魔王の俺が奴隷エルフを嫁にしたんだが、どう愛でればいい？

悪の魔術師として人々に恐れられているザガン。悪友のバルバロスに誘われて参加した闇のオークション会場で、魔王の遺品として出品された白い髪のエルフの少女ネフィと運命的な出会いを果たす。全財産をはたいて、ネフィを自身の城へ連れ帰ったが、これまで人付き合いをすることのなかった口下手なザガンは、ネフィにどう接していいかわからないまま、まともな会話も出来ず狼狽えるばかり。これからはじまる二人の共同生活の行方は如何に―。

エルフの少女ネフィを自身の城に連れ帰り一夜が明けた。朝食としてザガンから手渡された干し肉を見て、ネフィは料理を作ることを申し出る。一目ぼれした少女の手料理が食べれることを喜んだザガンは、早速街へ買い物に出かけようとするが、全財産をはたいてネフィを落札したため街へ向かう馬車に乗る金もない。仕方なく歩いて街へ向かっている最中、野盗に襲われている馬車を見つける―。

一目ぼれしたエルフの少女・ネフィとの共同生活を送りながらも、魔術の研鑽を忘れないザガン。書庫で魔術の仕組みについてネフィに説明していると、城を覆っていたザガンの結界が領地への侵入者を感知する。様子を見に行ったザガンの前に現われたのはザガン討伐の命を受けた、教会の聖騎士と「聖剣の乙女」シャスティルであった。

聖騎士の攻撃から自身を庇って負傷したザガンを見たネフィは、我を忘れエルフの強力な魔法を使い聖騎士たちを退けた。その夜、ネフィは「呪い子」と呼ばれていた自身の過去をザガンに打ち明ける。ザガンはネフィのすべてを受け入れ弟子として魔術を教えることにする。ネフィを城に連れ帰ってから半年ほどたったある日、ザガンのもとに魔術師の極致〈魔王〉からの召喚状が届く。

〈魔王〉を襲名したザガン。ネフィの未来を案じたザガンは、ネフィの首輪を外し「出て行ってくれ」と冷たく告げた。街の路地裏でうずくまっていたネフィに声をかけたのは、シャスティルであった。マニュエラに連れられ街の食堂で教会と魔王の関係を聞かされたネフィ。突如として、食堂に黒い影が現われ、ネフィ達を連れ去ってしまう。影の主は自らを“ザガン”と名乗るのであった。

影から逃れたマニュエラからネフィたちが攫われたことを聞いたザガンは、魔王を継承した身でネフィを助けに行くことに葛藤する。ネフィとシャスティルを連れ去った影の主はバルバロスであった。ネフィから、ザガンが魔王となったこと知らされたバルバロスは激昂し、ネフィに手を上げようとした。その時、魔術による爆発で岩壁が崩れ落ち、土煙がたつ。その中から現れたのはザガンであった。

バルバロスを倒し、囚われていたネフィを助け出したザガン。互いの想いを知った二人の心の距離はさらに縮まってゆく。バルバロスの魔法陣から召喚された魔族の存在について調べていたザガンのもとに、全身甲冑に身を包んだ魔術師〈亡霊〉ウォルフォレが現れる。一方、魔王となったザガンを庇い、討伐の命令に背いたシャスティルは、聖騎士長としての権限を無期限凍結されてしまう。

ザガンの城を襲撃するもあっけなく返り討ちにあった竜の少女フォルは、ネフィの手伝いをしながらザガンの城で居候することになった。魔族の研究に行き詰ったザガンは魔術師であり竜でもあるフォルを連れ、先代魔王マルコシアスの城―魔王殿を、今一度、調べることにする。竜の術式によって隠されていた書庫で明らかになった魔王の刻印と十二本の聖剣に関する新たな事実とは―。

酒場にいたザガンとバルバロスの前に、最恐の聖剣所持者ラーファエルが現れる。ラーファエルは、魔王ザガン討伐に異を唱えたシャスティルが教会から処分の対象になっていることを告げ、酒場を後にするのであった。城に戻ったザガンのもとに、何者かに毒を盛られたシャスティルがバルバロスに連れらて転移魔術で現れる。シャスティルは倒れる前に謎の人物に呼び出されていたことを思い出す。

玉座で眠っていたザガンは、城からフォルがいなくなったというネフィからの知らせに目を覚ます。ザガンとネフィ、二人の娘としての生活を気に入りながらも、聖騎士への復讐を忘れることができないフォルは、新たな力を求め魔王殿を訪れていた。後をつけていた最恐の聖剣所持者ラーファエルと対峙したフォルはあることに気づく。殺されたフォルの父と聖騎士ラーファエルの関係とは―。

二本の聖剣が衝突した余波で封印が解かれたキメラの攻撃からフォルを庇い、重症を負ったラーファエルは、フォルの父である『賢竜オロバス』との関係とその最期、そして近いうちに世界に訪れる危機についてフォルに告げる。その後、ネフィの言葉で迷いが消えたシャスティルはザガンと共闘しキメラを破壊する。その姿を見たラーファエルはシャスティルにあることを依頼するのであった―。

魔王殿での一件の後、フォルは「魔王観察日記」を再び書き始める。ザガンとネフィのもだもだしている様子を観察をしていると、執事として雇われた新しい城の住人ラーファエルに「貴様にはまだ早い」といつも目隠しされてしまう。そんなある日、シャスティルを城に招いての食事会の買い出しに街へ出かけたザガンたちは、立ち寄ったマニュエラの店で、路地裏の子供たちが店に持ち込んできたという壊れた蓄音機を見つける。