣心。一方、志々雄の拠点には、『心眼』を持つ魚沼宇水に続き、女装の鎌使い・鎌足、巨頭短躯の老人・才槌と、その相方の巨人・不二が拠点に到着。十本刀と蒼紫が集結する。そして志々雄は彼らを前に、明晩、京都大火を実行に移すと宣言する。

志々雄の手下の吾一、徳二、周三、藤四郎は、夜明け前にこっそりと作戦準備をしていたが、見廻りが来たことにより撤収。準備未達成のまま撤収した吾一たちを見せしめ処刑しようとする宇水だったが……。そして、志々雄の言葉で鼓舞された部下たちは、京都大火を実行するため次々と出陣を始める。

志々雄のもう一つの狙いが大阪にあると気づいた剣心と一。そこに左之助も合流する。京都大火を阻止するため、葵屋の面々に手紙で協力を仰ぐ剣心。京都での現場指揮を警察署長の荒戸流作に任せる一。用を済ませた三人は馬車で大阪湾に向かう。そして老警官の近江彦左衛門は荒戸に面会したいという十一歳の少年・北沢十郎を連行してくる……。

午前〇時。京都大火の実行時間になり動き出す吾一たちは、警官たちに追われる志々雄の部下たちの姿を目撃する。作戦実行の時間になっても火の手が上がらず苛立つ蝙也。そして十本刀たちのもとに伝令が届く。伝令を聞き、十本刀はそれぞれ動き出す。その裏で、大阪湾に着いた剣心たちが目にしたものとは——。

甲鉄艦『煉獄』の甲板で戦いを繰り広げる剣心と蒼紫。その裏で乗船に成功した左之助は、津南から渡された炸裂弾で機関室を爆破しようとする。しかし、方治、周三、藤四郎ら志々雄の部下たちが行く手を阻む。一方、京都では警官隊が撤退する猶予を稼ぐため、荒戸が一人で鎌足と蝙也に立ち向かう……。

『煉獄』の機関室。投げ込んだ炸裂弾を方治にキャッチされ爆発を阻止された左之助はキングストン弁に二重の極みを打ち、周囲を浸水させる。一方、薫、弥彦、操の前に現れた宇水。鎌足と蝙也に立ち向かう荒戸。そして徳二を治療してもらうため、恵の診療所で助けを乞う吾一。京都ではそれぞれの場所で想いが衝突し、見過ごされた小さな火が燃え上がる。

京都町中、鎮火された現場に戻ってきた操の異変に、薫はいち早く気が付く。恵の診療所では、近江が目を覚まし、安心して涙を流す十郎。一方、徳二の足の指には遺体を意味する黒い札が括り付けられていた——。そして、葵屋に戻った剣心たちは、お増から翁が目を覚ましたと知らされる。

志々雄から剣心、一、左之助に向けた決闘状が届く。期日は明日、場所は比叡山、北東中腹六連ねの鳥居の叢祠（ほこら）。志々雄の拠点では、方治が志々雄に『完全勝利』のための策を提案する。するとそこに十本刀が集結して……。そして決闘前夜、夜空を眺める剣心に薫が声をかける。