魔王様、リトライ！R

オンラインゲーム「INFINITY GAME」の開発者・大野晶は、ゲームのサービス終了とともに、ゲーム内のラスボスである魔王・九内伯斗として異世界に転移してしまった！さらに目の前では、謎の化け物に少年が襲われそうになっていた！怖がる少年をよそに、九内の圧倒的な力で敵をあっという間に倒してしまう。助けた少年は、実は村から生贄として差し出されたアクという名の「少女」であった。

ラビの村にて、風呂に入り酒を飲む九内は、これまでの過程に思いを馳せていた。村を大きく発展させることができたのは、頼れる仲間たちとの出会いあってのことだ。そんな彼らに村を任せた九内は、ユキカゼ、ミカンと共にルーキーの町へと旅立った。一方、ルナは幼馴染のイーグルとの貧しくも楽しい日々を思い返していた。必死に努力したルナが聖堂教会に迎え入れられたのと同時に、イーグルは亜人であることが判明し…。

九内がラビの村を離れたことを知った悪徳な貴族ドナ・ドナは村の調査を目的に自身が抱えている傭兵・ミリガンを悪意をもって送り込む。身を潜め村に忍び込もうとするミリガン達だが、田原と悠には既に正体を補足されておりーー。一方、ルーキーの町に到達した九内は、ユキカゼから聞いた監獄迷宮へと単身で乗り込む。最下層の先へと歩みを進めると、そこはまるで近未来にある工場のようになっていた。さらに、無数に広がるモニタ…

ライト皇国の大神官の一行は、大勢の奴隷とともに、ゼノビア新王国の若き王と謁見することに。若くして公務を淡々とこなすベアトリスを脅威に感じながらも、連れてきた奴隷の中に、聖女の従者と噂される「亜人」がいると明かす。その頃、九内は地下洞窟で見つけた不思議な銃を片手に、そろそろ側近を増やすべきかと、新たに「藤崎茜」を召喚する。見たことのない世界や魔法の数々に、興奮を覚える茜だったが…。

立派な道を歩むルナの輝かしさを胸に苦しくも生き抜いてきたイーグルだったが、体の成長とともに亜人であることを隠し通せなくなり、先々で迫害を受けてしまう。イーグルが生きていると知り、ルナはいてもたってもいられず助けに向かう。さらに、九内のもとには鳥に化けた少女・オルガンがやってくる。魔人だと名乗る彼女は、自身の父でもある悪魔王・ベルフェゴールを殺してほしいのだと九内に頼むのだが…。

磔になっているイーグルを助けにス・ネオの街へと急ぐルナ。そこではガルシアによって戦意を焚きつけられた、サタニスト達の暴動が起こっていた。ガルシアが繰り出した悪魔・ベヘモドに対抗すべく、大神官たちは天使・ガーディアンエンジェルを召喚するも制御できず、多くの人が乱戦に巻き込まれ街は阿鼻叫喚に。惨状を見て震えるルナだが、今までの努力を思い出し悪魔へ立ち向かう。そして、ついに２人は再会するが…！？

圧倒的な力でス・ネオの乱戦を制圧した九内は、サタニスト達の始末を田原に任せる。一連の出来事は全て九内が仕組んだものだと勘違いされながらも、オルガンの待つ獣人国へと戻った九内は、オルガンの壮絶な過去を聞かされ、なぜそれほどにも父を殺したがっているのかを知る。一方のオルガンはそんな九内の肉体に何か感じるものがあったようで…。その後九内たちは、モンキーマジック率いる猿人たちに遭遇する。

パルマ王国のケーキ姫は、悪魔領にある奴隷市で奴隷の管理をさせられ、上級悪魔・ケールにいたぶられていた。奴隷にパンを分けるなど優しいケーキだが、実は裏の顔があり…。茜と合流した九内は彼女の運の良さに喜びつつも、隠していた秘密が暴かれるような焦りに包まれる。そんな中、森の中に現れた鳥居に惹かれ神社に立ち入った九内は、狐耳の兄妹・ブルーフォックスとファイヤーフォックス、母親の大神主と出会う。

九内に対して、父親に守られるような気持ちを感じてしまうオルガン。大神主の助けもあり猿人たちを味方に付けた九内たちは、彼らに第２・第３奴隷市の陽動を任せることに。第１奴隷市にいるケーキは、第２へと奴隷を送り込む役目がなかなか上手くいかず、自身の処分の順番が早まるのを恐れ行動を起こしていた。さらに、第１奴隷市に向かった藤崎茜とミンクは、視察に来ていた串刺し公との決闘を行うことになり…。

第２奴隷市へ移動したケーキは役割を果たすためヘンゼルから食料を分けてもらおうとするが、突然モンキーマジック率いる猿人たちが侵入し暴れ始める。ヘンゼルを追って逃げ惑うケーキだが、ヘンゼルはこの暴動がケーキの策略ではないかと疑いの目を向け暴力を振るう。そんな最中に九内とオルガンが現れ…。さらに、ベルフェゴールの居城へ向かおうとする九内とオルガンの前に、闇侯爵オルイットが立ちふさがる。

遅れてベルフェゴールの居城に着いた九内だが、オルガンたちは先に進んでしまっていた。居城のシステムに戸惑いながらも探索を進めていくと、倒れたモンキーマジック一同とレッドスライムに捕らえられたミンクを見つける。助けたミンクは「オルガンの身が危ない」と告げるのであった。一方、ついにベルフェゴールと対面したオルガンは、ミンクやモンキーマジックたちの協力もあって、ベルフェゴールを危機一髪の状況まで追い込む…

目が覚めたオルガンは、無数の拷問器具が並ぶベルフェゴールの私室に拘束されていた。壮絶な拷問を受けるオルガンだが、九内から与えられた角が心の支えとなり耐え抜くも、そんな姿に苛立ったベルフェゴールが、死に至る毒薬をオルガンの口に流し込んだその時、九内とミンクが現れる。自らを無敵の王と名乗るベルフェゴールに対し、本物のラスボスが何たるかを魔王・九内伯斗が見せつける！